三宝自幼跟着法华寺的大德和尚学得一身制药治病的本领，并练得一身高深武功。一天，三宝与大德和尚到镇上赶集卖药，与金陵回春堂大小姐杨翩翩和表哥齐总管在客栈邂逅。晚上，三宝无意中发现药农偷换回春堂的好药，三宝心中不安，于是将偷药一事揭发，药农们遭齐总管痛打，三宝前来帮众人医治，众人决定痛改前非。

因贝勒爷得了一种怪病，大德和尚、三宝及翩翩被带到提督府为贝勒爷治病，三宝与杨翩翩下的结论有差别，提督命二人一起治好贝勒爷的病，否则，拿二人是问。

三宝和翩翩治愈了贝勒爷的病，翩翩诚邀三宝师徒到金陵同行，大德以年事已高软拒，却答应改日让三宝将自己的医术心得送去。三宝师徒途经温家庄，遇到温柔，并与她结下不解之缘。三宝与师傅回到山中，大德明白自己行将就木，毅然赶三宝下山。在去往金陵的路上，三宝想去见温柔，却意外的在温家救了躲在木桶里的温柔，从她口中得知温家惨变，并帮她埋葬了家人。三宝为给温柔治病，花掉所有路费。温柔过意不去，于是将自己偷偷卖身于吉府，换来的钱给三宝做盘缠，三宝不明就里，独自上路。

温柔发现吉府夫妇乃不善之辈，欲逃离，被发现后遭到毒打，幸亏叶展鹏及时出现救走温柔，而温柔却处处警惕叶，叶故意让她逃离，自己则暗中保护。

三宝来到金陵，翩翩不在，齐汗青耍手段将三宝打发出回春堂。

金陵霸主独眼龙受到新霸主梁挺的威胁，两霸主争斗中，三宝救下受伤的独眼龙，将他送到回春堂救治。次日，三宝为化解独眼龙与梁挺之间的恩怨充当和事老，去找梁挺。梁得知三宝是回春堂的人，打听翩翩的事，并答应与独眼龙和解，但要独眼龙大摆酒席当众道歉。三宝归来，巧遇偷吃烧饼被追打的温柔，三宝惊喜。温柔将事情真相告诉三宝，三宝后悔丢下温柔，将她带到回春堂。翩翩可怜温柔的境遇，留下她，温柔巧舌如簧，惹得翩翩母梁静仪喜爱不已。

独眼龙向叶展鹏汇报温家血案，叶指示他让出金陵霸主的位置，退到幕后，更好地为组织服务。

独眼龙摆“和谈酒”，邀翩翩做见证人，在酒宴上，独眼龙与梁挺旧帐勾销，翩翩的豪气令梁挺更生爱意。此时齐汗青与提督大人正在楼上打牌，齐得知独眼龙是刑部的人。翩翩应梁挺之邀到龙王庙游玩，一票市井打闹，被官差通通带入衙门，齐汗青将翩翩领回，遭到梁静仪数落的翩翩则称梁挺为人义气，值得结交。

温柔在回春堂住下后，叶展鹏时常潜藏在回春堂的屋顶上暗中保护她。一夜，突然几个持刀蒙面人闯入温柔房间，叶展鹏出现打退杀手。叶告诉众人，自己是温柔爷爷的学生，他会不顾一切的保护温柔。

梁静仪得知昨晚的打斗事件后，对温柔的遭遇深表同情，但齐汗青对温柔和叶的来历持怀疑态度，叶展鹏登门拜访感谢回春堂对温柔的照顾，为安全起见，他要求带走温柔，但温柔不愿离开三宝，梁建议让温柔留下，叶展鹏不再强求，提出做温柔的老师。

三宝发现店内名贵药材都是假药，禀明梁静仪，梁大发雷霆责令齐汗青追查原由，齐将责任推到张长安身上。

齐汗青的师兄来到金陵，齐称有人挡他的路，要师兄助其除掉他。这天，三宝正在医治被齐师兄打得半死的独眼龙，齐偷偷地在药锅内到入毒药，喝了药的独眼龙抽搐而死。

三宝见独眼龙突然暴毙不知所措，在死证面前三宝百词莫辩，被清兵抓走。翩翩和叶展鹏研究三宝案件时，叶发现其中有疑点，阐明自己的看法。翩翩与齐汗青谈及此事，两人各执己见。翩翩拜托齐汗青营救三宝，齐假意答应。齐汗青偷偷面见提督大人，称只想达到将三宝赶出回春堂的目的。三宝被放出来，但仍然内疚自责。三宝向梁静仪辞行，决定上山找师傅解答疑惑，并委托他们代为照顾温柔。

三宝回到山中见到师傅，讲出这段日子来自己的经历，师傅鼓励三宝不要气馁，并建议他重回回春堂，不要错过机缘。