由佐分利引发的西医诊所骚动事件，看上去以仁自己主动离开医学所而收场。然而医学所里仍然还有一部分医生，不把仁的医术放在眼里，就连一直佩服仁的医术并一直持着他的洪庵等也受到这种思潮的影响。某一天仁得知茶馆老板的女儿茜，不慎将油泼在身上造成大面积的烫伤，立即和关一起赶到茜的家里。看了伤势后仁判断必须做皮肤移植手术，并拜托洪庵提供大量的青霉素注射液。洪庵接受了这个要求但是他也向仁提出，做手术时希望让他的朋友在场观看。于是在洪庵和他的那个叫滨口的朋友的注视下，仁开始为茜做皮肤移植手术。手术进行的非常顺利，一直注视着手术的滨口看到这样精湛的医术，掩饰不住自己吃惊的神色。但是此后等待仁他们的却是让人意想不到的事情。

一直以来给与仁巨大帮助的洪庵去世了，仁下定决心一定要比以前更坚强的生活下去，于是他创建了自己的医院（仁友堂），为了生产出药效更高的青霉素，仁和笑日夜反复试验。然而要生产出比现在药效更高的青霉素，需要相当大的一笔资金。仁拜托滨口给与援助，但是得到的回复却令人心寒。马龙听了这些情况后不知道为什么要带仁去见吉原，结果仁在还没有搞清状况的情况下，便和马龙以及护卫恭太郎3人一起前去吉原处拜访，此时看到野风正在逼近一个貌似武士的男子。当那个男子离开以后野风在人群中找到了仁的身影，他恳请仁为百受病痛折磨的花魁初音进行诊查。

突然有人说要为野风赎身，虽然知道是妓女的身份不应该拒绝，但是实际上野风对仁的感情已经在与他的接触中与日俱增了。另外仁对佐分利他们制作的新型医疗设备很是钦佩，然而有一个老人看后却悟住鼻子笑，当面否定仁的医疗水平，这个老人是消防组的头目新门辰五郎。虽然不知道他的底细仁并不畏惧提出了自己的意见，并约定下次发生火灾时去火场救助。某一天仁接到野风的信，和龙马一起前往吉原处。来到野风处的仁每天依然都过着对笑割舍不断的日子，野风叫仁来说是有事情要和他商量，其实这只不过是一个借口，等待仁他们到来的是以野风为首的花魁们准备的宴席。把已经酩酊大醉的龙马送到别处后，就只剩下野风和仁俩人，仁发现野风不仅脸象未来，竟然连心谛也像极了妻子未来.

?已经被遗忘的头痛病袭来，仁突然意识丧失。几天后仁苏醒过来后回想自己跨越时空的过程，想到那个身份不明的患者….仍然是一个解不开的谜。为野风赎身的事已经决定了，在野风的强烈要求下仁要给野风做最后一次诊察。他与笑一起来到吉原处，然而要帮野风赎身的潘医生也在座。仁在诊察的过程中感觉到野风的身体里发生了某种微妙的变化，她的身体发生了和仁那留在现代的恋人未来一样的病变，然而此时的仁没有办法将这样的事实传达给她。并且笑对仁的感情也是一天比一天强烈，然而又没有办法向仁提出有关自己婚事的话题，已经被摆在桌面上的这一事实。痛苦之中笑下决心将自己的全部想法去找某个人进行商谈。 就在这时发生了对仁和龙马二人的命运具有极大冲击性的事件！

（大结局）

?仁正准备帮助突然遭到刺客袭击的龙马，结果和龙马一起跌落悬崖。然而当仁苏醒过来时到处也没有龙马的身影。于是跨越时空的记忆完全苏醒了…那天，被送来的身份不明的患者应该就是龙马。滕海舟他们到处奔走进行搜查，但是依然找不到龙马的居所。某一天佐分利来到仁的身边，将自己调查的有关乳腺癌的资料交给仁，并说如果发现有怀疑为乳腺癌的患者，希望能够进行调查。仁被佐分利的热情所打动，决定要再一次为野风进行治疗。然而仁考虑到野风还存在赎身的事和恋人未来的事情等，面对已经有明显的乳腺癌征兆的野风，只是含糊的说不知道是不是恶性的，因此还不能最后下决心为她实施手术。另外关于笑的婚姻话题正在稳步顺利的进行着，这一天终于迎来了迎亲的日子然而......