天荒城接连有九名少女失踪，目击者说，掳人的是三尺高的傀儡，神捕司随即增派人手搜城。大世立国七十二年，历经三帝，武宗平定北昆、南戎，西征剿灭离罗后，以秘法设下绝地天通之禁，令京畿内除神捕司外的奇门异术全部失效。聚星楼因此建在城郊荒僻处，靠展示异术吸引巨贾新贵，三年便成为大世第一酒楼。
掌柜青阳公子黎斯雕了个骇人的木偶，送茶的侍女青芜见状，险些摔落茶盏，黎斯用笔一点便将其接住。青芜怕神捕司误认他们与傀儡有关，黎斯却似乎正等着被抓。他驾神龙现身宾客面前，称此处不受禁术限制，只要肯花钱，想要的东西都能买到。神捕司霜捕白珍珠随即问能否买到木偶，并直言怀疑他是同伙。鹰捕楼天命带人搜楼，因去年在太子府见过黎斯的绝技，对他颇为客气。搜出木偶后，黎斯解释那是自己闲时制作的机关，主动答应前往神捕司，白珍珠便将他铐起，连木偶一并带走。
神捕令牌如天子亲临，可对五品以下官员先斩后奏。白珍珠与楼天命向掌司轩辕善禀报，黎斯三年成为第一巨富，与太子私交深厚。白珍珠认为他故意引人抓捕，并非真凶，却无法确认搜出的木偶是否就是不归庄那个，只是宁可抓错也不放过。轩辕善认定黎斯绝非寻常人，吩咐不必严守，也不必审问。
当夜，守卫醒来时黎斯已不见踪影。他独自探到存放案件卷宗和奇异事件记录的天枢阁，被毫无气息的鬼捕蒙锐发现。蒙锐称擅闯者当死，两人交手，黎斯不敌被制，临危借幻术脱身，又以天机阵困住蒙锐，称自己平静了十七年，也该显露实力，留下交手痛快之言离去。随后他赶到黄泉集，以少东家身份抢过卖药女子的药喝下，讥讽是假药，女子却变成师傅黎三。黎三带他回去疗伤，指出若非用了分神，他根本逃不出蒙锐之手。
轩辕善以为自己的命令破了蒙锐出手必死人的规矩，向他致歉。蒙锐却说是自己留手，黎斯也未尽全力，那阵法更是闻所未闻。轩辕善不解黎斯为何冒死闯阁。黎斯则向黎三说明，十七年前在木兰猎场，他最后见到的就是傀儡人，如今傀儡重现，必有联系。当年他的死讯公布后，前任掌司陆重便被罢官，因此他怀疑神捕司涉事，卷宗应藏在天枢阁。黎三提醒他，四皇子早已死去，如今他只是自己的徒弟。黎斯却无法放下，十七年来始终想查清是谁害他、掳走他，接近太子也是为此。轩辕善同样想起当年猎场，她赶到时只见傀儡，却猜不透黎斯与此事的关系。
伤势稍缓，黎斯便要去不归庄找神捕司。黎三因他旧伤未愈，叮嘱不可再用亢龙千机阵，黎斯答应保命，为师傅养老送终。白珍珠找到失踪女子时，她们均已被抽干血液，最小的也不过二十岁，现场还留有带异香的傀儡丝线。屋顶上的黎斯施术令白珍珠陷入幻境，遭死去女子袭击，又破阵救她，声称前来协助查案。白珍珠看出幻术出自他手，认为现场仍有傀儡，他嫌疑最大。黎斯提出疑点，提及九转枯骨香，白珍珠想起天枢阁记载，此香须以纯阴少女之血炼制，丝线异香也有了解释。
黎斯猛然想到青芜正是纯阴女子，赶回聚星楼，却发现她已遇害。随后赶来的白珍珠确认，青芜同样被抽干血液。想到她下月初二就要出嫁，黎斯悲痛万分。白珍珠命人搜楼，劝他回去受查，以免被认作畏罪潜逃。黎斯望着手上青芜的血，表示不怕被当成凶手，这笔账要亲自讨回，随即跃出窗外离开。
黎斯从消息网得知，傀儡人正朝斗鼓方向而去，随即乘马车追赶。与此同时，轩辕善派蒙锐前往斗鼓县，调查当地孩子失踪一案。途中，黎斯在茶肆歇脚，撞见几个人带着一名女孩赶路。他出手拦住对方，救下女孩，并追问告示上的孩子是否也被他们抓走。绑匪连连磕头，承认只抓过眼前这个女孩，其他失踪案与他们无关。黎斯命他们去官府自首，几人不敢违抗，连滚带爬地离开。
获救的女孩叫孙玉瑶。按黎斯的嘱咐，她将一张告示交给刚到此地的蒙锐。听她提起“公子哥哥”，蒙锐猜出救人者是黎斯，也得知他去了县城方向，便主动送孙玉瑶回家。蒙锐刚走，黎斯便现身，感谢掌柜守信，另付了二十两银子。蒙锐送女孩到家后，发现她父亲被丝线吊死在屋内，丝线上还带着特殊香气，于是将消息传给白珍珠。白珍珠检验遇害女孩的尸体，也查出丝线穿过的痕迹。轩辕善认为，若这些案子出自同一人之手，背后必有阴谋。白珍珠则怀疑，黎斯总抢在他们前面，恐怕另有目的。轩辕善遂命她赶往斗鼓县，将三案合并调查。
几个绑匪来到衙门，主动要求入狱，知县却借口牢房没有空位，让他们回去。几人畏惧黎斯，不敢离开。蒙锐见知县如此办案，当场亮出令牌，吓得他跪地求饶，随后接手案件，传召仵作。蒙锐与知县在外等候验尸结果时，白珍珠也赶到。知县竟将她误认作蒙锐的夫人，直到她出示捕快令牌，才又慌忙下跪。此时，真正的仵作温南生因饮酒迟迟才来，蒙锐和白珍珠这才察觉，屋内验尸的另有其人。他们踹门而入，发现是黎斯，双方立即交手。
黎斯飞身来到郊外，阻止蒙锐继续缠斗，并说出验尸所得，加以分析。不料两人忽然陷入幻境，蒙锐起初怀疑是黎斯设局，但见他的神色，又觉得并非如此。一群孩童出现，围着两人唱歌谣，蒙锐顿时头痛难忍，拔刀挥出，孩童却突然消失。紧接着，漫天大火席卷而来，火中还有血影匍匐爬近。黎斯只得再次施展亢龙千机阵，带着蒙锐脱离幻境。
两人随后发现，有人用幻术将坟地变成了城镇，墓碑上刻着斗鼓县失踪孩童的名字。蒙锐用剑掘开坟墓，见里面全是空的，便意识到孩子可能还活着。忽然，一些孩子从地下抓住他的脚求救，他急着将他们拉出来，自己却无法动弹。黎斯运功破除幻境，蒙锐才明白他们又中了幻术，只能听从黎斯，一起离开，否则两人都有可能丧命。之后，黎斯用龙须草编剑鞘，还提到自己头一次见人用这种草编剑鞘。蒙锐追问先前的阵法，黎斯毫不隐瞒地讲出关键，蒙锐却讥讽这些都是杀人的好方法，始终没有打消怀疑，坚持带他回去调查。
夜里，一个木偶人提着绿色灯笼走在街上，呼唤几个女孩的名字。六名孩童笑着来到街头，依次跟随它离开。孩子们的父母纷纷到衙门哭诉，白珍珠将孙玉瑶托付给花大娘照料，并承诺会帮大家找回孩子。她又将目光投向黎斯，黎斯亮出手臂上的铁链，提醒她此次失踪与自己无关。
蒙锐和白珍珠商议案情时，黎斯不断在旁提出意见。白珍珠仍认为他嫌疑最大，也可能另有同伙，而此时尸体又已不见。黎斯判断，尸体是被人堂而皇之带走的，能够做到这一点的只有仵作。待蒙锐和白珍珠离开，知县准备将黎斯押入大牢，却发现他也不见了。
荒郊野外，蒙锐与白珍珠赶到时，黎斯早已发现袋中尸体，尸身上还带着温南生的玉佩。白珍珠惊讶他来得更快，指责他越狱潜逃。黎斯却说衙门的镣铐锁不住自己，与其等死，不如出来查案。想到轩辕善临行前嘱咐，若黎斯不服管教，不必苛责，只需观察言行，白珍珠便听取他的看法。黎斯指出，至今只发现孙掌柜一具尸体，又推测枯骨香作用于木偶死线时能够破除幻术，提议到香料店寻找线索。白珍珠用金针封住他的穴位，防止他逃走，他也没有抗辩。
三人进入香料铺，见一个女人正在跳舞。黎斯一直盯着她，对方也知道他是为调查枯骨香而来。令黎斯意外的是，难得的枯骨香在店中竟有不少。房间有个小洞，连孩童都钻不进去，他便从外面操控傀儡娃娃穿过洞口。白珍珠没想到封穴后他仍能驱使傀儡。黎斯解释，这番试验只能证明傀儡可以进入，不能证明它能偷东西，因为洞外的人看不见屋内情形。随后，他告诉两人，跳舞的“暗香娘子”其实是她哥哥男扮女装，他猜测此人杀害妹妹后疯魔。由于查不到线索，此人又已疯癫，知县便任其自生自灭。调查至此中断，黎斯又提出，黑森林里孩子们的坟墓都是空的，必有缘由，应从孩子查起。
蒙锐打算先押黎斯回去，黎斯提醒他，独留白珍珠可能有危险。返程途中，两人经过花大娘家，听说元宝掉牙后将牙齿埋在地下。黎斯由此提醒蒙锐，孩子们的共同点或许是换牙。调查果然发现，失踪孩童全都处于换牙期，只有孙玉瑶尚未被带走。白珍珠和蒙锐急忙去找，花大娘却已匆匆赶来，告知孙玉瑶不见了。
此时，黎斯正带孙玉瑶在街上玩耍，给他买了不少吃食，还故意留下一个瓶子给摊贩抵账。蒙锐和白珍珠赶来，猜到孩子被黎斯带走，认为他要用孙玉瑶引出凶手，责骂他没有人性。大雨中，黎斯站在门口，听见一个提着绿色灯笼的木偶人呼喊孙玉瑶。孩子被夺去心智，随它离开。白珍珠与蒙锐这时赶到，斥责黎斯的做法，又封住他的穴道，带他一同追赶。
三人来到通道，以枯骨香打开华群通道。黎斯认为方向没错，孩子们可能就被关在这里。两侧墙壁刻着离罗国文字，他推测这与四十七年前离罗国覆灭有关。白珍珠忽然受控，向蒙锐出手，黎斯冲上前破除幻境，救下两人，但此前被蒙锐打伤的伤口也再次撕裂，令白珍珠心生愧疚。
进入洞穴深处后，他们看到一株巨大的花，应该就是外面那些华群的母株，四周遍布缠绕的丝线。随着笑声响起，无数傀儡娃娃从墙壁中出现，渐渐逼近三人。白珍珠追问对方身份，却发现眼前是一具尸体，从衣着判断正是暗香娘子。暗中操纵傀儡的人说，当年她哥哥用她的身体炼制枯骨香，而自己则将这具身体做成肉傀儡，远比傀儡娃娃厉害。
蒙锐命令那人现身，否则就砍掉花。对方毫不畏惧，称孩子们全靠这些花维持性命，花一死，他们也无法活命。这株花是离罗古教的遗种，峡谷里的魔罗花皆为它的后代，它就是克鲁天神之魂。四十七年前离罗覆灭，有人将花移植到此。交谈间，一个戴斗笠的人走入傀儡之中。
斗笠下的人抬起头，露出的竟是已经死去的温南生。眼前的情形像是凶手先后杀害孙掌柜和温南生，再将温南生的上半身与孙掌柜的下半身拼成一具完整尸体。白珍珠追问他为何这样做，他却称自己只求长生不死，用三十六个孩童的鲜血滋养便能永葆青春。黎斯看穿了其中的假象，指出眼前的温南生是活人，真正的肉傀儡只有暗香娘子。身份被揭破后，温南生承认，即便暗香娘子封住门窗，他仍能进入房间，而她的哥哥正是目睹了一切才被吓傻。
温南生拿孙玉瑶的性命要挟蒙锐、白珍珠等人，企图让他们束手就擒。黎斯随即解除幻术，众人才发现，被控制的所谓孙玉瑶其实是一头小猪。温南生驱使傀儡与黎斯等人交战，最终落败，他是侏儒的真相也被揭开，正因身材矮小，才得以钻入暗香娘子的房间。他又操纵魔罗花，想让它吞噬一切，却被黎斯的亢龙千机阵击碎，化作缕缕烟雾。温南生跪地呼喊自己的克鲁之神，盼其出手相助，不料魔罗花突然再起，反将他吞噬。
随后，黎斯发放三十个孩子的抚恤金，并把余钱留给县衙。百姓领钱后满脸欢喜，只有花大娘独自在旁落泪，黎斯见状摇头。这时，一群孩子跑来呼唤父母，扑进他们怀中。黎斯让知县收回抚恤金，领钱的人却纷纷否认孩子是自己的。花大娘也道出实情：一些孩子是知县交给众人抚养的，他还以性命相逼，不许他们泄露真相。黎斯指出，知县早已勾结温南生，等孩子长到换牙时便将他们带走，再一同分赃。因为并非亲生，这些人不会真正追究，只是他们没料到此事会引来神捕司。幻术撤去后，众人手中的钱全变成纸钱，纷纷飘落，黎斯斥责他们为了钱连亲情都能抛弃。
知县恼羞成怒，下令杀掉黎斯、蒙锐等人。白珍珠带人赶到，命他投降。蒙锐愤而想取其性命，却被白珍珠拦下，毕竟对方仍是朝廷命官。之后，黎斯以为蒙锐已经睡熟，独自起身离开，而蒙锐随即睁开了眼。黎斯找到知县杜逸安，提起他饱读诗书、八年前来此任职的经历，又追问他当年在通县任职时，八名孩童失踪是否也与他有关。杜逸安怕被杀，承认都是温南生指使。黎斯施展幻术，让他看见曾被迫害的孩子，直至他吓得精神失常。蒙锐等黎斯离去才现身，并未阻止。次日，杜逸安被吓死的消息传开，白珍珠微微一笑，蒙锐也觉得他死了干净。
白珍珠与蒙锐押着黎斯回去复命，途中被他带到自己的分店。白珍珠再次给黎斯戴上镣铐，他提醒她，这东西根本锁不住自己。白珍珠自然明白，却也只能暂用此法。蒙锐故意提出可以挑断他的手筋脚筋，黎斯便不再争辩。用饭时，白珍珠逐一试毒，黎斯还安排人在二人面前跳舞，蒙锐不胜其烦，挥手将人赶走。黎斯询问神捕司是否缺人，两人同时表示，他想加入神捕司是做梦。
两人正要带黎斯离开，一名不速之客闯入，赶走店里所有客人。黎斯想起边关传来的消息，北昆国王子温布即将来访，猜测来者就是温布。对方态度嚣张，扬言不走便杀。白珍珠愤怒地亮出令牌，温布却不认识，还误将她当成店里的姑娘。见她与黎斯的手腕连着同一条铁链，他竟觉得新奇，出言调戏，要求也与白珍珠绑在一起玩乐。就在此时，黎斯突然出手，捏住了温布的手腕。
黎斯出手之际，蒙锐也采取行动，北昆国第一高手燕子歌随即出手，告诫蒙锐不要轻举妄动。双方僵持时，黎斯点破温布的身份，郑重说明自己与太子的关系，表示可以遣走旁人，只伺候温布。身份被识破后，温布没有让他赶人，而是带着随从离开。
黎斯与蒙锐、白珍珠在野外过夜，谈起温布，觉得他突然离去另有缘由，不明白堂堂太子在顾忌什么。这时有人影掠过，蒙锐和白珍珠立刻追去，黎斯知道来的是黎三。伤势复发的黎斯即将昏迷，黎三现身替他疗伤，责备他不该使用亢龙千机阵，还警告他若想早死便直说，免得自己费力救治。好转后，黎斯替师傅按摩讨好。黎三说，以前救他只需半炷香，如今却要三炷香。黎斯追问当年被捡到时是否有傀儡娃娃，如今木兰猎场和离罗国都已无从查起，黎三表示从未听说。蒙锐和白珍珠回来时，黎三已离开，黎斯只说自己来洗脸。
太子周迢带管事太监赵善磊在京城微服私访，百姓围来送上美食。周迢十分高兴，以为大家是喜欢自己的丰神俊逸。恰逢黎斯三人经过，蒙锐怕太子带走黎斯，便和白珍珠准备领他离开，却被赵善磊发现。赵善磊上前，从黎斯怀里取走银票，供周迢花用。随后，黎斯带二人来到酒楼，又见周迢在场，便解开镣铐去请他评理。黎斯说，自己破了少女炼香案，百姓知道他代表太子，因此对太子感恩，先前的小错也该不再追究。他这番讨好的话，让周迢很受用。
轩辕善向世德宗催要翻修天枢阁的银两，礼部、吏部也各自递来奏折。世德宗让她查看，说明两份折子分别属于太子和大殿下一方，并问她如何看待。轩辕善回答，无论哪方，终究都归世德宗。
周迢想掌握神捕司，执意与大殿下争夺。黎斯劝他别与兄弟相争，周迢却称自己没有兄弟。黎斯沉默片刻，转而说神捕司门前的石狮也该修缮。周迢觉得有理，却认为送钱不如送人，希望黎斯去掌管神捕司。黎斯拿前任陆重的遭遇作例子，认为坐上掌司之位也未必有好下场。周迢虽不愿谈旧事，黎斯仍听出陆重之事与皇家有关。白珍珠和蒙锐准备带黎斯回去，开门却只见赵善磊和周迢，得知黎斯已经离开，二人赶紧追赶。
世德宗迟迟不批神捕司申请的银两，是想观察太子与大殿下的举动。如今大殿下已派人送钱，周迢则准备送去一个人。得知此人是黎斯，轩辕善向世德宗说明，黎斯直到鸿运二十年才在边关留下户籍记录，又交代近期事情的前因后果。世德宗让她按自己的意思办理。轩辕善领会后准备告退，却又被叫住。世德宗感慨，自她姐姐去世，同辈中能说话的只剩她和白阁老。轩辕善微笑点头应下。
回到神捕司，轩辕善见黎斯站在尚方鼓前，便主动搭话。黎斯装作不认识她，一口一个姐姐。她问犯人的镣铐去了哪里，黎斯再次伸手，镣铐已戴回手上。他提出进入神捕司，轩辕善列举其近期所为，宣布功过相抵，旧事不再追究。黎斯再次提出入司，轩辕善追问他的目的，又胡说一通，表示只想破案。白珍珠和蒙锐认为他须经过考核，轩辕善便让两人出题。
二人要求黎斯调查并剿灭黄泉集。黎斯觉得题目太难，分明是不想让他入司。轩辕善放宽要求，只让他抓来两个人，交出一些赃物便算通过。黄泉集本属黎斯，他回去召集众人，请大家配合认罪，承诺补偿全部损失，另给更多钱并减免部分租金。一些人愿意配合，来到神捕司投案。轩辕善准许黎斯加入，同时提醒他必须遵守神捕司的规矩，否则依条例处罚。
北昆国太子温布率使团抵达大世朝。朝会上，周邈认定北昆此次是借议和探查虚实。北昆多年来不断在边境滋事，如今前来谈和恐怕另有所图，因此他建议世德宗操练兵马，震慑温布。周迢却主张直接扣留温布，认为北昆便不敢反抗。两人眼看就要争执，世德宗转而询问白阁老。白阁老认为，对方既已来到大世朝，该戒备的是他们，无论有何打算，都在大世朝掌握之中，不必兴师动众。世德宗于是下令照常接待。
温布入住驿馆后，发现桌上放着一个匣子。打开一看，里面的小人正在跳舞，他看得十分专注。突然，一股烟喷到他脸上。温布觉得这是无礼的挑衅，当即要抓礼部官员。神捕司的楼天命及时赶来，答应查清缘由，给他交代，温布却只肯留给他一支舞的时间。
舞姬起舞时，楼天命着手调查。另一边，正在打扫的黎斯看见一些不错的兵器，便打听何时能到天枢阁清扫。齐捕头告诉他，只有神捕有资格进去，而黎斯只是实习捕快，必须破过惊天大案才能成为神捕。这时哨声响起。按神捕司的规矩，听见这种哨声，不管正在忙什么，都得立刻放下赶过去，因为这意味着发生了惊天大案。
与舞姬共舞的温布忽然全身冒烟，随后被烧成焦炭。燕子歌带人执意求见世德宗，要讨个说法。铁捕严成出面拦阻，表示神捕司会破案，但燕子歌必须暂留驿馆。双方僵持之际，黎斯、蒙锐和白珍珠赶到。楼天命随即带来世德宗口谕，命神捕司七日内查明案件。他向燕子歌承诺会给温布一个交代，并封锁九门，立即展开调查。
那只黑匣子不在礼单上，也无人知道它如何出现在驿馆。黎斯因职位不够，只能守在门外。他谎称自己凭字写得好、擅长记录才进了神捕司，借接下记录工作进入内殿。白珍珠与蒙锐等人交谈时，他在旁听着，可白珍珠刚说完，抬头便发现他不见了。
蒙锐逐个询问舞姬，黎斯却故意找其中一人搭话，让白珍珠以为他趁机寻花问柳。他接着又与其他女孩攀谈，表现得十分轻浮，还叫出舞姬小金鱼的名字。他拿出一锭银子让众人争抢，借机查看她们的手掌，发现一个女孩手上的茧较多。蒙锐闻讯上前，以为茧在虎口，黎斯却指出茧长在指尖，是常年弹琴留下的。蒙锐有些难堪，黎斯则说自己熟悉勾栏，可以由他来问，蒙锐便离开了。
黎斯留下小金鱼，直接指认她杀了温布。他指出，她指尖的茧不只来自弹琴，也与长期练毒有关。当初他想花重金买下她，她却始终不肯，因此他早已怀疑她留在这里另有目的。小金鱼见身份被识破，立即扬起毒粉，趁机跃窗逃走，不料蒙锐早已等在窗外。蒙锐要杀她，被黎斯制止，最终将她抓获。审问后才知道，小金鱼是为父兄报仇而来，但尚未动手，温布就已经死了。黎斯不解为何有人将复仇看得比性命更重，蒙锐则认为，未经他人苦，莫劝他人善。
排除小金鱼后，白珍珠、楼天命和严成继续梳理案情，却始终无法确定温布何时服毒。黎斯在他们身后提醒，面泡久了会发胀。白珍珠由此想到，温布可能在外面中毒，直到驿馆才发作。黎斯却认为，若在外面下毒，凶手很难把发作时间算得如此准确。此外，既然已经当众杀人，为何还要在现场使用昂贵的化尸散？严成听他分析得有条理，忍不住称赞，白珍珠则追问，他认为凶手究竟有何目的。