博士在检测病毒，他要求活体试验。一个瘦弱的少年被选中了，他准备进入实验室的时候却被人击倒，另一个少年取代了他。博士给这个孩子注射了病毒，让他每个小时测一次体温。海伦在梦中仿佛看见自己的姐姐和盖振海亲吻，心情极其郁闷。她和约瑟夫跳舞，说自己的心从此死了。注射了病毒的少年开始发烧，浑身起满了水泡，博士说他很难坚持到下一个小时了。

海伦突然跑出房间，约瑟夫在后面痛苦地大叫着。海伦跑进盖振海房间，对盖振海说有人要逃跑，她要盖振海今天晚上一定不要离开房间。海伦说完就跑了，后面追杀声一片，走投无路之际，盖振海突然出现，把他拽到了另一个房间。海伦说叶栀爱上盖振海了，盖振海说海伦才是他最重要的人。约瑟夫怀疑是叶栀放走了海伦，叶栀否认。盖振海说自己要救乔长军，海伦说自己会帮他，然后两个人一起杀出去。

乔长军假装突然生病，逼迫看守同意韩冰给他注射，看守一疏忽，韩冰杀死看守和乔长军合力跑了出去。盖振海也正好赶到，他们这才明白乔长军并没有给教主提供真的病毒，博士显然是利用这个机会在研制自己的病毒。盖振海找到发病的孩子，乔长军说要把他带出去。乔长军等奋力逃跑，盖振海提出断后，但海伦让盖振海先跑，她会留下，不然谁也跑不出去。乔长军、韩冰带着感染的孩子跑了出去，韩冰中了枪，乔长军把韩冰留在了一个树林里。

约瑟夫追过来，只看见了海伦。他追问盖振海的下落，海伦说自己没看见盖振海。等海伦回到屋里，看见盖振海就在屋里。盖振海说，自己要完成任务。乔长军路上遇见了军队，他反身去找韩冰，结果韩冰却被山贼俘虏。乔长军率队追击，解救了韩冰，自己却为了保护病毒摔到了山下。约瑟夫绑了海伦，发泄自己的不满。阿根说罗明带走了病毒，约瑟夫却说好，利用罗明扩散病毒正是他的计划。

少年罗明趁乱跑了，他要回家看妈妈。乔长军和韩冰都急了，但却找不见他，只能通告给安保小组。可陈法音却没意识到问题的重要。盖振海要救海伦逃走，海伦不同意，她为盖振海的安危着想，希望盖振海活下去。

罗明在风雪山林中继续跋涉着，盖振海的炸弹快要制作完成了。乔长军接受调查，陈法音不认同乔长军的意见，只关心教主老巢的事。乔长军坚持要先找孩子，陈法音却认为186次的安全最重要。罗明终于回到了家，和父母相见，这时候政府来人带走了罗明。控制病毒的想法得到了上级的支持，进行了有效的隔离工作。乔长军知道自己和韩冰都没被感染，很欣慰。

罗明病情好转，说明病毒可以控制。乔长军恢复工作，要查明敌人的目标到底是哪里。盖振海炸弹完成，教主要见盖振海。教主表扬了盖振海，说186号不是他唯一的目标，东北全境的不稳定才是他的目的。

少年们聚在一起领受任务，盖振海故意拉响一颗炸弹然后趁乱拍下了标记着爆炸地点的地图。安保小组决定马上寻找地下世界，同时要救出内奸。

盖振海找到博士，表明自己的身份，希望博士悬崖勒马，为解放军工作。少年们组成的人肉炸弹团出发了。他们携带的炸弹里添加了博士制造的病毒。但博士说那是假的，72小时后病毒就会自然死亡。博士说教主是为了制造混乱，目标还是炸毁返程的186次专列。罗明好了，韩冰却突然发病，为了安全起见，乔长军必须接受重新检查。但检查结果证明乔长军并没有问题。

乔长军去医院看望韩冰，韩冰说她去满洲里找药的时候，为了阻止她逃跑，博士给她注射了病毒。她还说根本没有什么教主，教主就是阿根。盖振海必须离开地下世界，传递情报。叶栀犹豫着没有开枪，阿根斥责叶栀爱上了盖振海，耽误了教主的大事，他要叶栀追上去杀了盖振海。

盖振海果然跑了出来，他回到满洲里，因为满街警察军队在检查证件，他只能强行冲卡，结果被一路追击，盖振海奋力打拼，跟踪他的阿根派的人也被他打死了。

盖振海闯入民居，恰好的巴音的新家。盖振海让巴音去找杨维忠，通告自己的情况。乔长军心急韩冰，也内疚自己带出来的罗明传播了病毒，杨维忠在安慰他，要他坚持别放弃。巴音没有去找杨维忠，却首先去见了叶栀，叶栀已经提前控制了巴音。

但实际是巴音已经告诉了盖振海他和叶栀之间的关系，他要盖振海去剧院等候，他会把叶栀骗到那里，然后让盖振海杀了她。叶栀绑起了巴音，等盖振海现身。巴音唱起了盖振海常唱的蒙古民谣，叶栀的心神被扰乱了，她其实也不想过这种天天杀人的生活，渴望像妹妹一样过正常的日子。

叶栀忽然歇斯底里起来，她咆哮着将巴音吊了起来，盖振海开枪，叶栀倒下了。盖振海救下巴音，两个人正在拥抱庆贺，叶栀突然睁开眼睛举枪瞄准，巴音冲过去挡住了子弹，盖振海击毙了叶栀。博士炸毁了实验室准备逃跑，阿根追上了他。他最终杀死了博士。

盖振海见到了杨维忠，将人体炸弹和目标的情报提供给了杨维忠，盖振海担心海伦的安全，乔长军和他一起回去了。根据盖振海的情报，少年人体炸弹一一被擒，盖振海和乔长军带部队包围了地下世界，约瑟夫早有准备，率队激战并炸毁了洞穴。

但乔长军识破了约瑟夫的埋伏，不久，解放军发起冲锋，乔长军抓住了约瑟夫。乔长军怀疑约瑟夫不是教主，杨维忠审讯约瑟夫，约瑟夫威胁说病毒会扩散的，杨维忠很蔑视。

约瑟夫威胁杨维忠得不得解毒的药物。杨维忠得出结论这人不是教主，但可以利用。杨维忠解除了对林亚夫的调查，让他去对付约瑟夫。林亚夫几个回合就占了上风，他假装要给约瑟夫也注射病毒，威胁他说出解药。

约瑟夫被吓坏了，说出了实情，他不了解解药的事，也一直没有什么解药，抗病毒的事情只能去找阿根。约瑟夫说他也不是教主，也从来没见过教主，他只是个流亡的白俄罗斯贵族。约瑟夫已经炸毁了地下世界的出口，阿根藏在地下，而所有人根本进不去。乔长军问是否有别的入口，约瑟夫说教主曾经告诉过叶栀。乔长军想起叶栀留下的一个刺绣手绢，上面有特殊的图案，手绢在盖振海手里。

顾可依破解了手绢的秘密，那是地下世界的另一个出口，乔长军带队去抓教主，他把韩冰托付给杨维忠，杨维忠命令他一定要活着回来。阿根已经四面楚歌，犹如惊弓之鸟。

解放军攻进了地下巢穴，但没有抓住教主，盖振海也没有看见海伦。乔长军把全体俘虏集中到大厅，喝令教主现身。突然，一面石墙轰隆隆打开，一个穿着教主服装的人出来，却是海伦。盖振海无法相信这一切，他和海伦紧紧拥抱在一起。藏在俘虏堆里的阿根突然拉动一个开关，高喊说自己就是教主，这里有一千公斤炸药就要爆炸，大家会同归于尽。这时海伦说出了导火线的位置，盖振海扑了过去，导火线被阻断了。教主势力被清除了，乔长军凯旋，陈法音和林亚夫、顾可依等抓住了崔洪斌，内部的最后一个毒瘤也清除了。

乔长军的血液里含有天然的抗体，可以用来对付病毒。敌人在海伦的身体里注射了病毒，海伦被送进了医院，盖振海一直在陪伴她。乔长军也在医院，他在昏迷的韩冰病床前祈祷她尽快醒来，绝不再分开。186次列车安全返航，开往北京。(全剧终)