拥有“罪恶之灵感”的游柔、照相记忆的雅伶、IQ爆棚的美思与拳拳到肉的杜比，在新学期入读传奇而神秘的“金甲虫探侦学院”，她们被分配到同一宿舍，但必须她们的侦探头脑找出宿舍位置。四女生各有所长，最终合作找到宿舍……午夜过后，四人被惊醒，获通知要行开学礼，往礼堂的路上，有人堕楼身亡……四女生（游柔、美思、杜比与雅伶）为了参加开学礼赶赴礼堂，赫然发现尸体，美思的动物血恐惧症突发，因此知道尸体有异……开学礼时，老师逐一登场，惟有校长不见踪影，女生们奇怪不已……翌日某同学在纪念馆受袭，揭开了一直流传于学院的传闻：金甲虫的诅咒。美思想揭开真相，反而身陷险境……

美思为查金甲虫的诅咒遇难被救，其余三女生同气连声，参加侦查行列。期间，得到学长东亚武夫与学姊Nicole的帮忙……四女再到纪念馆查察，无意中找出一间密室，进去一探，终于整理出诅咒的来龙去脉……大家兴奋未了，雅伶接讯离去后，无故失踪。三女生担心起来，游柔运用灵感，赫然见雅伶被袭……雅伶无故失踪，三女分头寻找，几经转折才找回她，其时雅伶已昏迷。回到宿舍，虽救醒雅伶，却不知行凶者是谁……一波未平，一波又起，在众人为雅伶的事情烦恼之际，纪念馆的金甲虫校徽却不翼而飞。负责保管的校工央求四女生找回金甲虫，四人仗义，答应行动，不须多时，便找出三个嫌疑人物……

每个嫌疑人物皆有动机，却也有不在场证据，很难证明哪个是犯人，四女生惟有分头向三名疑犯暗中侦查……调查期间，无意中发现蓝、吕主任的秘密……然而失物还未寻回，四女生泄气，校工透露金甲虫背后的秘密，又说那是无可代替的对象……四女生在金甲虫的相片上发现失窃真相，原来答案十分出人意表……四女生未揪出偷窃金甲虫的犯人，校徽却离奇地挂回原位。她们在金甲虫上找到一串密码，觉得与失窃有关。四人各施各法解碼……游柔从暗恋对象Edwin处得到启发，叫美思用计算机尝试，果然成功，但所得的答案竟牵连另一个谜题，四女生揭开答案下的另一答案……Edwin请四女生及几位男生到别墅度假，怎料Edwin的女友Miller却神秘暴毙……

Miller的死令Edwin悲痛欲绝，警方到场调查，因是密室杀人，所有人皆有嫌疑，故不准离开。四女生暗下调查，游柔的灵感竟指向Edwin；但游柔坚信Edwin清白，四女生听女工阿如证实Miller有了第三者，那就是在场的文辉……另一边厢，男生不甘后人，也努力调查，金仔发现密室之秘，并认定杀死Miller的凶手就是……金仔认定管家炳叔就是杀死Miller的真凶，炳叔矢口否认，更说自己其实是Miller的生父，没道理杀害亲生女儿。四女生也否定金仔的推论，她们根据调查所得，揭开了Miller不想旁人知道的秘密，并得到文辉证实……最令人意外的是，真凶利用了Miller的秘密而进行布局……

四女生终于侦破谋杀Miller的手法，曲折离奇，真凶亦亲口道出杀人动机。结局虽然令众人黯然神伤，但案件总算告一段落，大家怀着复杂的心情回去探侦学院……开放日，学生都忙着表演节目，杜比不愿出席，三女生问出原因后，决定陪杜比外出消遣……途中遇见少年力奇，声称其父亲被外星人掳走。四女生只觉事有跷蹊……力奇带四女生到父亲失踪的地点，并陈述事件经过，又以录像带为证。杜比愤指世上根本没有外星人。其后，大家才知道杜比父亲的失踪过程与力奇父大同小异，更发现二人同样是外交官……她们找外星迷同学Jay帮忙，解开二人凭空失踪之谜；另一方面，四女生兵分两路，调查两个父亲的共通点……杜比那一起发现行踪正被神秘人物监视……

游柔等人追捕神秘人，一直至杜家别墅后的森林里。杜比与神秘人纠缠间，无故凭空消失，游柔等人十分担心……杜比在森林中被毒藤刺伤，生命垂危，原本不知去向的神秘人再度出现，哼着杜比父最爱的歌曲，并以草药救她。杜比再三追问下，那人自称魔术师……众人终在天亮时寻至，魔术师却又离奇消失……美思解开了力奇与杜比父亲飞空之谜，结论出两人是自愿失踪的，杜比反应冷静，众人愕然……杜比从别墅拿回二胡，日夜苦练父亲留下的乐曲，练成之时，竟发动了一个机关，终得悉父亲失踪之秘……美思的表叔邀请她与一班探侦学院的同学，参加位于离岛游乐场的十周年庆典，那处流传阴森的传说，众人本不以为已，岂料发生命案……