董卓上任后废除全校盟，禁止学生上课，王允为此奔走长安找寻小学同学董卓以商量求情，怎料，一人之下，万人之上的董卓却不顾过去情面对王允痛下毒手。曹操与五虎等人听到王允校长不翼而飞的消息后无不群情激愤，誓言要为王允校长报仇。 另一方面，遭董卓背叛失去司隶校尉官职的袁绍，号召了东汉书院以外的其他 17 所高校讨伐董卓，董卓派出十万大军以及最高阶的魔应战，关羽能即时学会左慈传授的行天功对付董卓吗？而刘备脩又能否拿到左慈的宝贝 【青虹紫电】洗去董卓魔性？ 决战之刻为何五虎突然自相残杀？ 本来不应加入与董卓战斗的貂蝉，为何又出现在战役之中呢？小乔又为了谁痛哭失声呢？

董卓不翼而飞之后，势力瓦解，袁绍挟献帝自立为丞相，全校盟所有学校也恢复营运，大家都可以上学上课了，而正当五虎等人开心上学时，却得到噩耗，袁绍买下东汉书院的校地，曹操得在三十天内找到新校地，否则东汉书院将被废校。 这时马超收到一封标题为 ” 东汉书院有救了 ” 的转寄信件，根据线索众人来到卧龙岗，传说中的第一军师诸葛亮真的可以救东汉书院吗？周瑜与诸葛亮的第一次斗智又将如何发展呢？而面临赵云即将出征 、以及 为自己连挡三掌连命都不要的周瑜 、和一直陪伴在身旁的会长，小乔又要如何面对自己的感情问题呢？

在刘备第三请孔明时，诸葛亮对刘备坦承自己的马杀鸡事件和 Mail 都是假的，对拯救东汉书院其实一点办法也没有。面对东汉书院废校危机尚未解除，山寨刘备却在与东城卫碰面时，被诸葛亮遇见了，修会因此曝露身份吗？深爱貂蝉的关羽，想起了过去与貂蝉的点点滴滴，失去挚爱的他，会作出什麼惊人之举呢？

周瑜企图分化刘备和曹操之间的情谊，使用美人计把刘备骗到江东，分隔两地的大哥，大嫂终于能够相见了，但是一直反对孙家小孩谈恋爱的孙坚，又会作出什么样的阻碍呢？而刘备面对上次离别时，写在阿香手上的“脩”字，又将如何解释呢？ 孙权得知刘备不与江东结盟，于是派了仲王部队追杀刘备...刘备有办法带阿香离开，让东吴「赔了夫人又折兵」吗？ 另一边，东汉书院传出了袁绍正式把东汉书院废校的消息，孤立无援的曹操能想出解救的办法吗？是什么样的原因，让小乔决定离开东汉，回到江东展开新的生活？曹操、周瑜和小乔之间难解的爱情战争，将开始正面交锋...

东汉书院虽然靠著诸葛亮的强运意外借到荆州大楼，但过去富可敌国的曹操此时几近破产，东汉书院不仅师资缺乏，连中午半个便当都买不到，面对江东高校不断的打压，东汉书院该如何面对？ 少帝交给刘备的四万光熹禁卫军也被江东斥侯发现，当曹操发现刘备其实私下拥有军队，刘备、曹操能禁得起孙权的挑拨分化吗？另外刘备等人遭人埋伏，敌人是谁？小乔对周瑜说出曹操的事就是我的事，这会让曹瑜乔三角恋起什麼化学变化？

刘备和曹操协商以阿香作为人质威胁江东，小乔帮助阿香逃走，却被孙权打伤，阿香顺利逃走。因为猜测小乔和阿香在一起会被孙权发现有危险。周瑜大怒，找刘备询问小乔的下落，却被刘备一口回绝，周瑜心里对小乔的爱激发了周瑜，周瑜下跪，请求刘备告诉他小乔的下落。 小乔看到周瑜为自己挡了孙权的攻击，并且也为曹操求情，原谅了周瑜之前所犯下的错，周瑜和小乔重新和好。 大乔被嫁祸刺杀孙权，在孙权极力阻挠下，孙坚给予大乔一天的上诉期。