標記之謎同年畢業的數名學生連續在森林裡被奇怪地殺害，並且他們的背上都有相同的標記。聯邦調查局探員摩特和他的新搭檔史高莉被派去調查這類被稱為X檔案的案件。經過一番調查後，發現凶手原來是有同樣標記的植物入比利。當比利要殺害最後一個有標記的泰瑞莎時，一片強光晃過，他們背上的標記都消失了，一切都恢復了正常。

新型武器在艾倫斯空軍基地的附近，住著許多飛碟迷，他們認為在這裡經常能夠觀察到飛碟的行蹤。摩特和史高莉接到報案說參加過秘密飛行計劃的布達哈斯上校被軍方帶走後失蹤了四個月。摩持懷疑回來後的布達哈斯被洗去了部分記憶，於是想去調查其中的真偽。然而在摩特終於了解真相後，他發現自己也被洗去了部分記憶。

變形人城裡連續發生四起命案。摩特和史高莉發現這些命案與30年代和60年代發生的連續殺人案在作案手法上同出一轍，死者的肝髒部被掏走了。他們懷疑這些都是一個名叫杜溫的人乾的，並且認為他是20世紀基因突變人種。他每沈睡30年後就要吃掉5個人的肝髒以作為下一次沈睡的營養給養。當杜溫將魔爪伸向最後一個獵物—史高莉時，被摩特和史高莉當場抓獲。

叢林惡魔在新澤西的叢林裡，人們發現了一具被吃掉腿的男屍，屍體上的齒痕屬於人類。摩特和史高莉發現50年前這裡曾發生過相同的命案。不久後，又有人在叢林中發現一具長發男屍，被確認是野人，死亡時間為6至8個月。摩特認為他們現在要找的叢林惡魔是個女性野人。在摩特就要活捉到野人時，當地警方將野人射殺，因為他們不願將此事公布於眾。

智能殺手歐瑞斯公司的總裁在公司大廈中觸電身亡，摩特的前搭檔傑瑞克也在調查過程中在大樓裡墜梯喪命，這一切表明大樓的中央控制系統發生了故障。開始摩特和史高莉懷疑這一切都是系統的設計師布萊克所為，但經過深入調查，他們終於發現凶手卻是系統本身。原來它已成為一部殺人機器，設計者最終用病毒殺死了自己的『傑作』。

極地之旅在極地考察站中，冰點計劃小組成員全部因互相殘殺致死。摩特和史高莉奉命前往調查；隨行的還有三位科學家和一名向導。到達出事地點後，他們發現死者的體內都有一種不知名的可以讓人產生極強暴力傾向的寄生蟲。這種寄生蟲可能是被隕石帶到極地的不名生物。隨行中的貝爾和莫非因寄生蟲相繼死去；而剛染上寄生蟲的達西娃被隔離起來，直到確認她不會傳染為止。