一品清醒后察觉自己意识到一个重要的问题，他以黄豆红豆为例，认为锦衣卫断案的先决条件有误，凶手把装有嫌疑人的档案混进千万张档案中更加隐蔽，造就档案被偷的假象吸引众人注意也正好躲避追查，所以他断定杀手根本没有拿走档案。聂紫衣表示现在解决问题的关键在于已经抓到的采花大盗李万基，她发现除了在抓捕现场发现了李万基的脚印外，在抓捕前一天的恶性谋杀案的现场也同样发现他的脚印。李万基诉说自己在抓捕前一天晚上和同采花会的毛毛，桃桃去城西少女闺房行动，结束后三人分道扬镳，他突然想到没有给毛毛战利品，再返回找毛毛时撞见毛毛被人杀害且被戴上银黑色面具后毁容。若馨询问完面具后断定是容颜拓印术。

一品命紫衣去停尸房看先知四号的尸体是否安好，一品分析从一开始先知里面就潜伏着一个易容杀手，从真正的四号死的那天，同舟会就已经渗透到了先知的系统当中，之所以选择那天下手是因为先知推算出一个同舟会不能暴露的大人物额，所以他要杀掉所有的知情人。众人正在讨论人是谁的时候，聂紫衣匆忙赶来告诉众人先知四号尸体不见的消息这更加证实了一品的推断。若馨表示不知如何去找杀手，一品却胸有成竹的表示凶手的钱还在自己这里会主动来找自己。

百炼愁果然上门来寻自己的乾坤一掷镖，众人调侃他，百炼愁恼羞成怒要杀众人，聂紫衣，刘松和若馨与其对打，正当热火朝天之时，躲在一旁的陈慕禅将掉在地上的钱收集起来撒向百炼愁，百炼愁果然停下慌忙捡钱，若馨趁机捅向百炼愁，一品问其派他来的人未果。

众人以为线索断了时，若馨从百炼愁身上搜出一枚画着熟悉图案的钥匙，若馨回忆图案应当是在聚宝钱庄见过，众人前去用钥匙打开宝箱找到了丢失的档案，众人调侃档案短小精髓时，一品看到刘松档案上记载他是东厂的厂公，众人惊讶不已刘松刚想解释，侍卫带厂公指令而来，称由西厂全面接手锦衣卫一案，汪直赶来将档案收回。安安赶来对刘松十分失望，汪直阻止了众人的争吵，他让一品再次审核刘松档案，一品发现在在东厂厂公后面加了“的亲戚”三个字，众人长舒了一口气。汪直独自一人将刘松档案里“的亲戚” 三个字抹去，刘松以东厂厂公身份回到东厂。

皇帝与宁王下棋，皆醉温之意不在酒。宁王走后，皇帝晕倒后失明，皇帝惊慌失措，情急之下请然仙师来救病。一品等人闲情雅致之时，聂紫衣赶来告知众人皇帝寻得然冰銮炼制长生不老，并且皇帝突患眼疾竟要其帮忙治病，他要一品帮忙查此人来头。胡砺金听闻众人要进宫查案想着趁夜逃走被众人发现，一品发现药方有问题，众人匆忙赶往皇宫。

聂紫衣赶来将公公即将给皇上的药打翻,称药里有毒,皇帝不信。朱一品表示自己看了然仙师的药方确定有毒,皇帝以崔公公先行尝药未发生意外来证明药没有问题，一品请求皇帝容自己确定好药方在服用,被皇帝以询问然仙师意见拒绝。一品直言天底下有好多人想着杀皇帝，皇帝无奈只好让一品将剩下的药带回分析，但是太医院仍然制药十副，在制药期间，一品必须查出药方问题所在。紫衣趁机请求要审查崔公公，皇帝准许。

刘松赶回医馆与安安打闹，若馨表达对崔文西吃一品判定有毒的药没事的怀疑，一品表示可能崔文西吃的是一颗没事的丹药，聂紫衣推门而入哦，若馨不认同一品的推测，她认为在同一药罐中拿的药，且在众目睽睽之下调包可能性为0，一品对皇帝最近性情大变，宁愿试可能有毒的丹药，也不愿自己看他的眼疾表示疑惑，但是众人还是胸有成竹表示会勘破此案。

若馨偷偷潜入天牢找崔文西询问药有没有问题并威胁他，崔文西却迎面对上若馨的剑身亡，正在这时，然仙师带着官兵来围堵若馨，并命锦衣卫将其抓获，被紫衣赶来阻止。紫衣询问若馨得知崔文西死于她的剑下后，无奈只能秉公办案将其抓走。

刘松告知一品，若馨被锦衣卫带走了，一品惊慌失措。若馨等人被带到皇帝面前，皇上要处置若馨，朱一品连忙求情未果，一品只能请求与若馨同罪，皇帝将其发配向北流300里，并命其五年内不得回京，安安等人皆表示愿意同罪，皇帝竟然将全部人流放，并收回金字招牌。看到这一幕的宁王和然仙师内心狂喜。

皇帝再次服药之时，要宁王一同服下这所谓的大补好药，宁王推脱，一品等人赶回，原来先前的种种只是皇帝和一品等人演的一出戏。一品表示然仙师亲手制的药是毒药，因为在给崔文西尸检时，从身体里突然冒出一种特殊的蛊虫。被揭穿的然仙师欲逃跑，并招出杀不死的士兵吸引众人注意，一品保护遭遇偷袭的皇帝被迫误食丹药，然仙师掳走宁王。

一品想着自己把蛊虫逼出来未果，若馨等人想着用自己的办法，在此之前一品给众人留下一个锦囊命众人在其抗拒治疗时打开，然后就被喂了一大碗泻药，想着要其拉出蛊虫但也是未果。众人打开锦囊后，得出把蛊虫饿死的办法，众人当着一品的面大吃大喝未果。四个黑衣人连夜盗窃天和医馆的金字招牌，不料被招牌压倒，早上，众人发现金字招牌后面铁栓不见了。

苟尚仁来到医馆，赠送给安安自己千亲万苦淘来的塑身材的盔甲，刘松等人气急败坏的赶苟尚仁出医馆，安安因为得到衣服内心狂喜。

若馨和一品找聂紫衣询问然冰銮的消息，聂紫衣告知然冰銮可能是假名字，大半个锦衣卫都出动却没有任何消息，若馨担心一品体内的蛊虫与紫衣大吵一架，一品及时阻止了两人看到紫衣带来记有案件的本子询问紫衣是否最近京城铁器丢失频繁，在得知专门为皇帝打造玩具的京城第一铁匠干冶子也失踪了后，一品带着若馨告别聂紫衣，他告诉聂紫衣自己根据当初的库银案怀疑然冰銮跟同舟会也有关联，并表示干冶失踪的事没有那么简单。

安安穿着苟尚仁送的衣服和刘松去野炊，期间刘松紧张以摘桃子为由离开。两个黑衣人趁机抢劫安安，要其脱掉衣服，刘松及时赶来将两人制服，恰好二人正是偷他们金字招牌铁栓之人，二人表示家中老母病重，唯有京城一位神医可以医治，神医却不要钱财只要铁器，无奈二人出此下策，刘松放过二人。

一品，若馨和砺砺一同前往干宅了解情况，若馨想着去看官员整理出来的证据，一品却表示自己脑海中曾经出现过一幅画面现在想来觉得干冶子的失踪与同舟会和蛊虫有关系。砺砺在空中闻到一股淡淡的体香，他和一品皆认为干冶子是一位绝世大美女。

安安和刘松来到二个盗贼所说的神医地址，安安带着在医馆找到的剃毛刀作为交换铁器。一品三人也根据砺砺闻到的干冶子所谓体香来到此地，一品看到众多人背着铁器推断其失踪与铁器失踪案有关，三人因未带铁器被拦在外边，安安二人及时赶来，原来安安找到的剃毛刀是若馨的，若馨阻止却为了进去无奈上交，由于小刀太小众人不能同时上仙道，安安也无奈交出盔甲。众人上船被要求蒙上眼睛，由于进庙的人众多一品带众人翻墙而入。

砺砺在船上闻到干冶子的味道，一品推测干冶子可能被带到岛上，一品让众人分头行动，寻找干冶子，砺砺再次通过味道带一品和刘松找到干冶子所在的屋，安安和若馨寻找过程中相遇二人互相嘲讽不料惊动守卫，众人回合后，刘松和若馨联合抵挡众多守卫，一品等人冲进屋去梦碎找到了粗汉干冶子。

一品等人匆忙赶到河边上船离开，不料在河中船散了众人只好游回岸边，一品从船上顺下一颗丹药劈开发现里面竟是跟朱一品肚子里一样的蛊虫。安安坚持坐车离开，众人在驾马车回程途中，正碰到然冰銮，原来然冰銮就是马也鹿，刘松和若馨抵抗马也鹿的进攻，一品本想带众人离开不料安安被吓晕，马也鹿吹箫刺激一品肚中的蛊虫，一品竟突然魔化，若馨企图唤醒一品未果并被一品打伤，马也鹿趁机驾着带有干冶子的马车欲逃走被一品打下马车，一品驾着马车逃到悬崖边，无奈只好把酒点燃造成大火阻止马也鹿的进攻，火势越来越大，一个人从马车上滚下来被马也鹿士兵带走，马车被烧毁，马也鹿认为一品已经烧死了高兴离去。刘松和若馨赶来见此情景，若馨伤心不已。马也鹿带宁王来看被烧不见脸的干冶子。

假扮干冶子的一品醒后被宁王邀请下围棋，一品询问带着面具的宁王真实姓名未果，手下来报抓到了内奸宁王认出其是天罗地网的方游龙，他表示知道锦衣卫天罗地网的人都是宁死不屈的硬骨头便派人将其带到圣地受折磨。朱一品询问圣地的含义，马也鹿介绍圣地就是圣虫的集结之地，宁王打断了朱一品的询问。

若馨和刘松来见大萌神，刘松表示大萌神好像在四明观见过，若馨认为可能通过其找到朱一品，刘松以若馨是西厂红人不方便行动为由要她将此后的事交由自己来办。若馨正在与其争论之时，汪直带兵前来若馨趁机请求义父帮忙，刘松表明自己东厂厂公的身份，刘松表示朱一品此事一定牵扯到同舟会内部阴谋自己一定会并当查论，若馨听闻十分惊讶殴打刘松被汪直制止，胡砺金也赶来表示自己的惊讶躲在人后的安安听见真相伤心跑走。

安安向若馨哭诉，若馨则安慰她说刘松就算是个太监也是活着的，一品却跑去当同舟会卧底是生是死都不知道。聂紫衣带着众多锦衣卫来医馆告诉二人得到了好消息，她说有人利用邪教鼓动百姓聚众练功，信徒众多其中有一些会被挑出加入盟军，而这个邪教就叫大萌邪教专门信奉大萌神。若馨听闻十分激动，大萌邪教就是抓一品的邪教，紫衣带来锦衣卫卧底传来的邪教位置消息让若馨根据线索找一品。

宁王带朱一品来自己的武库借以试探他是否是真正的干冶子，朱一品识破其计谋，想着趁机砸晕面具宁王弄清其身份也算自己做卧底取得成就了，不料误打误撞中寻得一把好剑获得宁王的信任。

若馨和胡砺金逛街之时，若馨在街上看到一个穿着和一品很像的人追了出去，不料只是若馨太思念一品产生的幻觉，胡砺金匆忙寻找走失的若馨却遇到粗壮大汉碰瓷，被虐的特别惨的砺砺碰到一个强壮女生帮自己出了头，然后要将其带到大萌神请求赐婚，胡砺金坐在船上思绪万千。

一品深夜偷偷跟踪下人想要进入圣地，被马也鹿发现，一品只好说谎话骗过宁王。马也鹿要一品表达加入同舟会的决心服下装有圣虫的圣药，一品为取得信任只好吃下安慰自己可能会以毒攻毒。

刘松来找安安和好，安安带刘松来见陈家的祖先，并当着祖先的面准备对刘松顿狠揍未果，刘松匆忙逃走，安安表示虽然刘松是太监骗了自己可是自己还是喜欢他，不料刘松呆呆的解释更加惹恼了安安，安安恼羞成怒之时，陈慕禅从天而降阻止了安安后便以有事为由再次离开。安安向天诉苦之时，捡到了刘松的腰牌，刘松去换兵马的时候发现自己腰牌已丢。安安女扮男装带着刘松东厂腰牌乘马车前往宣化。

马也鹿建议宁王杀掉众人，宁王听到马也鹿的分析后允之并告诉马也鹿自己的人已经查到柳若馨正在赶往此地，按照计划若馨会中刺身丸然后为自己所用。

安安利用刘松的腰牌乘坐免费的马车来到宣化，偷偷跟踪她而来的刘松险些被安安察觉，而跟踪刘松的陈慕禅也险些暴露。安安假扮男装在酒馆点了一桌子菜，为了不暴露自己她还点了一大碗酒，安安不娴熟的动作吸引了邻桌两个男人的注意，领桌的两人趁机想着调戏安安，安安匆忙逃跑，另一桌的三个同舟会的人暗中观察寻找可疑人物，二人追安安出去却在门口碰到了早已等在一旁的刘松，刘松砍掉二人那个触摸安安的手指以示惩戒，二人慌忙逃窜。三个同舟会的人将一切尽收眼底认为刘松有可疑之处派一人前去打探，其他二人回到酒馆见到坐在安安桌上大吃大喝的陈慕禅一番讨论后排出了他的嫌疑离开。二人赶去找刘松看到先前那个兄弟早已被刘松打死，气急败坏下称要替兄弟报仇，二人被刘松狂虐后其中一人使出 十香软骨散，刘松体力顺间下降即将被杀时，陈慕禅及时出现向其扔出板砖将其拍晕，陈慕禅喂刘松所谓的三臭硬骨丸帮其解毒。

马也鹿告诉宁王关于盟军的组件情况，宁王觉得马也鹿所招收的人员太多了，被马也鹿反驳，宁王听闻同意了马也鹿的观点。

朱一品想着去茅厕顺便偷偷溜出去，被侍卫跟踪并要一品回铸造房监造巨钟，两人正在争执之时，后面突然传来抓奸细的声音并且迅速跑过一行人，侍卫也抛下一品紧急加入抓奸细的队伍。一品跑去茅厕，不料旁边竟然是胡砺金，二人相遇胡砺金向一品诉苦自己被抓过来做压寨先生并送来邪教逼他吃药，二人交谈之时，女人大王来找砺砺继续逼他吃药，躲在茅厕看着这一切的一品预备偷袭却未果，女人大王误以为一品要跟自己抢砺砺要将其胖揍，被及时赶到的若馨制止。两人发生争吵，有人飞镖偷袭被柳若馨拦下并反击回去，若馨胳膊被划伤，一品判定若馨中了刺身丸，女人大王见到众人这般放过了众人独自离去。

三人翻墙出去，正好碰到聂紫衣带兵的锦衣卫，一品表示应该将计就计去探探大萌神教的底并找到毒药，若馨拒绝未果后便一同前往。三人伪装成信徒潜入炼丹房，在炼丹房门外三人见到一堆信徒正在被派发所谓的神药，一品利用驴粪制造烟雾，信徒接二连三晕倒，一品寻找解药未果，若馨将其摧毁。

安安女扮男装躲避了审查混进四明观，刘松和陈慕禅也匆忙赶往四明观寻找跟丢的安安，安安向大萌神祈福一品平安，没料到一品等人也混在其中。小胖一如既往的扮演大萌神的角色，宁王赶来宣布其下班并将其杀害然后自己亲自扮演。朝拜中一位长门教徒晕倒，安安被选入替补，一品等人发现安安的存在担心不已。躲在另一楼观察情况的刘松和陈慕禅发现宁王就是面具人。紫衣下山调动锦衣卫人马，陈慕禅和刘松伪装成侍卫准备救安安不料若馨和一品也同样装扮。

手下告诉宁王锦衣卫的人冲四明观而来，宁王表示要去会一会他们，临走前被马也鹿拦下递上从未人知晓自己服用的原脉神华丹。

安安被带到大萌神面前，教徒要求安安换他们的衣服，安安拒绝未果无奈只能准备当众换衣服，躲在一旁看着一切发生刘松沉不住气了冲出去想要带走安安，教徒皆出动追杀二人，陈慕禅也只好冲出来帮助二人，刘松和陈慕禅奋力突围但是寡不敌众，一品和若馨也及时赶到，更多教徒赶来，众人奋勇杀敌。

聂紫衣带领的锦衣卫碰到宁王，宁王向紫衣表明自己已经背叛大明朝，统领盟军下山自立为王，锦衣卫与宁王的队伍厮打起来，紫衣将宁王打的连连退败，宁王只好放烟雾弹趁机逃走。

教徒发现了假扮的一品和若馨，危急时刻，一品利用自己的天罡秘穴疗法用针刺激自己打败了上前的众教徒，一品却因为副作用受伤了。

安安对刘松欺骗自己的事仍然十分生气，刘松向其解释自己有皇命在身不得已而为之，而自己是看了安安画像才主动请缨来医馆的，安安听闻原谅了刘松，安安却还在纠结刘松是太监的事刘松想解释，安安却先行自我安慰起来。

马也鹿出现大声念了一串咒语，原本倒地的教徒都站了起来向一品等人杀去，众人只好放弃闲聊再次杀敌，一品混乱中看到逃跑的宁王立即尾随而去。一品正好看到宁王在大萌神传话的屋子里杀人，宁王编造自己杀敌的谎言想着骗一品，一品认出宁王的声音表明自己假扮干冶子的身份，宁王恍然大悟并恼羞成怒欲与一品比试，一品再一次用针刺激自己狂虐了宁王，一品分析得出众人变成不受自己控制，是受了声音影响，并猜测只要发出更大的声音就能震醒众人，所以一品想借用大喇叭喊话来盖住咒语的声音。宁王承认了一品的正确分析并狂妄表示无人敢杀自己，汪直突然出现将其打晕，汪直告诉一品刘松和若馨是姐弟这一秘密，一品斥责汪直不一次性说完这一重要的事，不料汪直早已深受刀伤，一品打开喇叭的开关，大声学狗和猪叫使得众信徒皆变成如此。

一品和汪直带着晕倒的宁王来找马也鹿，汪直不解为何宁王已经被捕，同舟会秘密已经被西厂知晓他却还拼死挣扎，马也鹿表示自己给宁王服用的所谓的补药原脉神华丹实际上是一种奇毒，宁王气愤醒来斥责马也鹿并向一品说明柳若馨中的药会控制不住自己可能会杀了一品并表示药是郑载农配的请求一品放过自己，自己会回京城寻解药得到肯定答案后再一次晕倒。

汪直也在临死前将写有若馨身世的纸交给若馨。

马也鹿派人将造的大钟实际上是扩音器请上来，对其吹箫控制众多信徒，一品也因服用蛊虫痛苦不已，皇帝身边的众人也深受箫声毒害，一品表示现在必须要盖住箫声，大王及时送乐器来给众人，紫衣帮助要用内力控制蛊虫的若馨来谈琴，琴声与箫声势均力敌，无奈若馨只能河东狮吼却意外盖住了箫声震碎了大钟。内力耗尽的若馨晕了过去再次醒来的若馨已经毒发作了，马也鹿被掉落的大萌王的头砸死，一品用亲吻唤醒若馨，刘松也向安安坦白自己并不是太监，最后有情人终成眷属，雨轩的灵魂也出现在了大家的面前。(大结局)