狄军因张Sir之死显得非常痛苦，情绪低落而独自关在房中三天三夜，幸得阿呛努力安慰，狄军才得以重新振作，并再次投入调查工作。在战队所有成员的合作下，成功迫使市政府重开档案，另一方面黑道首领阿KING欲进一步扩展势力，参与副市长的竞选。

阿KING为了阻止战队搜集罪证，派人突击战队，并成功擒获战队中所有女队员，正当他们陷入生死边缘的时候，狄军与趴带将女队员全部拯救出来。经过这次生死关头，让仇施丽明白狄军对她的爱意。而金主和一发在追查期间，发现张Sir之死原来与阿KING的一宗恐怖交易有关。

不知不觉战队已经成立三年，昔日的叛逆青年已经变成如今的智勇警察。他们也在这时候服役期满，当局答应队员这次任务之后不论成败与否都给与20万元奖金以及一个全新的身份，让他们能够重过新生活。队长狄军对于队员即将离开万般不舍得。而战队这个最后的任务是调查艾智药厂涉嫌制造可怕病毒散播社区，目的是使市民染病之后，再推出疫苗做独家生意。战队临危受命，个人施展浑身解数乔装进入药厂，搜索罪证，而整个调查过程竟然出奇的顺利，令每个人喜出望外。

经过重重波折，仇施丽终于和狄军在一起。而另一方面战队成员调查药厂已经进入之后阶段，并打算一举成擒幕后主脑。可是阿呛失手被擒，幸好战队队员及时出手相助，并成功取得CA-6病毒证据。不过，在行动期间队员误将载有病毒的试管打破，并不知不觉感染病毒。保安科署长在得知队员感染病毒之后，竟然下了格杀令，誓言消灭叛逆战队。

一直背后支持叛逆战队的保安科副署长竟然是艾智药厂的幕后老板。副署长为了怕叛逆战队识破阴谋，于是把格杀令的责任嫁祸给仇施丽，目的是让战队里的成员转移调查视线，制造分歧。另一方面G点被警方拘捕之后，一直困在医院里饱受病毒及爱滋的折磨，趴带为了解救爱人G点，遭到警方乱抢杀死，同时G点也在此时病发身亡。

狄军为了证实战队被追杀事件是否属实，便决定寻找仇施丽。可是副署长以仇施丽的小女儿小琴作为人质，仇施丽无奈下承认所有罪名，狄军因此大受打击，失去理性。幸好凭着仇施丽的机智终于逃脱副署长的控制，向狄军说明真相。但被副署长误导的阿呛却以为仇施丽下了格杀令，一怒之下枪杀了她。