Kochenko被Alex所杀。可Ari另有打算……他真正感兴趣的是Nikita和Michael偷走的黑盒子，而为他寻找Nikita的特工正是……Kelly！真够乱的。Ari得知刺杀Kochenko的人也在追踪Nikita，于是命令Kelly找到黑盒子并抓住刺杀Kochenko的人（也就是Alex）。

Amanda知道Kochenko之死会惹来麻烦，于是让Percy帮她想主意。Percy告诉Amanda，Nikolai Udinov的残余势力可能会帮助Alex扳倒Semak夺回权力。Percy称Amanda帮助Alex只不过想在Semak中安插一名自己的亲信，而Amanda也承认自己相信Alex干掉Semak后会对曾经帮助过她的人「感激不尽」。

当Kelly抓住Alex后，Nikita被迫在两个搭档之间做出选择。她最终杀死了Kelly，救了Alex一命。Nikita再次请求Alex离开「组织」随她和Michael一起亡命天涯。Alex知道Gogol在找她，她认为自己待在「组织」更安全－－而且她可以利用「组织」的资源来彻底消灭Semak。Alex协助Michael和Nikita逃跑，Michael相信Alex迟早有一天会离开「组织」。

Semak通过Gogol知道了Alex的真实身份：Alexandra Udinov。Semak称Nikolai Udinov的死党肯定会帮助Alex来对付他，于是要求Ari务必尽快除掉Alex。

Nikita和Michael准备实施一个准备了好几个星期的计划，但Michael发现「组织」的P9项目被重新激活，决定先解决此事。P9项目将把普通人变成「组织」的杀手，并可随时被激活。

Nikita和Michael遇到了也在调查P9项目的老熟人Owen。Owen的目标是P9项目的创始人Mars医生，因为Mars医生还创造了一种帮助「组织」控制特工的特殊药物，Owen希望一劳永逸地去除这种药物对自己的影响。Nikita、Michael和Owen决定联手行动。

一个被激活的杀手试图行刺一名参议员，Nikita等人前去营救。Alex也来到现场。Nikita等人对付杀手的时候，Alex救了那个参议员一命。随后赶来的Sean严厉斥责Alex不该同时放跑Nikita和那个杀手，Alex辩称一切发生得太快，她没有时间作出反应。

第二名派去刺杀参议员的杀手被带回了Birkhoff的藏身地。一开始Birkhoff很不高兴，当他发现此人（Alicia）是一位年轻美女后，立刻改变了态度。Alicia也是个计算机天才，并且和Birkhoff很谈得来。糟糕的是，Alicia的思想再次被P9程序控制，她打晕了Birkhoff。Nikita及时阻止了Alicia－－这时她才发现「组织」要谋杀的是一名法官，而不是起先那个参议员。Alicia恢复正常生活，Birkhoff的新爱情还没开始就结束了。

本集结尾揭示了一个秘密：Owen现在为俄罗斯的Gogol工作，他们的首要目的是找到其他「守护者」并杀死Percy。

Amanda指派Alex执行谋杀任务，目标是杀害Alex父亲的一名仇人。Alex欣然答应，但Sean认为她太感情用事了。Sean劝Alex理性一点，不要被感情蒙蔽了理智。Alex并不信任Sean，但Sean的建议并没有错。

Michael和Nikita追踪一个叫Romon的人。Nikita多年前曾抓过此人，并相信他已经被「组织」所杀。他们发现当年报道Ramon案的女记者可能和Ramon存在特殊联系，于是Michael假扮CNN制片人引诱女记者上钩。女记者事实上是「组织」的特工。当她向上级汇报自己「抓住了Michael」，Birkhoff转移了她的通话。他们得到了Ramon的准确藏身地点。

可是当Nikita找到Ramon时，发现他已经成了一个坐在轮椅上的残废，不可能再为「组织」执行谋杀任务。Ramon私底下告诉Nikita，是Percy让他变成今天这样子－－因为Percy想完全控制他的「资产」。Ramon将矛头指向Nikita，称Nikita毁了他下半生。

Nikita收到Amanda发来的信息：如果Nikita不杀死Ramon，她就会杀死已经落入她手中的Michael。Nikita想和Michael取得联系，但Ramon坚持要Nikita杀了他。Nikita不肯杀他，于是离开他独自去救Michael。

Amanda下令毁灭Michael所在的那栋房屋，Nikita以为Michael死了……可是Michael利用秘密地下通道逃了出来。他们随后公开了「组织」的刺杀计划，Amanda不得不命令Alex终止行动。可是Alex不想放弃这个报仇的好机会！

在本集中，Nikita和Alex同时追踪一个前「组织」特工，但两人的目的截然不同。

Nikita得知自己以前在「组织」的搭档Kelly还活着，但是被关在一家戒备森严的土耳其监狱里。当Nikita与Michael商议营救事宜时，Amanda也得到了同样的情报，决定派Alex前去追踪Kelly，寄希望于Nikita能够自投罗网。为保险起见，Amanda还派出得力杀手Roan参与行动。

杀死Alex父亲的元凶Sergei Semak命令Ari Tasarov（Gogol的头目）寻找刺杀Kochenko的人－－上一集Kochenko被Alex所杀。可Ari另有打算……他真正感兴趣的是Nikita和Michael偷走的黑盒子，而为他寻找Nikita的特工正是……Kelly！真够乱的。Ari得知刺杀Kochenko的人也在追踪Nikita，于是命令Kelly找到黑盒子并抓住刺杀Kochenko的人（也就是Alex）。

Amanda知道Kochenko之死会惹来麻烦，于是让Percy帮她想主意。Percy告诉Amanda，Nikolai Udinov的残余势力可能会帮助Alex扳倒Semak夺回权力。Percy称Amanda帮助Alex只不过想在Semak中安插一名自己的亲信，而Amanda也承认自己相信Alex干掉Semak后会对曾经帮助过她的人「感激不尽」。

当Kelly抓住Alex后，Nikita被迫在两个搭档之间做出选择。她最终杀死了Kelly，救了Alex一命。Nikita再次请求Alex离开「组织」随她和Michael一起亡命天涯。Alex知道Gogol在找她，她认为自己待在「组织」更安全－－而且她可以利用「组织」的资源来彻底消灭Semak。Alex协助Michael和Nikita逃跑，Michael相信Alex迟早有一天会离开「组织」。

Semak通过Gogol知道了Alex的真实身份：Alexandra Udinov。Semak称Nikolai Udinov的死党肯定会帮助Alex来对付他，于是要求Ari务必尽快除掉Alex。

Michael发现自己的老情人Cassandra有危险。Michael当年奉「组织」的命令假意亲近Cassandra，尽管两人没有真实感情，但Michael对她还是有所牵挂。更重要的是，Michael心中一直有负罪感。当他向Nikita提出去帮助Cassandra时，Nikita起了疑心－－或许他们的关系并不像Michael所说的那样简单？与此同时，Amanda诱使Alex协助她进行一项任务。Sean发现自己陷进了Amanda编织的谎言之网，不禁开始怀疑「组织」存在的真实目的。

在查阅黑盒子里的信息时，Birkhoff偶然发现了Nikita的出生证明。Nikita决定和Michael一起寻找自己的生父Richard，但父女团聚时的情形却和Nikita预想的不一样。与此同时，Percy告诉Alex－－Nikita手中的黑盒子里储存着能够帮助Alex报杀父之仇的重要信息。