少龙直闯吕府，大兴问罪之师，嫪毐欲借机杀少龙。少龙忆起与赵倩相遇及共度患难的片段，悲从中来。少龙盘问车夫后相信赵倩在吕府出事，遂向秦王请求下旨搜查吕府，不韦大加反对，少龙即以秦王答应的赏赐作交换，秦王无奈答允。少龙在花园发现赵倩的破布及娘蓉送给她的小兔，还查到案发时有八人没有不在场证据，其中包括嫪毐及娘蓉。嫪毐听到少龙要逐间房搜查证据，心感不安，突然发现赵倩留下的同心结，心生一计，成功脱罪。少龙推辞出任廷尉一职，朱姬乘机再荐嫪毐。朱姬要秦王陪她到骊山浸温泉，秦王感为难，建议由嬴政陪她，正中朱姬的下怀。嫪毐与朱姬手牵手去浸温泉，朱姬更在池中情挑嫪毐。秦王得报后怒气冲冲去捉奸，却见池中只得朱姬一人，大感愕然。朱姬掩面痛哭回房，又求秦王赐她一死，秦王答应将秀丽夫人打入冷宫。

朱姬责嫪毐瞒著她设计害秀丽，嫪毐说此举全为嬴政及二人的未来路，朱姬心头一热。少龙在赵倩墓碑上写上爱妻赵倩之墓，实现给赵倩一个名分，少龙离开时赫见琴清出现眼前。贪官与粮商勾结囤积五谷，善柔为了一众孤儿，与廷芳合谋在妓院偷取贪官虎符及粮仓锁匙，廷芳不慎杀死贪官，惊惶失措。

朱姬沐浴时有傻佬闯入，秦王有见及此，听葖獨薄的建议增设廷尉总领一职，朱姬乘机推荐嫪毐。少龙跟邹衍及琴清谈及大秦国运，指嬴政他日必定成为秦王自统一六国，但怕嬴政登位后会成为暴君，希望琴清当太傅，用儒道各家学说感化他，琴清答允。少龙与琴清看见一群萤火虫满天飞，忆起当日在赵国看萤火虫的情景，心神一荡。少龙坦言琴清貌似他的爱人青，才露出倾慕之情，但不想将她当作爱的替身，琴清闻言怅然若失。秦王见嬴政的文章及政见均有长进，决定立他为太子。成娇与杨泉君闻言后，直指嬴政与不韦的关系暧昧，要求滴血认亲，秦王及不韦闻言色变。嬴政为滴血认亲一事紧张不已，朱姬指秦王真的是其生父，嬴政强装松一口气。少龙向秦王提供一个可靠的滴血认亲方法，结果验证出嬴政是秦王亲子。

不韦对于嬴政非其亲生子，大受打击，持剑冲入朱姬寝室，少龙解释血相溶与相斥的跷妙处，才平息不韦的怒气。秦王正式立嬴政为太子，封李斯为御史、琴清为太傅。娘蓉欲开衣饰店卖自己设计的衣裳，不韦以丞相千金不应抛头露面为由拒绝支持。少龙送给嬴政一支“不求人”，要他在自己离开后学会独立自主，凡事靠自己，嬴政错愕。

嬴政听到少龙要离开，积极挽留。少龙指嫪毐野心勃勃，提醒嬴政小心他权力过大，嬴政即向秦王建议将廷尉总领一职以三个月为期。朱姬佯装发恶梦及害怕有刺客冒充侍卫，哄得秦王撤销总领任期限制。秦王大赞琴清对嬴政教导有方，朱姬建议为她立贞节碑，少龙闻言激烈反对，众均错愕。少龙劝琴清不要答应立功碑，以免日后不能出嫁，琴清乘势逼他表白，又指他心中也为自己立了一道碑，少龙无言以对。邹衍借天上牛郎织女二星，暗示少龙在感情事上不应晦暗不明，应要敢爱敢恨，少龙若有所思。少龙向琴清坦言来自未来，琴清怒责他砌词拒绝自己，拂袖而去。邹衍听罢琴清的转述，仔细思量少龙的言行及预言，又觉得并非荒诞，决定来个测试。朱姬与嫪毐偷情时秦王突然来到，嫪毐慌忙躲避。秦王怀疑朱姬与不韦藕断丝连，嫪毐决定将计就计。朱姬约不韦到寝宫，又佯装需要他的慰藉，此时秦王突然撞门而入，不韦脸色一变。不韦虽然摆平事件，但秦王心中仍有刺，反对他修凿水渠的建议，不韦不悦。朱姬再乘机挑拨，不韦目露凶光。不韦一招以退为进果然令秦王面露愧色，又扮作感激与秦王痛饮。琴清与邹衍向少龙这个未来人讨教天文知识时，惊闻秦王病危。

少龙见秦王口唇及指甲发黑，知他中了慢性毒药，明白是不韦所为。嬴政与众臣为秦王祈福，朱姬见不韦惺惺作态，感恶心。不韦在奄奄一息的秦王面前拥著朱姬，秦王当场气死。少龙不忍见宫女、太监活生生给秦王陪葬，灵机一触建议嬴政改用陶俑代替。琴清为少龙饯行，少龙托她给廷芳道歉信，琴清见自己在他心中竟不占一席位，感失落。嬴政终于登基成为秦王，少龙百感交杂，拿著通讯器到山头追踪讯号，突然失控地拍打通讯器。少龙催促滕翼等翻阅鲁公秘录，查看有否提及与电或稀硫酸有关的记载，不果。不韦拟好一份调配百官的名单，擢升自己人而贬阳泉君一党，嬴政感没趣。不韦与嫪毐在秦宫相遇，二人唇枪舌剑。少龙找琴清帮忙，琴清与邹衍对少龙说的生电原理全不理解，感泄气。琴清不停为少龙翻查资料寻找硫磺变硫酸之法，邹衍见状问她有否想过留住少龙，琴清感矛盾。嬴政不满不韦责他不阅奏章，不韦大怒，朱姬忙打圆场，不韦乘机要嬴政封他为“仲父”，嬴政被逼妥协及向他下跪。少龙见琴清只顾画画，没有帮他找硫酸，不悦地离开，琴清拿伞追出，少龙顿时气消。突然一道闪电劈断大树，琴清想到利用闪电取电源，少龙闻言兴奋不已。

琴清说出利用闪电的破绽，少龙感泄气，责她没有尽力帮忙，琴清感受屈。少龙决定打造铜线，测试闪电减压之法；另边厢琴清听到滕翼叫荆俊放走彩雀的一番话后，顿悟勉强少龙留下只会让他痛苦一生，决定测试硫磺变硫酸之法。嬴政受斯鼓励，充满改革大志，先提出统一语言、文字及度量衡，但遭不韦泼冷水，憋著一肚子气，对国事感意兴阑珊。嬴政带太监赵高偷偷出宫游玩，与娘蓉发生龃龉，原来娘蓉发现衣饰店擅改她寄卖及印染的衣衫，再卖给嬴政。娘蓉找衣饰店老板理论，老板指其设计无人问津。自称戴旺的嬴政见状，指娘蓉的设计极具风格，愿与她合股开店，娘蓉大喜。荆俊知道娘蓉与戴旺一见如故，醋意顿生，少龙献计著他也去合股。少龙等发现戴旺竟是嬴政，大吃一惊。嬴政知荆俊喜欢娘蓉，要跟他公平竞争。不韦发现嬴政与娘蓉合股开店，怕二人做出乱伦之事，要娘蓉跟嬴政断绝来往。娘蓉气嬴政欺骗自己，跟他绝交，嬴政感失落。不韦逼嬴政尽早择偶成婚，嬴政向朱姬求助，朱姬以不宜跟不韦交恶，叫他顺从，嬴政气愤。少龙测试闪电失败，失望又焦虑，对嬴政嚷著不做大王也无心理会，嬴政把心一横。嬴政失踪，少龙错愕。

少龙与嫪毐兵分两路，四处寻找嬴政，琴清指嬴政对巴蜀及长城甚有兴趣，可朝西、北两方寻找。嬴政在市集仗义帮卖身葬父女子后，被少龙与琴清发现踪影，其后嬴政借肚痛遁走，少龙气结。少龙为救失足滚下山坡的琴清，再次被嬴政走掉。嬴政被恶汉击晕及抢去钱包，醒来饥寒交逼下偷包子，被带往衙门。嬴政向县官自称大王，惨被棒打，更被押往长城做苦工。少龙与琴清寻至工地，可惜跟嬴政失之交臂。嬴政在工地饱受煎熬，正感绝望之际知道监官来巡，扑出大叫自己是大王，可惜被殴打至昏死过去，弃置于乱葬岗。嬴政望著身旁的尸体，体会到没有权势是何等悲惨，顿悟应该要珍惜自己的权力。三日后是先王冥寿，不韦担心嬴政未能及时出现宣读祭文，成娇会乘机取而代之。嬴政到秦宫被拒诸门外及遭殴打，此时赵高被指失职拉去处斩，在宫门外惊见嬴政，二人相拥而泣。嬴政迟迟未出现读祭文，杨泉君首先发难，请成娇代替嬴政。嬴政回宫后一改前态，愿意成婚，又叫少龙珍惜眼前人。杨泉君以守孝期间不应结婚，在大婚日以死相谏，嬴政感权威被冒犯，怒将杨泉君赐死，少龙见嬴政如此狼辣，顿感心寒。琴清实验时发生爆炸，少龙惊见她昏倒地上。