民国初年。江南着名藏书楼南湖楼遭遇厄运，孔家家破人亡。在其他书楼瓜分南湖楼藏书之际，一个名叫云儿的显贵大家小姐半途杀出，斥责衆书楼趁人之危，落井下石。风满楼三公子敖少方深爲触动，自动放弃收书。落魄却又一心复仇的南湖楼少主孔一白也心存感激。敖少方和孔一白都对云儿一见锺情。身爲落花宫传人的云儿，目的却是设法进入风满楼，找回久已失落的落花宫秘笈《落花残卷》。她和父亲以赠书爲名，进入敖家，面对防守森严的风满楼，却感到一筹莫展。

整天爬树潜水的小谢天，无意中发现穿着一身黑衣的云儿进入风满楼，自己也从暗道进去。在敖少广带领护楼兵团团将风满楼包围后，谢天保护三奶奶脱身，自己却被抓，以擅闯书楼要被治罪，敖少方巧妙帮助谢天开脱，同时保护了云儿。敖少方从谢天口中证实了潜入风满楼的确是自己深爱的妻子，异常矛盾痛苦。云儿斥责下人虐待孔一白，令孔一白深受感动。孔一白本想通过修书，探察风满楼秘藏的珍本，敖家却让他修的都是极普通的藏书，孔一白大爲光火。子书、谢天和敖家佣人方香的女儿茹月青梅竹马，子书看到茹月给谢天喝方香偷偷留下的奶，告诉了大奶奶，方香遭鞭笞。云儿含泪告别父亲，却不知父亲在驶离的小船上，吐血而死。孔一白向云儿表露爱意，云儿正色告诉他：她的心里只有敖少方…。

方文镜与云儿谈话，被谢天无意中听到。方文镜暗收敖谢天爲落花宫弟子。几个月后，云儿生下一子，取名敖子轩！老太爷甚爲高兴，大奶奶却怕影响到儿子子书将来风满楼楼主的地位，很是鬱闷。

方文镜向老太爷告辞，表示要回京城教书。临走，方文镜向云儿下了最后的死令，次日无论如何要寻得《落花残卷》，并随他离开敖府，云儿陷入矛盾。同日，在子轩的百日晚宴上，敖少方喝得酩酊大醉。孔一白告知敖少广晚上敖府必发生大事。大奶奶情迷方文镜，找到方文镜下榻的客栈，却不见方文镜，伤心不已，被尾随而来的少广带回家。

敖少方被雷声惊醒，发现云儿不见，不顾一切地跑进风雨中，在后花园终于追上方文镜和云儿。方文镜逼云儿离开敖家。敖少广按照孔一白的授意，在花园佈置箭阵，将三人重重包围，敖少方爲了保护云儿，被护楼兵的利箭所射，倒在血泊中！云儿哭喊着扑上去，孔一白唆使侏儒放火烧风满楼。敖家乱成一片，风满楼一片火光！

云儿祭奠少方，心中发誓：云儿已经死了，只有敖家三奶奶活着…。

敖子书和敖谢天都已经长大成人。谢天已练就一身精湛内功。作爲风满楼楼主的子书熟读经书，一心成爲一代大儒。茹月已经出落成如花似玉的大姑娘，谢天和子书都对她倾心暗恋，茹月深爱着谢天。但敖家老太爷却时时对茹月无礼。茹月不敢对两兄弟说出，一个人闷在心里，独自忧伤。子书纠缠追求茹月，茹月痛苦，决意和母亲一块离开敖府，被三奶奶制止。

老太爷内心对子书颇爲失望。他通告全府，决定要子轩随子书一起登楼读书，大奶奶、子书对子轩和三奶奶産生了敌意。

谢天被赶出家门，栖身敖家山上老宅，方文镜突然寻来，与敖少秋邂逅，少秋责怨方文镜给敖家带来诸多事端，要他远走高飞，而方文镜却表示，他此番返回是要了却风满楼与落花宫的恩怨，同时要把谢天的功夫带入一个更高境界。

子轩偶尔听到，并无意中泄露给子书，子书闻言忙带着子轩上了山。茹月上山给谢天送饭，远远看到子书和子轩，忙躲避。子轩一不留神滑倒，向悬崖下滚去，子书眼睁睁地看着这一幕，惊慌万状跑回家，却什么也没说。敖家因爲子轩的失踪而大乱，三奶奶上山寻找，焦急不堪。谢天突然怀疑是方文镜对子轩下了手，让三奶奶更是紧张。子书内心很喜欢茹月，但茹月仍深爱着谢天。对子书的纠缠一直未从。此刻，子书因害怕茹月说出子轩和自己一起上山的隐情，强行闯入茹月室内，抱住茹月，发誓一定娶她爲妻。

三奶奶求方文镜不要加害子轩，方文镜告诉她，要害子轩的是子书。原来，子轩坠下悬崖的那一刻，是方文镜救了子轩。方文镜表示他可以把子轩还给三奶奶，但他一定要带谢天走，因爲假如参不透落花诀的真谛，谢天练功终归会走火入魔。

风雨夜，茹月受到欺凌，茹月因无地自容，跳井自杀被人救起。

子书对弟弟子轩见死不救的事情暴露，三奶奶要报告老太爷，被大奶奶拦住，大奶奶愤怒杖责子书。子书深深向三奶奶忏悔。

茹月找到谢天，希望和谢天远走高飞。谢天问发生了什么事，茹月含泪，有口难言…。

三奶奶制止茹月出家，茹月却要子书亲自来接她。茹月的痛苦源于子书不能原谅她的失身，从不碰她。三奶奶硬是带她回家。

各书楼备受战战乱之苦。军船附近。一个黑衣人悄悄潜入，将士兵抢掠的书籍全部偷了去。

子轩留洋归来，还带回了一位大商人的女儿——周雨童。敖家张灯结綵，盛宴庆祝。大奶奶拿出茹月的首饰赠给雨童做见面礼。茹月登时变了脸色，心绪难平。老太爷掏出风满楼钥匙，要子轩保管，衆人瞠目，子轩却表示，楼是大哥的，这钥匙他不能要。他向母亲表示，仍想去康桥大学去读书， 要成爲学贯中西的大学问家。

河道的另一艘小船上，黑衣人就是谢天。他已经成爲落花宫少主。爲了帮敖家度过难关，谢天私自留了一套《南齐书》，准备以四千大洋卖给一个叫周先生的商人。而唯一令谢天担心的是，师傅方文镜已消失很久，杳无音信…。