惠琼为了逃避与张基浩的婚约，决定暂时藏在修道院，但是因为院长觉得很不方便，所以一直不肯答应，最后在惠琼百般哀求以及无条件帮忙整顿图书馆书本的情形下，才得以藏在修道院里。后来跟栋基联络上之后相约见面，却差点被真哲的手下开车撞死，因次惠琼写了一封信让栋基转交给会长，并让他告知自己目前处于危险的状况。栋基一直怀疑这所有的事都和真哲有关，因此将自己的疑惑告诉会长，但会长不相信真哲会这么做，他觉得可能真哲也被蒙在鼓里。而栋基为了保护惠琼的安危，假扮修士进入修道院里……

栋基为了保护惠琼的安危，假扮修士进入修道院里，但是米迦勒一直不厌其烦的找他谈论”耶稣的苦难”这本书，害的栋基非常苦恼。惠琼和米迦勒一起负责整顿图书馆，因此米迦勒为了压抑对惠琼的好感，故意对惠琼所做的事置至不理，也对惠琼非常严格，但是约瑟知道米迦勒的心因为惠琼在苦恼，所以想让惠琼尽快离开修道院，而且还故意将惠琼关在图书馆，但是他没想到米迦勒也在图书馆里……

真哲抓住了浩泰和神父，严刑拷打他们说出惠琼和栋基的下落。惠琼因为被关在图书馆里而没有去付栋基之约，栋基以为她被抓走了到处去找她。惠琼和米迦勒两人靠着对方，在图书馆里渡过了一夜。米迦勒由于前晚与惠琼一起被锁在修道院图书馆里的缘故，对惠琼产生一种爱恋，终究演变成要离开修道院，惠琼也渐渐发现自己的内心也慢慢地接受了米迦勒，但是她不想米迦勒被卷入纷争中，告诉米迦勒一切到此为止。裴真哲终于露出真面目，不但把夏会长气得住院，更占据了夏会长所有的一切，管家通知栋基事情有异，栋基马上带着惠琼离开修道院……

栋基和惠琼两人知道会长被软禁在医院，不顾一切去医院救出会长和管家。裴真哲的手下到了修道院找不到惠琼，干脆把米迦勒抓了回去，和小云浩泰关在一起。栋基和惠琼救出会长之后，惠琼交代栋基把会长带去修到院养病，自己责单枪匹马去找真哲，真哲为了完成Y项目不惜一切强迫惠琼嫁给张基浩，惠琼为了救小云浩泰以及米迦勒以自己为人质。栋基在千钧一发之际藉由米迦勒的帮助把惠琼救出来，惠琼一心想陪会长也鼓励会长离开组织重新做人，一起过着平凡的生活，而李栋基却一心想重回组织报仇，因此与惠琼发生口角……

李栋基因为惠琼表达对米迦勒的好感，而对米迦勒修士的敌意越来越深。李栋基为了挽回夏会长与惠琼的心，单枪匹马闯入裴真哲的家取得重要文件，把文件交给浩泰后，自己被裴真哲的手下抓到。米迦勒修士终于下定决心离开修道院，重新展开新的人生，惠琼百般劝阻，希望米迦勒不要为了自己而舍弃上帝，但是米迦勒爱惠琼的心意已决，毅然决然离开修道院……

李栋基被裴真哲抓走，惠琼为了救李栋基支身前往裴真哲处，夏惠琼为了救李栋基被张基浩捆绑双手受污辱，刘浩民不顾危险前往裴真哲办公室，成功的救出夏惠琼与李栋基。李栋基因为未能亲自救出夏惠琼而是被情敌刘浩民救出而非常内疚自责，因此决定离开夏惠琼，从此过着逃避现实自暴自弃的生活。刘浩民离开了修道院，加入了大豆油开发研究团队……