公孙绿萼带杨过众人来见裘千尺，裘千尺认出了慈恩，要慈恩为大哥报仇，并要杨过娶绿萼，方可得到解药，杨过不从，绿萼姑娘假装生气将天竺僧等人关禁的地方放在枣核里告知杨过，杨过和小龙女按照地图找到火浣室，救出天竺僧等人，天竺僧却因亲自试情花之毒而昏迷， 慈恩抢走郭襄，黄蓉装疯将郭襄从慈恩手里骗出。 绿萼听到杨过说他心中只有小龙女，再容不得旁人，原本爱慕杨过的一颗心悲痛不已伤心欲绝的绿萼跑到断肠崖上……偶听公孙止和李莫愁要拿她来做诱饵骗裘千尺拿出半枚绝情丹，绿萼伤心之下自已投入情花丛中。 绿萼告诉母亲自己被父亲推进情花丛中，裘千尺带绿萼去大厅拿解药，黄蓉接下裘千尺枚枣核钉可获得半枚绝情丹，裘千尺让绿萼拿假解药给黄蓉，绿萼为救杨过拿出了真药却被公孙止抢走……

公孙止抢走解药，绿萼告诉大家实情，并说出公孙止和李莫愁的阴谋，众人围攻公孙止要解药，公孙止拿绿萼做掩护，绿萼死在公孙止手里…… 天竺僧醒来说情花之毒可解，来到榕树林找解药……却被李莫愁用冰魄银针打死，朱子柳和武三通与李莫愁拼命，朱子柳告诉黄蓉等人天竺僧被李莫愁害死，只有公孙止手上的半枚绝情丹可救杨过，黄蓉安排分头追堵李莫愁和公孙止…… 一灯大师看到天竺僧手中的小草…… 小龙女不顾生命在断肠崖上和公孙止独斗抢过绝情丹，杨过不愿独自活着，而将小龙女辛苦得到的唯一半枚绝情丹扔下了断肠崖。 李莫愁因中情花之毒焚身于绝情谷的大火之中，裘千尺将公孙止引到天坑处，二人双双坠落天坑而死。 黄蓉让小龙女劝说杨过服下断肠草解毒，小龙女不知如何去说服杨过……

黄蓉的劝说让小龙女不知所措……次日清晨，杨过却发现小龙女不见了…… 杨过四处找小龙女无果……大家来到天坑，程英替杨过下坑底找小龙女亦无果，杨过痛哭跑到断肠崖，杨过看到小龙女留在崖边的龙女花和断肠草，和小龙女在崖壁上留下十六年后相见的字迹。 黄蓉骗杨过是南海尼神把小龙女带走治伤，杨过略释怀信，众人离去，陆无双和程英留下陪杨过在绝情谷养伤，杨过将玉女心经传给了陆无双和程英。

蒙古军已撤退，黄蓉带众人回到襄阳…… 杨过不告而别，只给程英、陆无双留下一封信，杨过来到剑冢，见到神雕，神雕却要杨过练习木剑。 杨过和神雕一起练剑……杨过带神雕下山，到南海边等待小龙女，对小龙女的思念练起了默然销魂掌 十六年后，蒙古人欺压大宋百姓，郭靖和黄蓉得知蒙古再攻襄阳，担心出门的郭芙姊妹三人。 郭芙和破虏发现不见了郭襄，十六岁的郭襄在和一帮乞丐喝酒，郭芙把她拉走。 郭襄听到民间艺人说到神雕侠很感兴趣，郭襄的热心帮木偶艺人，木偶艺人将独臂的神雕侠送给了郭襄…… 因黄河结冰不能赶路，郭家姐弟来到安渡老店，郭襄又碰到艺人说书，大头鬼带郭襄去见神雕侠…… 郭襄听出西山一窟鬼要对付神雕大侠……西山一窟鬼路经万兽山庄时惊走了九尾令狐，史家五兄弟截住西山一窟鬼打了起来，杨过出现制服百兽……

杨过答应帮史家兄弟去黑龙潭找九尾银狐，郭襄跟随着杨过而去……郭襄说出当世的几位英雄，杨过也在其中……答应带郭襄同去黑龙潭上找九尾银狐…… 二人来到黑龙潭发现九尾银狐，杨过追九尾狠狐被瑛姑阻止。 一灯大师带着慈恩也在黑龙潭欲见瑛姑，杨过帮一灯大师把瑛姑邀出来见慈恩，瑛姑向杨过提出要求，请周伯通来见她…… 杨过带郭襄来到白花谷，杨过用黯然销魂掌让周伯通大开眼界……周伯通将他和瑛姑过去之事讲给杨过听，杨过告诉周伯通，一灯大师并不怪他，却责怪自己没有救你的儿子，周伯通答应来见瑛姑，化解与一灯大师几十的恩怨，瑛姑将银狐交给杨过…… 杨过带回九尾银狐给史家兄弟治病……杨过知道郭襄是郭芙的妹妹，郭襄不舍得离开杨过……

杨过送给郭襄三根金针，答应她三个心愿，郭襄第一根金针就是要看杨过真面目……郭襄向杨过提出第二个心愿是她十六岁生日之时要杨过去看她，杨过都答应了她…… 襄阳大乱，郭芙带着郭襄和破虏进城，郭芙向黄蓉告状郭襄路上竟认些不三不四的 朋友…… 霍都利用何师我杀死鲁有脚，夺取打狗棒，混进了丐帮…… 郭襄在羊太傅庙祭奠鲁有脚，郭芙找来，尼摩星出现抓住二人，杨过暗助郭襄打死尼摩星，郭襄思念杨过…… 史家兄弟助杨过暗中查霍都的情况…… 很多江湖中人送重礼来给郭襄祝寿令黄蓉和郭靖吃惊…… 郭芙让耶律齐为她争夺丐帮帮主之位……丐帮大会上，武家兄弟一一战败群雄…… 郭襄不参加丐帮大会，在屋内等待杨过到来……大头鬼告诉郭襄让她去校场等候杨过的到来……