因为撤消肖世杰的保护，茹曼找到许智建提出抗议，并通过自己的特殊身份，迫使许智建暂时收回了决定。肖世杰的助手于华在劝解茹曼时，流露出了自己多年来对肖世杰的感情。 沈依萍想和肖冰单独相处几天，却无法将肖冰从幼儿园接走，只得打电话叫来了肖世杰，肖冰依然不肯跟沈依萍离开，后来在同样来幼儿园接肖冰的茹曼的劝说下，肖冰勉强同意和沈依萍回去。 肖世杰知道彭小玉对安柯已明显有好感，因此守口如瓶，肖世杰无奈，只得通过另外的渠道接近彭小玉。 对天然气管道各个主要关口的排查工作，正在紧张进行中。 苗旭依旧在为控制茹曼做着种种安排。

沈依萍利用保温瓶取得了茹曼的指纹，又利用一付特制的眼镜，获得了茹曼的视网膜，进一步实施了进入研究所的预谋……警方在排查炸弹的过程中，极为巧合地在隧道中，查到了一直隐藏在地下通道的苗旭手下毒贩郝老大一伙人，郝老大率领手下顽抗，双方展开了一场荷枪实弹的殊死搏斗……最后郝老大和手下束手就擒，一个胆小的手下供出了苗旭。 警方经过周密部署，决定抓捕苗旭，苗旭却提前得到消息逃离，由此，肖世杰加重了对许智建的怀疑，找借口检查了许智建的手机，却没有查出蛛丝马迹。而许智建，也正对发生的一系列事情，产生同样的质疑。同时，肖世杰得到了茹曼的父母来到华安市的消息。 苗旭为了保住自己，再次软硬兼施地和背后的神秘人物通了电话。 沈依萍开始部署实施进入研究所的计划。

茹曼的父母对肖世杰极为不满，茹曼和父母发生了争执。 肖世杰以查暂住证为名，来到彭小玉的住处，再次和安柯直接面对，因为彭小玉对安柯的袒护，肖世杰并未查出任何疑点，只得让线人继续监视。 警方发现了苗旭的住处，肖世杰带队迅速赶到时，苗旭却已再次及时走脱，肖世杰开始对知情的两个局长同时产生怀疑。感觉到自己，正站在一个十字路口，进退维艰，而警察的使命又让他告诫自己不可放弃。 此时的安柯，已利用沈依萍提供的茹曼的视网膜，顺利地进入到实验室，

肖世杰敏感察觉到研究所可能出现了问题，找到许智建请求调派警力，被许智建拒绝。肖世杰只得带着几个手下赶到研究所，并通过监控设备发觉了有人进入实验室，再次和安柯进行了交锋，打斗中安柯凭借曾经安装的热感监察器逃脱，但胸口中了一枪，留下了血痕。随后赶到的许智建向肖世杰道歉，肖世杰不置可否。 沈依萍命令安柯停止和肖世杰的争斗，暂时不得擅自行动。 肖世杰找借口调查到彭小玉的住处，再次被安柯蒙混过去。 苗旭在和自己背后的神秘人物见面，以重金诱惑其帮自己度过难关。

沈依萍将一个装有摄像镜头的项链送给了茹曼，茹曼推辞不过只得接受。通过项链的摄像头，沈依萍将茹曼的举动全盘掌握。 为进一步查清案情，邓建国、许智建和肖世杰再次对郝老大进行审问，不料，郝老大当场翻供，指证肖世杰刑讯逼供。肖世杰的工作受到牵连，并一怒之下，和自己多年的合作伙伴纪正龙反目。邓建国勒令肖世杰停止对苗旭的调查。许智建却在上级面前为肖世杰说情。 始终关注肖世杰的于华，答应肖世杰协助他私下监视苗旭的行踪。 警方对苗旭的通缉因证据的丧失，只好取消。肖世杰怒斥苗旭，总有一天会将他绳之以法。 而茹曼再次看到当年写给柴笑天的情书后，内心产生了悸动。柴笑天告诉茹曼，自己是公安部打入苗旭的“王朝”内部卧底的消息，更是让茹曼大吃一惊。 沈依萍的即将离开，让肖世杰不免伤感，动情之际，肖世杰得到了地下通道发现不明物体的消息，匆忙赶去，在最紧要关头，和电脑专家一起排除了一组即将爆炸的数码炸弹。

一场开诚布公的谈话，让肖世杰和纪正龙这对曾经一次次共同出生入死的战友，再度联手。肖世杰伪造了一份邓建国的手谕，来到看守所提审郝老大，恰遇郝老大和他的手下中毒身亡，郝老大临死对肖世杰说了至关重要的一句话。 肖世杰在邓建国办公桌抽屉里，无意发现了一个电话卡……肖世杰指派于华查清了那枚电话卡的秘密，证实了自己多年来视做手足的邓建国，就是公安内部苗旭的保护伞。 许智建也接到省公安厅的指示，信赖柴笑天并配合他的行动……面对生活中人与事的一系列翻天覆地的变化，茹曼不由发出深深感触。 拿到资料和部分元素的柴笑天向苗旭提出要和直接要货人见面。 肖世杰通过线人得到的安柯的指甲，经过DNA检测后，确定了安柯就是屡次进入研究所的罪犯。警察赶到彭小玉的住处后，安柯已离开。