白蛇索性把灵珠还给青蛇，两人斗法，青蛇虽得回灵珠，但仍不是白蛇敌手，悻然而去。刘氏知道白蛇懂得魔法，求她代出头，惩治白世昌，白蛇反教她退一步海阔天空，劝她修身积福，放弃仇恨，刘氏没趣。

黑蛇对白蛇仍爱意炽烈，决从许仙手上把她夺回，他知刘氏热切向白世昌报复，以教授魔法为饵，要刘氏为他所用，充当他的线眼。

许仙和白蛇婚后每日只顾嬉戏玩乐，不亦乐乎，大雄看在眼内，提醒许仙。许仙也自觉饱食终日，无所用心，不务正业，有负亡母所望，开始闷闷不乐，白蛇知许仙心事，安排他拜入已隐居深山的著名老医师门下，学习岐黄之术，造福世人。

石君宝经过艰苦学习和修炼，终炼成天眼通，能看穿世间一切妖孽精灵，又同时学得收妖之法。青蛇知君宝已成了得道僧人，为增添道行来对付白蛇，竟不惜一切，冒险诱惑君宝。

青蛇施出浑身解数，君宝竟然有意动之意，青蛇喜出望外，岂料原来有诈，原来君宝虽明知对方是蛇妖，但亦想藉她来试炼自己道行和定力，一僧一妖交手，君宝终胜一筹，青蛇兵败如山倒，给君宝追杀，只好狼狈逃走。

葫芦小妖向白蛇通风报讯，白蛇不忍青蛇形神俱灭，赶往施以援手。君宝锲而不舍，追踪而至，要向青蛇施以毒手，令她几乎丧命，幸得白蛇及时而至，不惜舍身护青蛇，君宝一眼看出白蛇也是妖精所化，欲一并把她歼灭。

白蛇负隅顽抗，一轮激斗后，白蛇终凭着机智带同青蛇遁走。青蛇感激白蛇保她周全，从此真心视对方为主子，决定死心塌地替白蛇卖命，白蛇不想委屈她作侍婢，提议和她结为金兰姊妹。

白蛇收伏了青蛇，再无后顾之忧，开始努力为许仙营造一个幸福的家庭，许仙对白蛇非常依赖痴缠，青蛇看在眼里，艳羡不已，不知不觉中对许仙生了爱意而不自知。

许仙记忆力过人，很快便把医书朗朗上口，老医师惊为天人，加上白蛇和青蛇在旁不断鼓励和赞赏，许仙开始变得骄傲起来。

杭州城里有鼠疫蔓延，许仙自恃聪明，不听老医师说话，擅自替病人开方，岂料病人服药后竟有不良反应，许仙有如过街老鼠被追打，他一心显耀威风，倒头来却变了全民公敌。

白蛇青蛇查出鼠疫是黑蛇暗中散播，志在嫁祸许仙，两人为护许仙和黑蛇大打出手，黑蛇欲挟白蛇远走高飞，白蛇奋力反抗，一时失手，误伤黑蛇，毁去他多年道行，黑蛇含恨而去。

许仙觉悟前非，知道是自己骄傲所累，决定暂时离家，到深山贴身跟随老医师编写医书，钻研药性，白蛇和他新婚燕尔，心里不舍，但想到有自己在身边，许仙根本不能集中精神学习，只好成全许仙意愿。许仙洗心革面，虚心学习，老医师倾囊相授。

石君宝致力除妖伏魔，不幸被一群山精妖怪伏击，性命垂危，许仙无意中救了他一命。石君宝在老医师山居养伤，他和许仙，一个严肃，不苟言笑，一个性格乐天，大情大性，初时相处困难。

山精妖怪觊觎君宝身上有除妖宝鉴和雷火珠，起抢夺之心，老医师被害身亡，石君宝对妖怪更是深恶痛绝，誓不两立。

石君宝在许仙相助下，大开杀戒，终将一干山精妖怪诛灭。君宝许仙成了患难之交，视对方为知己良朋。他一心想渡化许仙，劝许仙随他一起出家，以降魔伏妖为己任，许仙笑言已有家室，若然出家，妻子定必追斩，君宝不得要领，只好和许仙分道扬镖。

许仙回家见白蛇，夫妇久别，更胜新婚。许仙知道白蛇已有身孕，欣喜若狂。

许仙在白蛇鼓励下，开了一家药店，赠医施药，造福世人。无奈坊众对许仙坏印象未除，药店门可罗雀，青蛇见许仙闷闷不乐，瞒着白蛇在杭州散播病毒，欲助许仙出头，白蛇最后知道真相，急急制止，但已死了不少人，唯与此同时，许仙华佗之名开始远播，坊众知他医术了得，纷纷向他求医。

白蛇知青蛇动机善良，但手法实在过份，出言责难，青蛇不悦，离开许家，青蛇音讯杳然，白蛇许仙心里牵挂。

葫芦小妖终找到青蛇，小妖告之白蛇许仙非常挂念，劝她回去，青蛇向小妖吐心事，原来她爱上许仙，开始不能自控，怕自己将来会不顾一切破坏白蛇许仙姻缘，故此选择及早离开。

经小妖开解和鼓励，青蛇也有从良之念，她四出物色，终挑中一个叫做燕三郎的浪子，她想把对许仙的爱意都投放在对方身上，岂料燕三郎是个坏人，竟把青蛇卖至妓院，青蛇怒不可遏，欲杀对方泄愤，却不幸遇上石君宝，被君宝镇住，动弹不得。

石君宝虽有天眼可分辨妖怪，却无慧眼辨人的好坏，他相信了燕三郎，让他把青蛇带走。燕三郎知青蛇是妖怪，但如今已失法力，对她肆意凌虐，青蛇苦不堪言，无力反抗，幸好白蛇得小妖通知，及时助青蛇脱险。

白蛇猜到青蛇心事，游说许仙娶青蛇为妾，并刻意安排许仙和青蛇单独相处，可是许仙对白蛇忠心不异，无论如何也不肯。青蛇欣赏许仙，同时感激白蛇，打算修心养性，留在许家伴二人终老。在白蛇青蛇协助下，药店货源充盈，炮制精良，生意兴隆。

道士魏飞霞见许仙额上有一道黑气，说他定是被妖怪缠住，宜设法脱祸，许仙一笑置之，回家当笑话向白蛇提及。

青蛇嫌魏飞霞多事，即在他面前大显神通，把魏飞霞吓至魂飞魄散，白蛇放他离去，并指出自己和青蛇对许仙并无恶意，着魏大可放心。魏唯唯诺诺，不敢再留，速速离开。

魏飞霞前往金山寺向君宝求助，君宝知道杭州城出现妖怪，马上和魏进城。

刘氏在街上遇君宝，刘氏对他恨之入骨，声称君宝毁了她，君宝发觉她面有黑气，怀疑她也被妖精缠上，刘氏以为君宝有心损她，破口大骂。

刘氏向黑蛇通风报讯，黑蛇知道白蛇有了身孕，法力大减，遂打算有所行动。

刘氏把黑蛇交给她的药散暗中放安胎药中，让白蛇服用。

君宝和许仙重逢，许仙不知君宝是为收妖而来，还热情的带他回家，要介绍君宝认识他的妻子。

白蛇服过药散后，开始肚内翻腾，疼痛难当，许仙从外回来，一掀床帐，竟赫然见到一条白色巨蛇盘踞在床，许仙肝胆俱丧，昏死地上，奄奄一息。白蛇知自己现了原身，吓坏了许仙，即忍痛幻回人形。

君宝闻声闯入，一眼便看出白蛇是精怪所变，急急施法，欲收白蛇入砵，青蛇及小妖冒死救出白蛇和许仙，遁入深山，不知所踪。

许仙昏迷不醒，白蛇惟有到嵩山，向南极仙翁求取还魂仙草，她吩咐青蛇及小妖看守许仙，自己急向嵩山而去。白蛇盗仙草，事败被擒，南极仙翁知白蛇竟和许仙结为夫妇，勃然大怒，白蛇据理力争，仙翁最后被她真情打动，答应给她一株仙草，放她下山。

白蛇赶回，却发现青蛇及小妖身受重伤，而许仙不知所踪，原来一切都是黑蛇做的好事，他把许仙禁锢起来，又向白蛇耀武扬威，白蛇以许仙命在旦夕，哀求黑蛇释放他，让他及早服用仙草。黑蛇逼白蛇发下毒誓才让她见许仙，白蛇心念许仙安危，只好答应。

许仙悠悠醒来，身边只见青蛇，原来白蛇把许仙交予青蛇照顾后，便随黑蛇离去。青蛇虽欲掩饰，但许仙已对白蛇和青蛇身份起了疑心，青蛇无可奈何，把真相讲给许仙知道，许仙惊悉妻子是白蛇所变，大吃一惊。

许仙怅然回家，君宝来访，指出妻儿名利到头空，着许仙跟他回金山寺修行，许仙心烦意乱。刘氏欲用黑蛇所授妖法谋害君宝，不意竟害人害己，死于非命。

许仙虽知妻子是蛇精，但到底难忘她的恩义，重返青蛇修炼之处，哀求青蛇带他去见白蛇，青蛇难过，又不忍把白蛇受制于黑蛇一事告之，唯有劝许仙忘了白蛇，许仙不知就里，以为青蛇从中作梗，破口大骂，小妖看不过眼，和盘托出，许仙始知误会了青蛇。

许仙知白蛇为救他性命，甘心受制于黑蛇，誓要救白蛇出险，青蛇初以许仙不自量力，但最后被他感动，决冒死一试。

许仙知青蛇不是黑蛇敌手，打算借助君宝之力，他讹词要随君宝修收妖之法，君宝慷慨把除妖宝鉴和雷火珠相赠。

黑蛇打算替白蛇打掉腹中胎儿，白蛇灵珠在黑蛇手上，无力反抗，内心痛苦，危急间青蛇带许仙赶至，许仙凭着雷火珠和君宝所授法宝，大败黑蛇，黑蛇狼狈败走。许仙到金山寺，把雷火珠和除妖宝鉴交回君宝，自称没有慧根，决放弃出家之念。

许仙为怕君宝会对白蛇青蛇不利，决带同各人离开杭州，远离是非。就在许仙等人预备离开之际，君宝突然出现。原来君宝早洞悉许仙意图，他痛斥白蛇青蛇罪行，要把她们诛灭，白蛇有身孕，青蛇有伤，两人根本不是君宝敌手。