考试之日终于到来，朱正也终于勇敢地面对，他带伤比赛，书院的老师和同学都十分感动，朱正终于拿到武举人之名衔，并且赢得了自信，赢得了人生，更为书院赢得了莫大的名声。这一切凤姐都看在眼里，她明白自己深爱的是朱正，他决定放弃自己毕生的心愿，放弃荣华富贵，永远地留在朱正身边。 此时，墨林回来了，不懂没有辜负他的安排，朱正已经在不懂的帮助下找回了自信，现在没有墨林的协助，他依然是一位有自信的太子。 朱正要和宁王返京了，大家都很依依不舍，朱正向凤姐承诺，不日将会来接凤姐离开，给凤姐最大的幸福。

这一日，无休收到孝宗密旨，原来孝宗病重，让无休尽快调查茶花一事。不懂便又开始加紧调查。 籽言又与父亲墨林吵架而离家出走，不懂在后山找到籽言，二人不慎双双坠崖。不懂和籽言大难不死，相互扶持着在黑夜中摸索着回家的路，不知不觉间，好感在两人中产生。不懂劝解籽言，让她明白自己误会了墨林和夫人，籽言这才发觉自己的任性。 籽福和乐文在寻找籽言的过程中不期而遇，路过往日相约的地方，二人心中不免惆怅。 在回家途中，不懂发现了孝宗让他寻找的“十八学士”和一个土坟，坟上有一个女人的名字。无休听到这一消息立刻惊呆了，他让不懂马上带他前去。

在那女子的墓前，无休说出了事情的原委。孝宗认为两年前出现的“十八学士”是当年的夫人栽种的，但土坟的出现说明夫人早已辞世，茶花的出现只是巧合。事情的真相已经查明，也该是回去述职的时候了，面对离别，不懂很是不舍。 就在此时，郑王的人马又冲入书院。他此行的目的是带走太子，不想被宁王捷足先登。郑王无奈之余，迁怒于墨林，逼应院士在一日内交出他编纂的《元史纲领》。就在郑王走后不久，有人发现《元史纲领》中有错漏，被好事之徒利用的话，也许会发动一场文字狱。墨林为了不连累学生，决定关闭书院遣散学生回家。但是在不懂的熏陶下，学生们已经成为了与书院共存亡的有情有意的一群人。在不懂的指挥下，大家协同合作，终于化险为夷，保住了书院。 经历了种种的磨难，籽福和乐文终于重归于好。

乡试终于到来，在大家的努力下，全书院的学生都考中了举人。大家都很开心，墨林更是欣慰。想当年他正是由于不愿介入朝廷中的党争，才愤而辞官办学的。办书院就是为了有抱负有活力的学生，如今书院所呈现出的景象正是他所期待的，而这要感谢不懂，是他改变了书院的风气。 无休的失忆症越来越严重，他把不懂叫到身边，告诉不懂他有一个儿子。原来，二十年前，一次无休带兵打仗，回来后发现妻子带着儿子离去了。他告诉不懂就是为了让他提醒自己别忘记这个儿子。不懂拒绝了，他不要提醒无休，他要帮无休找到儿子，让他陪在无休身边。 不懂和无休终于要离开了，临走的前一晚，大家不约而同的回到黄班的教室，上了不懂的最后一节德业课。翌日，籽言也跟随不懂一同上路，她嘴上说是要假扮男装考取功名，实际上她是舍不得不懂。不懂回到京城，惊讶地发现，原来那个没自信的朱正正是当今太子。

孝宗已经病重，各路藩王带兵聚集京城，只等皇帝病逝，便起兵夺位。就在危机四伏之时，孝宗命不懂为太傅兼大学士，官拜一品，统帅六部尚书，扶植太子。孝宗临终前，看到不懂手中的手帕后，悲从中来，责怪自己任命不懂官职，劝不懂远离皇宫，并用尽最后的力气说了声“对不起”。不懂望着孝宗逝去，心中一阵莫名的痛楚。 孝宗驾崩，诸藩王正要行动，岂料孝宗留下遗诏，以政治手段暂时稳住了诸王。大家一时不敢轻举妄动。 太子即位，改年号为正德。 其实孝宗命不懂为太仆是有他的打算的。他希望不懂能像在书院中般春风化雨，感化朝中党派分明的大臣，同时扰乱藩王们的部署，给正德多一点时间来稳固政局。

尽管六部尚书都看不起不懂，但这难不倒不懂。他以太傅的身份，用稀奇古怪的方法，把六部尚书弄的哭笑不得。就在此时，不懂发现兵部尚书巫大勇便是无休的儿子。谁料大勇竟不肯与父亲相认。原来尽管无休时常吹嘘自己的英勇，当年却因为贪生怕死贻误战机，致使全军覆没，大将军也战死沙场。幸好孝宗仁慈，并未对此事追究，但无休却一蹶不振，终日以酒度日，妻子忍无可忍便带着儿子回到乡下。从此大勇便活在鄙夷的眼光中，取得今天的地位，完全是凭借了他的不懈努力和勇气。他看不起无休，认为无休没有资格当他的父亲。不懂和籽言听了大勇的讲述后惊呆了，他们认为无休是因为病重才杜撰出自己在沙场的英勇表现。