林屹查抄到淮南王卖官帐簿，淮南王坐立不安，欲派兵强抢帐簿，又惧怕林屹安排在移民署周围的邓玉的军队，无奈之下，只好交出贪贿移民的银两，换回帐簿，林屹深知靠此帐簿完全可定淮南王的大罪，但当务之急是安置移民过冬，安置移民急需银钱，决定暂放淮南王一马。淮南王恶气难消，恰逢皇上派郭侍郎来淮南视察，为扳倒林屹，淮南王重贿郭侍郎，要郭侍郎向皇上进谗言，郭侍郎贪财加上对林屹避不见他十分不满，满口答应淮南王。林屹深知郭侍郎为人，闻听他来淮南视察，秉性刚正不阿的林屹借口视察移民安置，躲出淮南，视察到寿县，发现大量移民被淮南王强抓修陵，生活困苦。林屹仗剑闯寝陵，强迫护陵王府守卫释放所有移民。消息传到淮南，淮南王暴跳如雷，王妃出毒计，煽动移民给林屹修庙，想以此激怒朝廷，诛杀林屹，移民不明真相，踊跃参与盖庙，庙若落成，林屹必死。

朱元璋轻信郭侍郎所言，认为林屹为自己修庙大逆不道，要杀林屹。太子据理力争，愿来去淮南视察，太子一语引起朱元璋注意，朱元璋决定亲自去淮南视察。

淮南王紧锣密鼓准备抓捕林屹，一切准备妥当，为逼林屹早回淮南，淮南王绑架了苏舜卿，林屹得报，急忙赶回淮南，在城门口被淮南王抓住。淮南王为追回银两，以苏舜卿为饵，威逼林屹就范，不想苏舜卿不顾自身安危，要林屹别向淮南王妥协，淮南王恼羞成怒，重刑拷打林屹。马媛带邓玉赶到王府，要救林屹。淮南王假传圣旨，拦住马媛，马媛听说要押林屹进京，略微放心。未免夜长梦多，淮南王决定次日午时在刑场杀林屹。

刑场上人山人海，移民哭声震天为林屹送行，淮南王为防马媛在刑场埋伏弓箭手，马媛只身闯刑场，要与林屹共生死。

马媛持剑来到刑场，斥责淮南王假传圣旨为泄私愤。淮南王丧心病狂，命弓箭手射杀马媛与林屹，生死关头，朱元璋与太子等赶到刑场，救下马媛和林屹，林屹历数淮南王罪行，力主诛杀淮南王以利移民大计。朱元璋碍于亲情圈禁了淮南王，诛杀王坚，重奖林屹，一场风波，平安度过。朱元璋深觉林屹人才难得，应马媛之请，下旨将马媛许配林屹。淮南王落网消息传来，邹参议和下属康元惊慌失措，连夜出城，想逃回山西，被丁健抓获，陈修文重金贿赂牢头，放跑了邹参议，丁健展开全面搜捕。

平阳城移民银库失银二十余万两，朝廷派刑部康侍郎查案，林峥被发现用银库赌博，被抓入狱，陈修文闻讯大喜，欲借此事扳倒林屹，林峥被屈打成招，承认抢劫银库，陈修文深觉仅靠林峥一事不足以扳倒林屹，要通过康侍郎设法牵连上林峥，从而达到目的。康侍郎因恨林屹抓捕其弟康元，应承了陈修文，远在淮南的林屹闻知此事，急忙赶回。

陈修文与康侍郎再次拷打林峥，熬刑不过的林峥在对方逼诱之下，供出林峥。陈、康二人借机抓捕林嵊，林家二兄弟双双入狱，移民署群龙无首，一片混乱，数十万移民被困洪洞。

林峻看二兄弟被抓，又听舅舅谣传林屹被淮南王所杀，以为时机成熟，独霸林家资产的机会来了，于是上窜下跳一面与陈、康二人合谋不放林峥、林嵊，一面逼迫父母交权。有意为林屹哭丧，致使林母被气吐血，林父不省人事。陈、康二人乐得林家大乱，又贪图林峻所贿银两，坐视不管。

林屹归途中见到林父所派出找他的家人，了解到此情，与马媛商议之后，为不使移民停顿，假做太子谕旨，命马成赶回平阳，升林嵊为六品主事，主持移民事务。陈、康二人不得不放林嵊，移民之事重新归入正途，面对陈修文步步紧逼，林屹深感丢银之事重大，如何揭露陈、康面目，林屹陷入沉思之中。

为尽快将库银丢失案结案，使林屹无法插手，陈修文命人重金贿赂康侍郎，催他结案。康侍郎不禁对陈修文的居心起了怀疑，觉得此案疑点很多，不能因自己弟弟被林屹所抓，就公报私仇，草草结案。

林屹赶回山西并未回平阳，而是直接赶回洪洞，解决了移民问题后，经查问林峥仆人六儿，得知林峥最近与戏子闫秋伶与林峥在一起，要想洗清林峥。只有让闫秋伶出来作证，但这时闫秋伶却突然失踪了，闫秋伶到底是什么人？现在是生是死？她是否与库银案有关？

林屹通过戏班找到闫秋伶，闫秋伶供称案发当日她与林峥一直在一起。林峥并未外出，她是怕因林峥一事受害，才躲藏起来。林屹了解了闫秋伶与林峥结识经过，对黄县丞之子起了怀疑，抓到黄公子后，黄公子供认是有人指使他把闫秋伶介绍给林峥。林屹顺藤摸瓜找到了假扮林峥盗银的人，原来是林峥的仆人六儿所为，并得知此案是受县衙师爷刘子超指使，林屹速命抓捕刘子超，刘自超被捕的消息传到陈修文处。陈修文大惊失色，原来此案是他指使黄县丞所为，他是幕后真凶。刘子超被捕，必招出黄县丞，如黄县丞败露他则无处藏身，一不做二不休，陈修文一狠心……林屹赶到黄县丞处，发现黄县丞已自尽身亡，遗书声明此案是他一人所为，线索中断。

康侍郎不明真相，破案心切，决定查抄林府，不想公主马媛正在林府。康侍郎被公主斥责，对林屹误解加深，认为是林屹与马媛在包庇罪犯林峥，徇私枉法，上奏朝廷，要求追究林屹。