小蕊因为竞选班长的事而生雅各布的气，雅各布为了讨好小蕊按马大航所说的方法用上了，就是告诉自己心中的秘密，结果小蕊和雅各布虽然恢复了好朋友的关系，但在一次听写小刚与小蕊发生争执时，小蕊不小心把小刚设五子棋的局欺骗他爸爸的秘密泄露出来，两人大吵把值日的老师引了过来，班级的流动红旗也丢了，这下雅各布的日子就难过了，真的作了一次“叛徒”。 因为雅各布坚决要吃意大利餐，马大航无奈去西餐厅学意大利菜，偶然碰到一直请假来偷学意大利餐的徒弟小刘，他和小刘互相约定，谁也不许说出去，天地可鉴马大航对雅各布的一片苦心。 赵大刚决定不再逼儿子学东西了，小刚高兴万分，谁知这回老爸把五子棋当成了小刚的“兴趣”而让他去学五子棋，小刚暗自叫苦。小刚背棋谱的苦闷样被小蕊看到，第二天成为同学们的笑柄。倒霉的事还不止这一件，小刚带领多半个班逃了一次数学辅导班被金老师知道了，金老师让赵小刚组织同学练歌“将功补过”，可练起歌来也满不是那么回事，赵小刚和雅各布他们抄作业的事情也漏了陷，老师决定歌咏比赛过后改选，小刚虽知当班长难却还想当，于是用美食来拉男生的选票。比赛当天多亏了小蕊的帮助才保留住班级的荣誉，小刚也感觉到小蕊才是最合适的人选。马上就要改选，雅各布又开始郁闷了，没想到马大航教雅各布最没用的一招——弃权，果然同学的反映很强烈，但最没想到的是赵小刚竟然投了小蕊一票，小蕊和小刚都认识到了自己的错误，选举圆满结束，而马大航的厨艺也正式“出炉”，米娜和雅各布饱饱的吃了一顿，一家人和乐融融暂时安定了下来。

北京申奥成功了，抚学小学为了支持奥运举办了环保活动，规定每人每天都要捡回固定数量的垃圾袋和废电池…… 赵小刚在一次偷学京剧的时候被程师傅逮个正着，程师傅看了赵小刚偷学的成果之后认定赵小刚是这块料，执意收他为徒，赵小刚虽然心里乐意，但又不能无视父亲的压力，所以师徒二人最终决定每天放学后小刚偷着到程师傅这来学武生。 雅各布和赵小刚他们开始还感觉很新鲜而且是在做好事，但到后来没有垃圾可捡而去主动制造垃圾，甚至为交作业而争抢不休时，雅各布对这个活动的意义产生了疑问，马大航带领雅各布、赵小刚他们一起到长城上去捡垃圾，受到了人们的称赞，但也碰到了故意找茬的人，马大航挺身而出，雅各布心中佩服，最后因为发生了争执而来到了派出所。在派出所门口等待马大航时，雅各布因为天气太冷而冻病了，回家之后发起了高烧。马大航手忙脚乱的把雅各布送到了医院，经过一番折腾，雅各布终于退烧了，而米娜也坐飞机赶了回来，她埋怨马大航时，雅各布主动承担责任，马大航心中暗自得意。 而同时，学校获得了“绿色学校”的称号，在布置“绿色大会”会场时，金老师向校长反映了对捡垃圾活动的看法，对环保产生了事与愿违的效果，金老师否认了学校的做法而表扬了雅各布他们去长城捡垃圾的事情，表扬了他们能够独立思考问题…… 王小宁是新来的插班生，据说还和一些不好的孩子在一起，因小刚说话不友好，王小宁就和他打起来了。同学关系一下子就紧张起来了。

在去校外参观鼓楼的时候，雅各布慷慨地把妈妈作的意大利馅饼让给没有带饭的王小宁吃，两人成了好朋友。可是王小宁吃了雅各布的馅饼过意不去，就偷偷拿了爸爸五十元钱又请雅各布出去吃了一顿，还说自己的爸爸是“大款”。第二天王小宁的爸爸因丢了钱赶到学校把王小宁一顿暴打，再一次降低了王小宁的威信。 美术课临时换教室，没有人告诉王小宁，细心的雅各布发现了，赶紧去找王小宁给了他温馨的友谊。王小宁把雅各布领到一片古城墙遗址的废墟上，夕阳透过远处的高楼映射过来十分美丽。雅各布想跟王小宁学南拳功夫，两个人谈的津津乐道，王小宁保证要作个好孩子。他们玩到很晚才回去，家里可急坏了米娜，马大航虽然劝慰米娜说北京现在治安好，没问题，但也是掩饰不住地焦急。 由于雅各布和王小宁在一起，大家都有点失落，赵小刚、小蕊还有小眼镜都劝雅各布离王小宁远一点，免得跟他学坏了，雅各布坚定自己的信念，应该去帮助他。可是以前的龙哥带了几个伙伴又来找王小宁，被班里的人看见了，王小宁觉得自己又说不清了。 冯奶奶听小蕊说雅各布总和一个问题生在一起就担心起来，去找米娜说说，结果米娜什么都知道，因为她相信雅各布的选择，鼓励儿子给人以理解……

由于龙哥那些大孩子又来找王小宁，艾校长找王小宁谈话，让他交结朋友要注意，不要辜负家长给他转学的苦衷。尽管班里的同学都在孤立王小宁，可是雅各布还是对他充满信任，王小宁告诉雅各布因为自己老家的山寨没有学校，所以跟着弹棉花的爸爸到北京来求学，妈妈还在乡下。 上电脑课的时候，发现王小宁的座位是空的，大家以为他病了，王小宁的爸爸急的到处找，找到马大航家也没有。原来王小宁特意去找龙哥谈分手的事去了，因为他不愿意让雅各布失望。 班里宋明的金边贴画丢失了，大家一直把目光对准了王小宁，倔强的王小宁淡然地说是我拿的，怎么样。雅各布遇到难题还是求教于马大航，马大航仍然鼓励他相信自己的感觉和判断。雅各布伤心地质问王小宁，为什么还在做坏事，王小宁说我没拿金边贴画，只是不想让宋明难堪。 金老师告诉大家，由于王小宁的家乡建立希望小学了，王小宁又要转走了，老师对他的关心不够。宋明勇敢地站起来承认自己的错误，金边贴画并没有丢是他自己记错了，等发现时王小宁已经承认了，怕大家嘲笑他就没有再解释，现在要对王小宁说声“对不起”。 班里又恢复了往日的和谐，小刚和小眼镜他们一起上学时，小眼镜的点心被翠花奶奶家的猫给叼走了，孩子们追到翠花奶奶家，却受到翠花奶奶的一顿抢白，心里都很憋气，可是又不能跟她理论。

金老师说学校要搞献爱心活动，帮助那些需要帮助的人，冯小蕊想起附近的孤寡老人翠花奶奶，雅各布觉得这是大人的事为什么要小孩子管，老师说这是献爱心，在小蕊的游说下，雅各布和冯小蕊他们一起来到翠花奶奶家，没想到翠花奶奶十分倔强，不愿让他们打破自己的生活习惯，尖刻的话语伤了孩子们的热情，第一次总算勉强结束了，大家都说再也不来了。 小刚在爸爸的安排下，又开始了背诵五子棋的棋谱，并以此为借口不去参加爱心小组。在小蕊的带动下大家又来了，小眼镜给翠花奶奶送茶水时，被绊倒在地疼的哭了起来，翠花奶奶说怎么像你爸小时侯一样爱哭鼻子，气得小眼镜跑回了家。再一次，只有雅各布一个人来了，他说想听皇帝的故事，结果是一老一少唱起了各自国家的童谣，可是一谈起雅各布的家事，翠花奶奶的“高见”又惹翻了雅各布，雅各布也是佛袖而去。回家后妈妈开导他要善于理解人，翠花奶奶一定受过刺激。 皇帝的故事一直吸引着雅各布，寂寞的翠花奶奶把老箱底都抖落了出来，旗袍和头饰等。原来她是真正的翡翠格格，怪不得脾气那么大呢。尽管雅各布说给同学们听，可他们不愿去了。 入夜，因为要看流星雨，雅各布突然想起翠花奶奶，马大航陪他一起来了，结果发现她正病得厉害，赶紧送到医院治疗，使翠花奶奶脱离了危险，也使她感受到一种久违的真情，居委会给学校送来了表扬信，小蕊承认他们没有坚持做好事，金老师说一定要记住做人要讲诚信。 而雅各布终于用英语叫了马大航一句“爸爸”。 翠花奶奶终于出院了，回到了被同学们收拾一新的家里……

看着穿着清朝服装的小格格和小贝勒们翠花奶奶十分高兴，马大航精心准备的满清第一烤鸭、雅各布费劲周折找回的小喜子，这一切翠花奶奶使翠花奶奶感受到了人间的真情，仿佛又回到了过去……翠花奶奶心满意足地走向天堂了。 警察雷咏在执行任务时，被雅各布、小眼镜等同学碰到，干净利落的擒拿术把孩子们看呆了，羡慕不已，但也差一点儿坏了雷咏叔叔的跟踪任务。一直认为自己爸爸窝囊的小眼镜，感慨自己要是有这样一个爸爸多好，碰巧小眼镜眉头有个痦子，而雷咏也有一个，使孩子们认为雷咏就是小眼镜的爸爸。 小眼镜的生日到了，一家人都等爸爸回来一起庆祝生日。被科长欺负一直不敢反抗的爸爸很晚来回来，生气的小眼镜和雅各布来到了雷咏家，雷咏居然知道今天是小眼镜的生日，这让小眼镜更认为雷咏就是自己的爸爸。 为了弄清自己的亲爸爸到底是谁，小眼镜又来询问母亲，正跟爸爸生气的妈妈气头上的几句话，更让小眼镜对自己的爸爸-----张利民产生了怀疑。 雷咏又在执行任务，小眼镜等在后面跟踪，不料却被歹徒的同伙发现，将小眼镜和雅各布劫持到了废弃工地上，在金老师和雷咏的配合下，终于将二人救出，这件事使小眼镜更加坚信自己的亲爸爸是雷咏。 金老师将雷咏请进班级，对同学们进行自我保护知识讲座，金老师和雷咏一见钟情。却被孩子们看出苗头，为了阻止金老师和雷咏相见，孩子们在她们中间进行了一系列的破坏活动……