“蜘蛛侠”发给凌子墨一张已撕成碎片的病毒图片，凌找汪晓寒帮她拼出了完整的病毒图形。他俩这才意识到在西海能够先于凌子墨研究出这种病毒的人一定是凌知渊，凌偷偷复制了父亲地下研究室的钥匙，想证实自己的猜想。一直深爱着凌子墨的汪晓寒与徐谦展开了情感较量，凌却始终不能忘记徐谦。他们无论如何也没想到，徐谦早已患上了肌肉萎缩症，他深知自己的生命只剩下几个月的时间，他决心要在最后的时间查证人体试验的黑幕。知道这件事的人只有他的同学朱坤。

凌子墨终于在凌知渊的实验室发现了父亲的研究——外形像黑色郁金香的病毒。一切如凌子墨所预想的那样，父亲知道葛安在进行非法实验，但他没有揭发也没有参与。他一直在进行自己的秘密研究。凌子墨让父亲和她一起到检察院举报葛安，而凌知渊告诉子墨一个更为震惊的消息：这种黑色郁金香病毒可能会大范围传播扩散。凌知渊要凌子墨和他一起在病毒还未扩散前研究出破译病毒的传染链。凌家的保姆吴婶在门后偷听到凌子墨父女的谈话，赶忙汇报给虞雅琴，虞向吴婶下令如果凌子墨举报就立刻干掉她。接着又借口忘记拿文件连夜赶到凌家。

虞雅琴和吴婶都是葛安总部直接派到凌知渊身边探听科研进展的国际间谍。虞雅琴见到凌子墨外出去找汪晓寒，怕他们报案破坏了葛安的整体计划，她电告葛安总裁，他让夏立臣杀掉凌子墨和汪晓寒。在凌家，虞雅琴给凌知渊服下安眠药使凌知渊昏迷，他穿上凌子墨母亲生前的旗袍诱骗凌知渊说出研究的病毒。凌子墨在夜晚开车时险些被人暗算，关键时刻一个蒙面人出现及时救了她。凌到公安局报案时接到父亲电话，又有一个从海边回来的导游感染了同苏杰、黄小开相同的病毒，凌连忙赶回医院。

又有五个游客感染了病毒，这是一场同病毒的殊死较量，凌子墨放下一切和父亲并肩作战，凌知渊告诉女儿一定要保护科研成果不被国外窃取。夏立臣得知凌知渊的研究项目后，派周冠群打入特别医疗小组，但却被凌知渊排斥在外，徐谦也没同意周的加入。凌子墨告诉汪晓寒救他的人右手有伤而且一直在颤抖，汪晓寒看到徐谦的手和凌子墨说的状况相同，产生了一个大胆的想法。当他在“蜘蛛侠”再一次在网上出现时，汪晓寒让凌子墨拖住“蜘蛛侠”，自己找到徐谦，发现徐正在以“蜘蛛狭”发信。一切都真相大白，徐谦就是真正的“蜘蛛侠”!

徐谦告诉汪晓寒他已经患上了肌肉萎缩症，只剩两个月的寿命。为了让凌子墨专心搞研究，他让汪晓寒不要把这些事情告诉凌子墨。由于徐谦的病情越来越严重，他无论如何也掩饰不了自己手的严重抖动，当还深爱着徐的凌子墨看到发病的徐谦时，过去的一幕幕浮现在眼前，凌确信徐谦就是一次次救了她的“蜘蛛侠”！，徐谦终于在互联网上对凌子墨说出他就是“蜘蛛侠”，凌子墨感动得泪流满面。贺彬彬发现徐谦偷录下父亲和夏立臣的谈话，这时才知道徐谦和她在一起只是为了调查她父亲，贺彬彬伤心至极。

凌子墨和父亲一起彻夜研究，病毒基因组只剩最后一步就完全破译了，徐谦让凌子墨伪造了一份足以乱真的病毒基因图谱，骗取了夏立臣的信任，从夏口中套出了贺市长是清白的，是肖杰借葛安把一亿资金转到国外，徐谦拿到了葛安违法行为的所有证据。虞雅琴窃取到凌知渊手中未完成的基因图谱。吴婶化装跟踪凌子墨，看到凌给徐谦的基因图，立刻报告给葛安总部。葛安总裁下令夏立臣杀掉徐谦，告诉他徐的基因图是伪造的，徐谦被夏立臣派人追杀。贺市长也一直在调查肖杰的贪污问题，肖杰闻风逃跑。