为了证明自己的清白，牙擦苏背着黄飞鸿特地请官府的人来宝芝林参观，可却弄巧成拙，反而引起了官府的怀疑，大有拉人兼封屋之势。梁宽独自对事件进行追查，发现这一系列的事件背后的真相：原来一切都是日本人为了探查黄飞鸿的真伪，并继续阻止黄飞鸿到台抗倭搞出来的。宝芝林众人全力以赴，终于制出新的解毒药，挽救了患者的生命，也保住了宝芝林的声誉。可他们还不知道，此时，日本人正与官府胡大人秘密勾结。这天，黄非庸以前戏班的班主突然来到了宝芝林。原来，因为黄飞鸿名声鹊起，再次勾起他想请黄飞鸿到戏班客串的心思。在见到这个黄飞鸿之后，他才明白，自己陷入了一个性命悠关的旋涡之中。宝芝林人怕他告密，只好暂时将他软禁。但班主逃出，向官府报告，恰被十分痛恨日本人的罗大人得知，罗大人于是将事情隐瞒了下来。而这时，胡大人却被乔装的徐智芳请去了，密谋着一件惊天大阴谋。

石颠以为眼前的就是黄飞鸿，将黄非庸带了回家，打算伺机杀掉。可黄非庸却神奇地躲过了这一劫，倒是石颠出尽了洋相。为了“雪耻”，石颠上门递交战书，两父子约几天后与“黄飞鸿”决战。此时，黄非庸才知道闯下了大祸。危急关头，黄非庸遇到了会变戏法的鬼脚七，终于用戏法吓退了石家父子。而石虎又惊又怒，一病不起，竟然被图谋不轨的师爷匆匆埋掉。这时，官府似乎也开始注意黄飞鸿的行踪了。这天，一个自称林世荣的人找到了黄非庸，愤怒地揭穿了他们，黄非庸知道事情已败露，黯然准备收场。这时，朱细女却将众人都带回了“宝芝林”旧址。原来，朱细女为了保护在台湾抗倭的黄飞鸿，震慑黑恶势力，决定让黄非庸继续假冒黄飞鸿，并在西关重开“宝芝林”。自此以后，他们也都开始以黄飞鸿等一众英雄之名相称了。可这时，鬼脚七在宝芝林的身份却成了问题，不久，鬼脚七失踪了……

朝廷命官倒毙宝芝林，令到宝芝林的命运几乎到了尽头。梁宽偷偷离开试图调查，众人却以为他是革命党的杀手，于是协助他潜逃。牙擦苏为挽救宝芝林，自作主张，到官府向罗大人告发梁宽。接着，罗大人带人闯进了宝芝林，口口声声说要捉拿革命党人鬼脚七。众人只好慌忙让鬼脚七逃走。原来，这是罗大人为暗中保住宝芝林和黄飞鸿想出来的一个办法。宝芝林的危机这才告一段落。黄飞鸿、宝芝林大难不死，名声大振，隐蔽乡下的石巅听闻，坐不住了……

朝廷命官倒毙宝芝林，令到宝芝林的命运几乎到了尽头。梁宽偷偷离开试图调查，众人却以为他是革命党的杀手，于是协助他潜逃。牙擦苏为挽救宝芝林，自作主张，到官府向罗大人告发梁宽。接着，罗大人带人闯进了宝芝林，口口声声说要捉拿革命党人鬼脚七。众人只好慌忙让鬼脚七逃走。原来，这是罗大人为暗中保住宝芝林和黄飞鸿想出来的一个办法。宝芝林的危机这才告一段落。黄飞鸿、宝芝林大难不死，名声大振，隐蔽乡下的石巅听闻，坐不住了……

为了报杀父之仇，石巅带着师爷杀回广州。父亲的遗言是做大奸人才有可能报得了仇，所以石巅做了种种努力甚至不惜毁容。一边是石坚有备而来，而此时另一边的宝芝林因为女姨制药产生意外，女姨和阿荣被派去长白山采药，只剩下了一帮不会武功的人留守在宝芝林。石巅暗中打探发觉到“黄飞鸿”可能“不会武功”，于是大着胆子开始一系列恐吓行动，留守在宝芝林的黄飞鸿、牙擦苏、十三姨等活在担惊受怕中。

一心想做大英雄的黄飞鸿偶然间发现自己及十三姨等一众人被印成了公仔纸，成为街坊崇拜的对象，心中好不得意。这件事也鼓舞了黄飞鸿行侠仗义的勇气。但是空有雄心却是技不如人，差点败露了自己的身份引祸上身，幸亏早有防备的朱细女出手相救。十三姨说起的外国大侦探福尔摩斯靠头脑做成大事的故事，又燃起了黄飞鸿新的希望，恰巧此时，街上发生了一件离奇的命案。黄飞鸿觉得自己大展身手的机会来了……