故事发生在清朝晚期的北京南城。

十九世纪下叶的清政府在英帝国的洋枪洋炮面前屡战屡败，只得割地赔款。户部银库准备款银总是行动迟缓，慈禧担心英国人找碴，引来战事，特派户部员外郎邝善亲督此事。 但邝善不仅未办好，还闹出贪赃受贿的丑闻。勃然大怒的慈禧斩了邝善后急问文武百官谁敢领差？一时间众官惶惶然。谁都暗晓大内银库是潭不清之水，邝善一案大有隐情，无人敢趟入其中。慈禧于是钦点素有清誉的工部督办官邱福顺专办此事。邱深知此差难办，进退两难下要求慈禧赐一腰牌，以备不时之需。邱妻为此担惊受怕，邱福顺也小心百倍。然出乎意料，他与户部桂大人和银库庞总管初次交锋便异常顺利，不由令他颇感疑惑。

大内银库庞总管经常从花子堆里挑选干儿子，为己贪赃敛财、收买上司卖命。孙七和殷三都是他得力的干儿子，由此经常得到上司桂大人的赏识。邱福顺以为自己过于敏感，讵料在查验赔款白银装船运走之后，竟偶然发现银库拨付河东治河民夫饷银以次充好。愤怒之极，欲上奏朝廷。当即被庞总管的随从兼干儿子孙七想方设法百般拦住。狼狈为奸的桂、庞二贼本以为速将赔洋人款银运走后，一可堵住朝野私议，二可打消慈禧猜疑。得知东窗事发顿感严重，急命孙七赶快补救。孙七乘邱家独子小虎子出生百日，送来内藏五百两银票的“老鼠娶亲”小孩玩意儿，被邱福顺发现送回，无奈只得采用下策，用上好的足银盖住碎银蒙混过关。孰料船将开之际，邱福顺发觉受骗，追到银库来找孙七算账！

孙七躲在银库不敢出来。邱福顺只得用腰牌闯进银库。虽未找到孙七，却由踩到一只成色纯足的银锭，竟而发现了银库库兵盗银的绝密，他惊愕万分！方得知此乃大内银库种种疑团的真正原因。回到家中思虑一宿，觉得事关重大，自己应抛却个人家庭安危，将此情况密奏朝廷。孙七办事不利，惹来杀身之祸，使得桂、庞二贼惊慌失色，他们决计不惜任何代价也要阻止住邱福顺！巧的是时值正月十五大雪封门，慈禧留在了颐和园赏灯，邱福顺的密奏未能送上。老奸巨猾的桂大人将邱请入府中，佯作公正忠直，花言巧语、慷慨陈词愿代邱上奏，为国除奸。虽有官场经验的邱福顺终未斗过心智道深的桂大人，相信了他的鬼话，将密奏交给了这个老贼。得手的桂大人和庞总管马上设下杀人灭口之计，定在当天(元宵节)夜里干掉！

一切阴谋都在花灯初上、喜气洋洋的元宵节之夜暗中悄悄进行着。家宴之上邱妻一曲真挚的唱词倾诉了对丈夫的爱与怨。经多虑的妻子提醒，邱福顺也感到桂大人的言行有疑点，他准备次日一早亲自进宫向慈禧密奏。然而晚了，当夜奇怪的大火吞噬了邱宅，一群蒙面杀手欲置邱家三口于死地。邱福顺恍然醒悟，持剑左拼右杀，邱妻与保姆王妈拼死掩护邱福顺携襁褓中的儿子出逃而去。京城南郊的山坡上，奄奄一息的邱福顺被一狂追不舍的蒙面杀手就要杀死之时，乡村老郎中齐达仁恰遇此情，飞起一脚踢中蒙面人丹田，那人惨叫一声滚落山下。邱福顺摸出身上带血的银锭向齐达仁告知真情临终托孤，齐达仁悲愤地慨然应下。与此同时，奸贼桂大人却向朝廷反诬邱福顺是个贪赃舞弊之徒，已在野猫引起的火灾中不意丧生。慈禧无奈地感叹又出了一个邝善，便不了了之。一桩谜案由此酿成。

狡诈的桂大人瞒住了上面，毒辣的庞总管负责下面，他要死见人，活见尸。隐蔽的邱坟还是被刨，庞得知邱家根苗未死，心中惶然，命人四处查找。齐达仁有惊无险地避过狡猾的崔六，又诓骗了心虚胆小的嘎八，让庞大人得到了小虎子已死的“确证”。齐达仁与小虎子以父子相称，感情甚笃。小虎子在柳镇街头见到一个身形高大、人称牛爷的人贩子，把买 到的小孩子带到一家小旅店不知施行什么刑罚，弄得小孩们哭叫不迭。小虎子心里结下个疙瘩。二十年过去，转眼到了清末年间。世事沧桑，慈禧已届老年，桂大人和庞总管卷入官场倾轧中，桂被处死，庞总管被流放。在齐达仁的悉心培养下，小虎子成了一个医术娴熟、能文能武的年轻郎中，改名仇隐。仇隐决心继承父志，重新探查二十年前父亲为之血溅宫墙，至此也未暴露的大内银库盗银秘密。然而，当他刚入京城，救下一个被歹人劫持的美貌姑娘，很快便被一个马脸男人紧紧盯上。

南城闹市上，身高马大的混混牛大鼻子欺负一地摊艺人，将其按成重伤。仇隐凭一手歧黄绝技当即治好，亮相街头，神医声名鹊起。引得一直跟踪盯梢的马脸男人更加注意。仇隐捉住了小偷快嘴驴伸过来的三只手，从其口中不仅了解到经常泡窑子的牛大鼻子花钱似流水的怪现象，还得知有个叫孙七的知情人似乎还在世，只是不知是死是活，现在何处？聚八仙旅店的胖掌柜对来住店的仇隐前“冷”后“热”的悬殊变化，使仇隐百思不得其解。胖掌柜经常侧面打探仇隐的来历，令仇隐顿起疑心。他夜间摸到胖掌柜窗下，果然听到胖掌柜及伙计与个神秘人物有勾结。他恐遭贼人暗害，手执匕首一夜未睡，终于贼人五更时分鬼鬼祟祟上了门。