第三十一集蒙家军行军在沙漠中，却出现内奸扎破营中所有水桶，蒙恬料定是赵高要置蒙家军于死地。田伍长等人自认守卫失职，要按军法自我处置，小川劝他们将尊严和生命等同视之，并保证会为他们洗脱罪名。蒙家军的兵将因为干渴倒下不少，蒙恬飞鸽传书向学生李由求援。小川按奈不住，向蒙恬提出建议，蒙恬却打断他，除非小川接任蒙家军，否则他不会听小川的任何建议。小川怒责蒙恬置三万士兵性命于不顾，蒙恬提醒小川，如果全体三十万蒙家军将来因群龙无首而覆灭，国门被戎狄、匈奴踏破，二千万人就将生活在水深火热之中，玉漱公主也一样要遭受流落之苦，被人糟蹋。与之相比，这只是小数目。蒙恬终于牵着小川的手向众将士宣布，他就是自己失散多年的弟弟蒙毅，蒙家军今后的新统帅，并将随自己征战多年的盔甲传给了蒙毅。蒙毅利用沙漠的昼夜温差教士兵们变出了“天水”，威信大增。为了快速制胜，蒙毅派田伍长用苦肉计混入敌营，一面又让士兵们躺在地上诈装奄奄一息。戎狄果然中计，以为可一举获胜，于是倾巢出动，却陷入秦军埋伏，转头却发现兵营也被一把火烧毁，田伍长拿下了首领帕甲阔的首级。戎狄慌乱溃逃，蒙毅却命令麾下停止追击，蒙恬不解，他告诉蒙恬，自己的战术是擒贼擒王而不是大开杀戒。

第三十二集李由驰援赶到之时，军中已开始举行庆功宴。蒙恬告诉李由自己将不久于人世，请他不要就自己遇刺一事责问父亲李斯，并全力帮助蒙毅。大殿上秦皇大悦，封赏蒙毅位上卿，辅佐蒙恬总揽军务，正式接手了蒙家军。李斯与赵高不满，窃议要在其和丽妃头上做文章，好一箭双雕除去二人。小月出宫为玉漱捎话，见到了蒙毅的女仆德香大吃一惊。蒙恬送给蒙毅一批良驹，蒙毅想起自己曾经向大哥项羽许下的诺言，命庞副将将良驹送去会稽，这便是日后的乌骓。蒙府上，挂起了一面半烧焦的旗帜，这是蒙家时代忠良与荣耀的见证……蒙毅托小月将自己的分手告白交给小月。不料小月在宫门被太监截住。陈永厉在小月身上搜出手机交给赵高，赵高发现了小川和玉漱的秘密。大殿上，秦皇将蒙毅，玉漱同招来，赵高启奏，蒙毅暗中勾结丽妃，并且要呈上真凭实据。 赵高得意洋洋打开手机呈到秦皇面前，手机却没电了。他气急败坏地问蒙毅要充电器，蒙毅装作什么也不懂。赵高情急，令人押上小月，要她供出两人奸情。小月为了保护小川，竟供认自己违反宫规，爱上了蒙毅，才出宫探望。秦皇对赵高十分不满，令他自己按宫规处置妹妹，廷杖百下，逐出皇宫。小月被打得死去活来。赵高痛哭流涕，向秦皇苦苦哀求，秦皇丝毫不为所动。玉漱和蒙毅站出求情，秦皇这才放过小月。

第三十三集寝宫内的玉漱迫不及待地打开充完电的手机，听到的却是小川的分手告白。罗拉生日，黑袍人送她礼物，并为她带上，罗拉吻了一下他的脸，他却依然冷漠。罗拉终于控制不住，道出自己对高岚的嫉妒，这回黑袍人终于有反应了，却是一个耳光。罗拉来到健身房找到高岚，要与之对决。没想到高岚一脚，罗拉躲开，踢在大川脸上，装着窃听器的牙齿被踢飞。演武场上，士兵们正在蒙毅设计的石头杠铃，哑铃鞥进行肌肉训练。德香害羞，蒙毅便让庞副将脱下军服给德香穿，庞副将不情愿，却只得从命。德香来还军服，庞副将踏打落在地，憋了一天的火终于发作：将军服借给一个女奴隶穿，本就是对蒙家军和自己的侮辱。蒙毅提醒他自己和他也曾经是奴隶，庞副将的态度终于有所缓和，向德香一躬以示歉意。德香将庞副将的军服的大破口缝补后归还，周围士兵取笑庞副将，弄得他好生尴尬。德香捡起两颗石头弹入两个士兵的嘴巴，蒙毅看在眼里。蒙毅盘问德香，德香交代自己是经过特殊训练的女刺客。蒙毅受到启发，决定来搞个古代版的特种兵部队。

第三十四集趁着高要不再，虚弱不堪的小月悄悄来找蒙毅，小川却感激她救玉漱的恩情，令小月更为痛心。秦皇来看玉漱，见她对着一片桃花伤悲，心中关切，就吩咐安排狩猎，让玉漱散心，并传旨令蒙毅将军陪同保护。围场上，玉漱的坐骑突然受惊疯跑，众人催马追赶，却只有蒙毅的黑风追上。蒙毅上前制服受惊黑马，玉漱问蒙毅是不是变心了，蒙毅告诉她，为了彼此的责任，他们都没有选择，除非有一天这个世界不再需要蒙毅。众人赶到，玉漱看着蒙毅骑马从身边飞驰而去，突然晕倒。夜晚，蒙毅院中惊现刺客，蒙面的飞虎队在第一时间出现，出奇制胜活捉了刺客。庞副将认出刺客所使用的暗器和刺伤蒙恬的一模一样，原来又是赵高！这时被捆绑的刺客们突然痛苦尖叫，纷纷死亡。原来他们是服下了定时的毒药，不论刺杀成败，都是死无对证。赵高听说刺杀失败，蒙毅的神秘卫队让他们损失惨重，不禁心惊肉跳，怕蒙毅也派秘密特务来刺杀他，遂一夜未合眼。王后与金将军再次潜入咸阳，密谋在秦皇的寿宴上下毒刺杀秦皇。寿宴上，秦皇请出琴师高渐离击筑为乐，所有人听得陶醉。病中的玉漱也被乐音吸引而来，这让乔装成太监的王后和金将军始料未及。眼看着玉漱和秦皇同时夹起有毒的菜，金将军飞出筷子，同一时间高渐离居然将筑琴向秦皇砸去 。

第三十五集秦皇拟旨升赏蒙毅，赵高诋毁蒙毅一双筷子可以打破古琴，刺杀秦皇也是轻而易举。秦皇大恐，正好此时边疆告急，他决定立刻派蒙毅出征。夜里，一封匿名信出现在蒙毅门外，上面写着“举贤堂有难“。蒙毅表示宁可信其有不可信其无，于是心生一计，向秦皇表奏，出征匈奴的兵源不足，不如将狱中的举贤堂囚犯充军，跟随自己出征匈奴，让他们戴罪立功，必会英勇奋战。秦皇同意。赵，李二人暗暗跺脚。德香来到蒙毅身边举起匕首，庞副将以为她要刺杀蒙毅，不料德香将匕首高举过头顶向蒙毅跪下，要蒙毅赐其一死。蒙毅接过匕首，庞副将再也控制不住，挡在德香面前，说绝不会让任何人伤害德香，两人终于衷情相吐。赵高调查出此次下毒可能是是图安所为。他派属官来到王后面前，谎称自己的主人是高渐离故友，要与其共谋刺杀打击。金将军劝王后谨慎，王后眼看玉漱已经不能指望，决定铤而走险，前往会见对方，可是，等来的却是秦始皇！赵高带人来到玉漱宫殿，搜查出早已被事先藏在宫中的兵器毒药。毫不知情的玉漱被带到秦皇面前，看到母后和奶娘被押上。王后为了保护玉漱，一把将其推开，厉声斥责。王后不愿受赵高小人审讯，凛然喝下毒酒死去，倒在玉漱怀中的王后告诉女儿一定要活下去。

第三十六集秦皇命将玉漱暂投冷宫。战场上，德香手持匕首与自己族人并肩作战。杀着杀着，德香遇到了曾一起玩闹的蒙家军士兵，却是看着他死去。一战结束，匈奴丝毫不退缩，两军伤亡惨重，蒙毅虽有把握取胜，却不愿付出更多的牺牲，于是决定：撤退！第二天早晨，匈奴人发现秦国大兵已经完全消失了，只留下撤兵前祭拜的木雕巨虎。匈奴人高呼胜利，德香也在城头上双手合十感谢老天，一边呼唤着庞副将的名字。匈奴人把巨虎作为战利品拉入了城池，彻夜狂欢庆祝，广场上醉倒了一片。这时，田伍长带着飞虎队从虎肚中鱼贯而出。他们见到德香，但都不想伤害自己的队长，德香却让他们不要手下留情。庞副将进城后拼命找寻德香，却终见德香寡不敌众而倒下，在自己的怀中死去。蒙毅凯旋归朝，秦皇为他举行庆功宴。庆功宴上，蒙毅却得知玉漱被投入冷宫，一时无法遏制怒气，居然一把抓住了赵高的衣领要揍他。秦皇十分生气。赵高趁机进谗蒙毅居功自傲，让秦皇更加对其不满。冷宫中的玉漱重病却无人问津，这时小月来到玉漱身边，因为她答应过蒙毅要好好照顾玉漱。朝堂之上，赵高借蒙毅病倒指责蒙毅连上朝都怠慢了。李由却以性命担保蒙毅不会如此，不惜与父亲李斯力争。秦皇嘉赞李由忠良，让他前去探病。赵高李斯商量让李由取代蒙毅，这样便可高枕无忧。