通天书院，是由第一代山长张存之所建，此乃天下第一学府。凡能在此入学者，皆为各地顶尖学子。数十年间，风光无限。但是，通天书院也有着不少秘闻传说流传至今。那是源于二十年前的一个夜晚，自那一夜之后，通天书院第三位山长与通天秘笈就此消失于江湖。讲到这里，观众们早已听得入神。就在这时，说书先生突然说道，欲知后事如何，到柜台购买第二季通天异世事。

通天书院门口，新生入学工作正在火热进行中。女扮男装的宋连禹在马车上下来，并向龚夫子报上自己的名讳和背景。龚夫子闻言抬起头来，向来人确认，他是否是贵妃娘娘钦点的天下第一小说家宋连禹。这个疑问，随即得到了对方的确认。此言一出，宋连禹立马遭到了众人的围堵，天下第一小说家本人出现在通天书院，这可谓是了不得的大事件，自然是任谁都不想错过。就在众人都在追问宋连禹的小说的续集和结局之时，龚夫子再次发话叫停，他态度严肃地说道，小说只是虚构，以后山长之事，不准再提。

随着人群中的一声惊呼，众人的目光全部引向来人的方向，原来是通天四公子。通天四公子是四位从小一起长大的好兄弟，骑马的段少轩，他的姐姐是圣上面前的红人，朝廷有史以来唯一一位女将军，段清欢；马车上的叫钱嘉裕，他的父亲是京城首富，所以他是名副其实的富二代；坐在轿子上的是崔楚奕，是朝廷内，一人之下万人之上的崔首辅之孙；剩下一位没来的是公子润，贤王的养子，性格比较孤僻，常常独来独往。

宋连禹眼见三人陆续出现，急忙用书遮挡祝自己的脸颊，并趁机赶紧开溜，被崔楚奕发现。昨日，宋连禹前去金屋书坊找那里的掌柜老张，交给他通天异事的第二稿。随后，她为躲避老张之女花荣的纠缠，慌乱逃脱之际，不慎撞到了公子润。接着。她发现公子润十分爱惜通天异事，是自己的书迷。二人一见如故的闲聊起来，公子润对宋连禹的小说风格有着自己独到的见解，二人虽相谈甚欢，但宋连禹却一直隐瞒了自己的身份。

云水涧第一舞姬兰姿姑娘正在比武招亲，吸引了许多人围观，这其中也包括除去公子润之外的，通天三公子。钱嘉裕一直属意兰姿姑娘，而兰姿对他也似有意。比武开始之后，段少轩率先登上擂台，并将登上擂台者全部击败。随后，钱嘉裕再上台对战，与段少轩上演了一出双簧戏。就在钱嘉裕将要带走兰姿之时，宋连禹突然走上擂台，并向他提出文斗。

就在崔楚奕与宋连禹文斗之际，突然闯入一队官兵，宋连禹随即拉上兰姿逃跑，并将她带回了家。圣旨驾到宋家，特封宋连禹天下第一小说家之名，并特招入学于通天书院。宋父只觉此番是犯下了滔天大祸，世上皆知宋连禹是男儿身，这是犯了欺君之罪。于是，他吩咐宋连禹赶紧收拾东西离开京城，以免引来杀身之祸。奈何宋连禹心意已决，在兰姿与方一晴的帮助下，成功的在宋家逃脱，前往通天书院。

通天书院的斋长为众位新生主持了入学仪式，宋连禹总算是正式进入通天书院求学，并略施小计获得了独处一室的机会。崔楚奕认出宋连禹正是昨日捣乱之人，于是将她绑住，打算狠狠地收拾一番。

　　公子润救下宋连禹并为崔楚弈等人向宋连禹道歉。 第二天新生入学的放生仪式上，正在被人欺负的岳华生，被宋连禹撞见并解救。岳华生是方一晴的表弟，从小爱慕宋连禹，他认出宋连禹并知道宋连禹是女儿身，答应帮其隐瞒。宋连禹离家出走令宋父一气之下生了病，兰姿和方一晴照顾宋父，方一晴对兰姿出身舞坊颇有偏见，但是在知晓兰姿当年家庭遭遇变故，自己被卖到云水涧的往事后，解除了误会并十分同情兰姿。崔楚奕碍于公子润的说教，虽然不再明目张胆找宋连禹的麻烦，但是却在各种小事上对宋连禹进行恶作剧。崔楚奕等三人发现岳华生给宋连禹打热水后。三人向斋长和龚夫子揭发，龚夫子处罚宋连禹打扫澡堂一个月。却反而让宋连禹解决了洗澡的难题。

　　钱嘉裕和段少轩来到宋连禹家附近，经过一番打听，钱嘉裕终于找到宋连禹家中，兰姿见到钱嘉裕十分欣喜，原来两人早已情投意合，那日钱嘉裕是冒着违背家规的风险前去赎她，岂料半路杀出了宋连禹这个家伙。钱嘉裕想要带着兰姿一块离开，兰姿也想向他解释一切，转念一想又怕人多嘴杂，宋连禹女儿身的秘密被泄露，只得拒绝钱嘉裕，痛心地将其拒之门外。钱嘉裕被拒后伤心不已，开始买醉，突然下起了大雨，钱嘉裕醉倒在树下，被路过的方一晴带回永芳堂。学院初试放榜，前三甲分别是高学卿、宋连禹与公子润。高学卿在一众学子的簇拥之下，春风得意。但是高心里清楚，若不是他略施小计，让宋连禹扣了许多德行分，他也许不会拿到第一的成绩。

　　宋连禹和岳华生一起去食堂吃饭，梵小余给他们预留好了饭菜，开小灶引起了冯丹青的不满，正要教训梵小余时，宋连禹挺身而出，让出饭菜给冯丹青。不料吃了饭菜的冯丹青和赵寻中毒倒地。斋长和堂长开始调查中毒事件，分别询问崔楚奕、宋连禹、岳华生、邢睿之等人，最后为了尽快结束中毒事件，书院决定先把梵小余逐出书院。崔楚奕等三人感叹梵小余以后的前途怎么办，崔楚奕自言自语觉得是自己的胡诌害了他，去向龚夫子求情。最后龚夫子答应了崔楚奕请求，但要他调查清楚中毒事件，就让梵小余重返书院。宋连禹找龚夫子时听到崔楚奕的求情，决定要和他一起调查中毒事件。

　　宋连禹向兰姿问起她和钱嘉裕的关系，兰姿说明一切，宋连禹才知道怪不得崔楚奕一直叫自己无耻小人，原来都是误会。方一晴想到蕙心学堂的舞蹈老师刚好请辞，她可以带着兰姿前去应召成为蕙心学堂的老师，这样一来三人可以相互照应，兰姿也可以慢慢迎接自己崭新的生活。在学堂门口钱嘉裕再遇方一晴，方一晴归还玉佩，却被兰姿看到。方一晴才得知钱嘉裕便是兰姿口中的心上人，三人各自心情复杂。蕙心学堂开学，云集整个通天王朝各大名门闺秀的盛况，让书院学子们忍不住偷偷围观。尤其是天下第一美女苏瑶华的名声令所有人想要一睹真容。对于男子十分厌恶的孙姑姑命令学堂一众嬷嬷严防死守，防止书院学子进入。

　　宋连禹看着苏瑶华，满眼流露羡慕和欣赏，如果她可以像苏瑶华一样不用女扮男装去施展才华就好了。宋连禹的表情被一旁的崔楚奕看到，崔楚奕厌恶地警告宋连禹不要癞蛤蟆想吃天鹅肉，还抱着炫耀的心声称苏瑶华是他的未婚妻，因为父母早就定下了娃娃亲。宋连禹鄙夷地反驳，说是鲜花插在牛粪上，崔楚奕气得和宋连禹互掐起来，两人却意外从房顶掉落在蕙心学堂的地上。一向痛恨男子的孙姑姑叫人将他们二人捆了起来。因为擅闯蕙心学堂犯下大过，书院众人只能干着急。斋长等人出面都被孙姑姑骂了回去。孙姑姑放出话来，要让龚夫子负荆请罪才肯善罢甘休。龚夫子虽然想要解救他们二人，但是碍于和孙姑姑的恩怨迟迟不想面对。