徐枫制止林金树未果，申克枪杀林金树暴尸列车以儆效尤。“飞碟突击队”返回基地欲重振旗鼓，徐枫“反劫持沙龙”攻入劫匪网络初见成效，何局长、宇文长延以交接赎金为线索跟踪打击劫匪，劫匪发觉有人入侵网络奋力追查，徐枫离间奈美子劫匪内讧愈演愈烈，渔翁得利控制徐枫的杀伤雷得以解除。宇文长延和苏影协同作战追踪朱立安探知重要线索，徐枫“反劫持沙龙”展开特别行动迈出反击第一步，林金树“死而复生”辛筠惊魂出窍。

宇文长延查踪辩迹朱立安发觉异常紧追苏影寻根底，徐枫“反劫持沙龙”集结队伍开始行动，朱立安摆鸿门宴苏影单刀赴会几番智斗几度惊险，宇文长延慎密布暑又揭反恐战幕。“夜行者”告密反劫持沙龙危机四伏，徐枫抢先下手旗开得胜，东方快车硝烟弥漫你死我活，宇文长延机场布阵守株待兔。

苏影声东击西与朱立安周旋偶有所得，丹丹同学夏天违纪出走遇恐怖一幕，陶然忏悔宋玉书因势利导，申克从“夜行者”处得情报密谋反扑，朱立安偕苏影奔赴机场宇文长延应对紧急变故，林金树、辛筠良心发现痛切不已寻新生，申克以王平为人质逼徐枫就范，徐枫处惊不变挫败劫匪阴谋，“反劫持沙龙”成员陆明俊突然被杀疑团重重。

朱立安登专机点验赎金后留下定时炸弹金蝉脱壳，宇文长延见情况异常心生疑团跟踪追查，徐枫随机应变提前行动捉“活口”，夏天恐怖经历引出陆明俊被杀线索，朱立安利令智昏暴露私吞赎金杀人灭口阴谋，苏影得知东方快车面临灭顶之灾。徐枫顺藤摸瓜“夜行者”肖沉原形毕露。苏影以命相博绝处逢生，朱立安罪有应得死于非命，宇文长延得苏影报告紧急应变。

徐枫审“夜行者”肖沉一波三折，朱立安丧命劫匪断线反恐计划面临全盘结束，宇文长延情急生智劝形似者郑喻以假乱真费尽周折，战英克寻找苏影及赎金险遭不测，林金树“死鬼”复活众乘客惊诧不已，宇文长延、战英克生死与共协同作战奔东西。东方快车反劫持沙龙暗中布阵、众志成城决战在即。

列车在西兰停车加油时，宇文长延率魏明躲过申克监控潜入餐车与徐枫会合，反劫持行动按原计划打响，徐枫等与劫匪激烈交火数回合，林金树戴罪立功在火拼中身受重伤，徐枫奋不顾身生擒麦力终得活口，申克老谋深算又将麦力击毙并以引爆鼠疫菌罐遏制徐枫继续进攻，继而又破坏卫星定位系统切断列车与外界联系。郑喻到达预定地点会“大鸟”步步惊心，“夜行者”肖沉趁机逃脱又演劫持闹剧。