清世祖顺治十五年，明朝亡国公主长平率领朱崇权及常公公欲刺杀世祖，但朱崇权与常公公先后失手被擒，而长平公主亦被杞献唐将军斩断一臂，自身难保，正被大内高手重重围困，情急挟持康熙为人质，命令杞将军放走朱崇权与常公公，杞将军为保太子性命，让三人离去。康熙二十年，何元龙出使高丽，立功而返，听闻杞将军时迫害汉人，大为不满，伺机向康熙进言对汉人采用怀柔政策。杞将军密告康熙，谓何元龙贡品中欠一治国平天下的无敌天书，康熙闻言大怒，质问何元龙有关天书之事，何元龙知杞将军早有预谋，遂急返家告知家人收拾细软准备逃离，一面带书上朝，但天书内全无文字，康熙指何元龙欺君犯上，即命安大人抄其家，玉凤及时与母亲逃脱，何元龙则被收押天牢。玉凤匿藏安大人府中，但龙飞早已求神问卜得知安府不久亦大祸临头，劝玉凤速离安府，安大人却不以为然，劝玉凤暂栖身府内。

玉凤往天牢劫狱，被铁手银发现，到处追杀，玉凤受伤藏于水中，幸得李妙生相救，逃过清兵耳目。玉凤知不能久留安府，与母立即动身离开，但杞将军已带同手下到来搜查，搜得母女留下之衣服，杞将军指安大人私藏钦犯，将之押走。龙飞远行返家，见安府已被封，不禁凄然，时玉凤突出现，与龙飞齐往苦修庵暂避。杞将军之子杞英明对双格格一见钟情，赠厚礼约格格往什剎海赏灯，格格依时到会，却屡将英明戏弄，英明大受刺激，癫痫症复发，晕倒地上，妙生急忙与英明手下送英明返王府，并将英明救醒，杞将军见妙生医术高明，留妙生在王府长住，以便医好英明的病。玉凤知悉父亲在菜市口处斩，单人匹马往劫法场，但却中杞将军之阴毒掌，身处险景，此时独臂神尼突然出现，将玉凤救走，杞将军怀疑神尼乃长平公主，遂加派人手往庵观搜查。

玉凤在神尼安排下匿居妓女小莲房中，法雷、搜魂到苦修庵搜捕玉凤等人，何母与龙飞则亡命奔逃，两名尼姑挺身保护二人，但何母一个踉跄跌下陡坡，龙飞则安然逃脱。英明往妓院寻欢，却见父亲手下跟踪尼姑而至，怀疑玉凤藏身于妓院内，即禀告康熙，康熙因而对他甚为赏识，并准备将双格格许配予英明。玉凤听闻康熙以何府作为格格婚嫁之用，气极之余将府第烧毁，却见母亲倒卧地上，连忙将母救走。玉凤出外行事皆女扮男装，格格不知情，对玉凤痴心一片。格格闻父将之许配予英明，坚决反对，遂悄悄单独离开京城。

神尼认为不宜久留妓院，趁清兵搜捕稍松之时，与玉凤等人乔装离城，何母为引开清兵注意力，竟奔跑出城，卒被清兵所杀，玉凤藏在箱中目睹一切，悲恸万分。玉凤欲冲出箱外救母，被龙飞阻止，神尼见势色不对，即命普渡、慈航急挑箱子飞跑，清兵欲追杀，被英明阻止，原来康熙欲将之一网打尽，不欲打草惊蛇，暗命铁手、银跟踪各人。玉凤与龙飞、紫薇到客栈度宿，格格跟踪而至，令各人不胜其烦。当晚龙飞往野外观天，无意中目睹拜月教残忍行为，不禁惊呼，致被拜月教徒捉去，格格连忙告知玉凤，玉凤与紫薇悄悄将龙飞救走，但格格却被捉去。两人再返野地救格格，并把拜月教等人击退。格格感谢玉凤救命之恩，对玉凤更为钟情，并改名为柳双双，与三人一起上路。铁手追踪神尼到能仁寺，英明即命大队清兵包围，并着妹紫薇引开玉凤等人，然后分头歼灭，但紫薇对龙飞己生情愫，恳求英明放过龙飞，英明拒绝。大队清兵攻打能仁寺，神尼等人从秘道逃脱，但朱大人与方丈大师不幸身亡。

英明带同弓箭手围攻玉凤等人，却见格格与玉凤一起，立即命弓箭手停止射杀，此时神尼出现，立带两人脱离险境。神尼劝玉凤小心紫薇及双双，玉凤与龙飞商量留下两人，但龙飞与紫薇已生情愫，不欲丢下紫薇不理，而紫薇亦迫龙飞与她远走高飞，龙飞正左右为难。

红船上众人均被英明爪牙杀死，常公公突围而出，但已身受重伤，戏棚亦被大批清兵包围，幸双双与玉凤身手敏捷，逃过清兵追捕。神尼见英明人多势众，亦不恋战，遂与常公公先返红柳山庄养伤，但神尼因此事越发怀疑紫薇，嘱慈航等人小心。龙飞被铁手银偷袭，身中剧毒，紫薇恳求英明给解药，并诈称以龙飞为饵，引玉凤上钓，英明觉有理，但只给予暂时性解药，以免紫薇倒戈相向。玉凤知悉神尼怀疑紫薇为内奸，遂往质问紫薇，但紫薇不肯透露半点口风，令玉凤不得要领。双双与妙生匿居陈家村内，但陈家村疫症流行，双双不幸染病，此外英明已带同手下到来找寻二人，妙生即背双双离去。