冷玉萱不愿再去想这件事，她因为有了孩子而想继续维持这断感情，林子阳的开导让她心情慢慢平静下来。陈海峰看到了冷玉萱和林子阳在医院门口的场景，冷玉萱回家后他们又争吵起来，冷玉萱的母亲要来看望她了。

冷玉萱将她母亲要来看望她的消息告诉了正在开车的陈海峰，陈海峰闯了红灯就急忙赶回去了。陈海峰打算把她爸妈安排到别墅去住，为了不让她爹妈怀疑，他们仍旧睡在一张床上。

陈海峰带着冷玉萱的爸妈来到他公司，在公司的办公室里见到了杨娜，他将杨娜带了出去。冷玉萱的父亲好像看出了点儿什么，他对陈海峰语重心长地说了些教育的话。

杨娜约冷玉萱见面，她拿出一张医院的报告说自己怀孕了，孩子是陈海峰的。冷玉萱的忍耐到了极限，她去找母亲商谈，母亲让她自己拿主意。冷玉萱不想让同事和更多人知道她和陈海峰离婚的事情，她让政委替她保密。

陈海峰找到杨娜问孩子的事儿，杨娜说是真的，他将银行卡交到杨娜手中，杨娜说她不是为了钱。杨娜实际上是想取代冷玉萱的位置，王总告诉她那不可能的，就算是他和冷玉萱离了婚也不会娶她。

陈海峰和冷玉萱商量到周末回家，他们得瞒着孩子，他说出了自己内心的话。

刘红战的儿子的成绩考的不错，他不想报医学专业，他想根据自己的喜好报酒店与旅游管理专业，他爸妈不同意他的想法，刘军辉情急之下一个人跑了出去，他爸爸很担忧他，在四处寻找他。林子阳在路上遇到了刘军辉，他将军辉送到家中。

刘主任想把自己的研究做出果，政委同意了他可以开始做。刘主任和秦副主任去医院清点东西，秦副主任的话激怒了林子阳，林子阳将他打翻在地。

部队要进行一次大的实战演习，蓝天医院要参加，政委负责带队，政委宣读了参与演习人员的名单。刘主任最终还是没争取上，在集合的时候林子阳到晚了一会儿被批评。秦副主任作为这次医疗小队的队长参加，他在不时地提醒这些参加的新手们安全问题。

演习按照计划在有条不紊地展开，林子阳突然接到命令说是有两个战士在跳伞的时候腿出了问题，林子阳急忙开车前往。林子阳做完手术后赶回去，但他在半路遇上了一位受伤的药农，他开车赶忙把伤者往医院送。由于林子阳没及时归队，部队先撤了，当飞机投弹的时候发现投弹区内有人，演习暂时中止了，等林子阳回来的时候发现部队不见了。

短暂的军演让林子阳第一次感觉到战争的残酷，他有了当英雄的念头，他提前回医院了，要写检查等候处理。陈海峰将儿子接了回来，他给冷玉萱买了首饰。

陈海峰离婚后三天两头往家里去，这个杨娜心里很不舒服，杨娜找王总帮忙。林子阳被一群人打了一顿，打人的说是让林子阳离他们老大的女人远一点儿。

陈海峰猜到了打林子阳的人是杨娜找的，他去找她质问，杨娜说自己打孩子打掉了并将医院开的证明交给他。林子阳的儿子如愿以偿地考上了大学，他在给同事们发糖庆祝。上面下来文件说以后的干部要年轻化，这让秦副主任很焦虑。

林子阳被处以严重警告一次，领导要来蓝天医院视察了，主要是看外科创伤医院的进展情况。院长去看望刘主任，他让刘主任去找于部长谈谈，可刘红战不想以送礼的名义取得晋级的机会，院长给他说了对不起之后就走了。

于恬恬担心林子阳走，她从后面抱住林子阳不叫他走，林子阳打电话让人把机票退了，他又给院长打去电话说再帮他们一段时间。第一批病人就要到了，全院都在做着准备工作。院长给刘主任打去电话说要他们照顾好他，并将他活着带回来，这次救助有可传染性病毒。

林子阳被刘主任安排到病区外做后勤工作，冷玉萱和刘主任带领主要医疗人员在病区工作。第一批病人到了，刘主任率先带领是共产党员的同志参加抢救。

林子阳干了一段后勤工作感觉很乏力。由于S病毒的不断扩散，无法及时控制，患者在不断增加，死亡人数也在上升。面对这么多病人，于恬恬感觉自己受不了了，林子阳在为他鼓劲儿。太可怕了，工作的同志接连倒下来，病魔随时都有可能要了他们的生命。

林子阳刚开始有了打退学鼓的想法，但看着身边同事的努力他打算留下。于恬恬给她父亲打去电话，她父亲鼓励她要坚强勇敢地面前困难。

陈海峰的癫痫病发作了，杨娜惊慌失措，他儿子拿起电话向他妈求助，杨娜被吓的很厉害。

林子阳在美国的时候因为生病用了三支杜冷丁，政委找冷玉萱谈话说关于医院丢失杜冷丁的事儿，他命令冷玉萱这件事一定要查出个结果。冷玉萱在林子阳的衣服中找到了两支杜冷丁，她来到会场向林子阳发出关于杜冷丁的质疑。

林子阳说出了自己在美国杜冷丁的经历，说他要申请事故调查且已戒了杜冷丁。林子阳发言完就下台了，秦副主任对刘主任大夸其词，他推荐刘主任继续在外一科当主任。刘红战也上台参与了竞争的演讲。

冷玉萱说她在林子阳的白大褂发现了两支杜冷丁，她将两支杜冷丁交给政委，林子阳将他自己锁在房间里证明自己没毒瘾。刘主任发言完后回到家中，秦副主任也对他的发言多加指责。政委给刘主任打去电话说他的方案没通过专家的认可，他只能服从组织的安排。杜冷丁失窃案上报给了公安部门，省医院的孙主任被带走协助调查，孙主任全招了，是他偷了钥匙并诬陷了林子阳，他被拘留了。

后勤医院开过会了，蓝天医院被撤销了，林子阳是清白的。政委将林子阳打伤了，他被人拉开。撤编的消息像瘟疫一样迅速在医院传开，每个人都在寻找着出路，林子阳认为此时离开像是个逃兵。

医院全体医护人员都在党旗军旗下宣誓，誓死报效祖国人民，唯有林子阳一人准备离去。

于恬恬跑到林子阳家里，抱住林子阳哭着求他不要走，林子阳想起了作为一个军人的天职，听着窗外同事们的宣誓，林子阳决定留下和同事战友们一起抗击非典病毒，他打电话退了飞机票。

林子阳跟着于恬恬回到医院里，大家正忙碌地准备着迎接第一批非典病人的到来。

陈海峰带着小雨到了医院外观望，小雨看见妈妈在里面宣誓，大叫着叫着妈妈就要冲进去，被门外的警察挡在外面，陈海峰看见冷玉萱即将用面临生死的威胁，心情格外紧张和担忧。

冷玉萱遇见林子阳，林子阳告诉他自己又决定留下了，冷玉萱告诉他这是很危险的，一定要想好了再做决定。

院长打电话给刘主任，告诉他林子阳又回来了。没等院长开口，刘主任抢先说出这个危机时刻主任还是由我来担任吧。院长同意了刘主任的请求，同时嘱咐刘主任一定要把林子阳保护好，要他活着回来，医院的后期建设还要靠他，刘主任虽说心里不痛快，还是满口保证会保护林子阳的安全。

刘主任召开战前第一次全体会议，宣布自己任主任负责病区内的治疗工作，由冷玉萱配合他的工作；林子阳为副主任在病区外负责内勤工作，林子阳提出异议，刘主任告诉他军人的天职就是服从命令，林子阳无奈只得听从刘主任的分配。

陈海峰把小雨接到别墅去住，看见杨娜小雨质问陈海峰她为什么住咱们家。陈海峰回答说杨娜阿姨家被隔离了没有地方住，暂时住在家里。小雨不高兴的走进了别墅，陈海峰叮嘱杨娜千万不能在孩子面前说漏了他和冷玉萱离婚的事情。

这场特殊的战役终于打响了第一枪，第一批病人终于在大家的焦急等待中送到了蓝天医院。大家争先恐后上前抢救病人，林子阳也想冲上去帮助救治病人，被刘主任推了回来。

林子阳趁刘主任消毒的机会向刘主任申请上战斗第一线为病人做手术，刘主任为保护他回绝了他的请求。

刘主任累的坐着就睡着了，林子阳关切的问刘主任想吃什么为他去准备，刘主任告诉他只想睡觉，两个小时后叫醒他。林子阳见刘主任累成这样，心里深深的为刘主任感动。

于恬恬每天看着抢救无效的病人一个个被抬出去，心里压力越来越大。她跑到林子阳面前，哭着向林子阳诉说了心里的恐惧，林子阳安慰她，并告诉她如果她染上病毒了，自己一定会陪着她。于恬恬开心的笑了。

病魔疯狂的夺走了一条又一条鲜活的生命，身边的同志也一个个倒下了，甚至牺牲。面对死亡，冷玉萱给大家做了一次生动的心里工作。

刘主任终于累倒了，林子阳临时顶上作为主任带领大家继续作战。

冷玉萱动员大家不要害怕，不要恐惧，要勇敢面对。林子阳表示前段时间想过要离开，因为累和危险，但是这一刻他想留下来，并肩和同志们战斗在一起。感受着死亡的威胁，他也鼓励大家不要害怕，不要气馁。同志们拥抱在一起，喊着口号发誓都要活着出去。