Jack计划Eureka举办棒球联盟但一个不知名隐形物体撞上了一位妇女汽车随後附近发现了一具严重毁坏男性尸体迫使Jack不得不中断自己计划这个男人受伤面积很大不可能纯粹撞车事故造成皮下发现生物芯片表明Global Dynamics一名雇员因为这个发现Stark博士将Jack"请"出了这个案子并宣称这研究机构内部问题除非Jack能证明有犯罪行为存否则永远也不会知道这个人怎么死

Jack、Lupo和Henry执着地调查着Stark手下人没有注意细节们最终证实死者必须以每小时558英里速度奔跑才能撞成现这个样子这太不可思议了但这Eureka什么怪事都可能发生Jack猜想可能死者吃过什么药物而Henry也证实这个人使用过某种加快新陈代谢东西

Jack来到Global Dynamics自助餐厅遇到了一群来自第五区研究员狂吃着数量巨大食物和饮料这表明们新陈代谢不合逻辑地被提高了随後Fargo冲进来脚步快得惊人叫了一大堆就超级巨人也吃不下食物Fargo承认自己服用某种药物後获得了新能力这些药物从第五区研究人员那里偷来

现有足够证据表明存犯罪Allison于命令Stark把案件移交给Jack处理Jack做第一件事就把第五区那些人锁起来"戒毒"然後自己回家睡个好觉但当Zoe从学校里带回自己新男朋友Dylan时一个快如闪电入侵者突然冲了进来把屋里弄得一团糟然後墙上留下了鬼画桃胡字迹叫Jack不要插手此事很显然另一个服用药物危险分子已经盯上了Jack

Jack审问了关起来那些人们承认自己从Global Dynamics医学实验中偷了一种高级兴奋剂们冒险改变了这种药物使自己服用後变成了"速度超人"因为们根本没法很短期限里完成五角大楼交办一项重要导弹防御项目死者们中一员因为服药後无法控制自己而发生了悲剧随後们指证Dylan就最初给们提供药物实习医师因为沉迷于这种药物Dylan现对自己、对其人都一个威胁Jack必须要阻止但却想先下手为强……

把自己刁蛮任性女儿Zoe送去学校之前Jack提醒下午去Beverly Barlowe医生那里接受心理治疗

一连串计算机瘫痪事件开始全城蔓延街灯、供热系统甚至农夫们电栅栏全都失效了故障越来越严重甚至变得有些危险

Henry发现一种入侵Eureka主计算机网络诡异病毒引发了此次事件Jack和Allison一致认为颇受争议年轻计算机程序员Callister Raynes始作俑者神秘消失了一段时间後刚刚回到城里Raynes曾协助Stark从事一项高度机密研究但一场无情大火毁掉了一切工作成果很多人都怀疑Raynes故意纵火但Stark坚定不移地替进行辩护这个谜一般年轻人曾因此而离开了小城

副警长Lupo认为Raynes清白但与这个男人有着十分微妙男女关系因此观点或许带有些个人因素尽管不情愿但还得帮助Jack进行调查调查并不顺利因为相关信息不已经毁掉就高度机密更糟糕另一桩不相干犯罪也需要们同时应付：几个月前就Zoe搬到Eureka与父亲同住时偷了一张信用卡来购买车票

Jack恼怒地来到Beverly医生住处却发现Zoe正和Raynes混一起Zoe坚称为了和"日思夜想"父亲住一起才偷窃但Jack根本无心听女儿讲这些不合逻辑"亲情经"愤怒让Zoe感到难受于决定离家出走

就Jack和Zoe争吵发生後不久Stark来到诊所见Raynes突然另一次计算机故障引发了大火Beverly、Raynes和Stark跑了出来Henry带着高科技灭火设备赶到现场Stark和Raynes却乘机溜走了

现可以确认计算机事故由Raynes引起Jack和Allison于追踪来到城中废弃地区一座秘密实验室那里Stark说出了Raynes令人震惊真实身份：原来个具有人工智能原型机器人因为自己秘密已经曝光Raynes逃跑了Jack和Stark想抓住但另一个"逃犯"也加入了行列：Zoe

Taggart使用一种微型机器人当作活体细胞治愈了一条严重受伤狗让亲眼目睹Jack大感震惊但没过多久装瓶子里那些微型机器人神秘地从休眠状态突然醒来跑进了Global Dynamics计算机维修信道它们变得非常暴力不仅杀死了一名计算机工程技术人员而且利用身体里碳元素进行自我复制（Stargate里Replicators？）

Taggart看到刚刚被治愈狗出现走廊里立刻意识到这些微型机器人不仅仅可以自我复制而且可以模仿生物外表形态想警告Stark但这个"大老板"正被自己测试一种人工智能计算机搅得心烦意乱而Allison提出离婚要求更让沮丧不已无暇顾及Taggart所说情况认为不必大惊小怪一个长得很像死去计算机工人家伙随後袭击了Stark把拖进了计算机维修信道

Taggart和Jack带着一种能近距离内让各种机器失效电磁枪开始了搜捕行动们发现了那只变形狗送它上了西天另一个变形Stark企图强吻AllisonAllison大声呼救Jack随即也结果了但更多变形Stark出现了们大摇大摆走上了Eureka街道俨然一支军队

很显然这些微型机器人为了某种目而把注意力集中到了Stark身上Jack和Taggart让人难以忍受狭小计算机维修信道中最终发现了真正Stark已不省人事们弄醒了Stark了解了这些微型机器人古怪行为原因：Stark正测试智能计算机神经系统可能把Stark大脑中信号传送给了正使用相同频率微型机器人使它们依照Stark思维行事甚至包括不为人知野心：征服全世界还有私欲：强吻Allison

现外面有太多充满敌意"野心家Stark"Jack独自一人根本无法应付必须煽动真正Stark产生某种强烈情绪使这些"克隆人"不得不服从从而把它们引诱到指定地点为了拯救世界（得了便宜还卖乖）Jack决定让自己成为这些家伙目标而方法就让真正Stark疯狂地吃自己干醋：吻了Allison

Eureka一个普通夜晚

Henry正忙着为镇上设计一种新蜂窝无线通信系统；Stark一门心思想着第五区神秘人造物空闺寂寞Allison闷得发疯；Jack正试着调解Fargo和邻居Seth Osborne爆发新矛盾：Fargo想要美美地睡上一觉但这个农夫邻居却坚持要用大声而嘈杂音乐来培育新型杂交植物吵得Fargo不得安宁

最後小镇复归沉寂也许太安静了：所有居民夜里都昏死过去第二天早晨众人从怪异睡眠中醒来Jack发现更糟这些朋友和同事们看起来有点不大一样了Lupo变得嘻嘻哈哈而且不负责任；Henry性格暴戾无所事事终日酗酒；Stark对正研究玩意着了魔；Seth和Fargo争执最终演变成暴力冲突当Jack来到Global Dynamics讯问Fargo却卷入了Allison和Stark少有激烈争吵情绪不好Allison一怒之下辞去了工作并且试图勾引Jack上床Jack差点就禁不起诱惑……

现没有任何人可以帮助Jack必须独自一人来调查所有这些古怪行为起因猜想Henry新设蜂窝移动信号发射塔可能会传播某种诱发人们心底深处禁忌想法信号不幸虽然毁掉了发射塔但人们行为变得更糟糕了不久Beverly Barlowe开始通过公众广播系统喋喋不休地诉说心理治疗中所掌握小镇居民私人秘密怒不可遏Allison决定要阻止两个女人打了起来Allison差点开枪击中刚刚赶来Jack

Jack意识到自己可能惟一一个还没有陷入混乱人飞速赶回家里看望女儿值得安慰Zoe尚且相安无事这对父女齐心协力发现了事情端倪：们所住镇上唯一安装有高级空气过滤装置房子昨天夜里过滤器阻挡了大量奇怪花粉这些花粉来自Seth种植新植物Zoe发现它们经过基因变异後一种天然镇静剂但对人大脑也有非常危险副作用Jack必须赶天黑之前毁掉它们以免更多花粉被释放出来这意味着得再次冒险进入那个把Eureka搞成现这样一团糟地方……

Jack对Stark玩弄权术（注：习惯用语pull rank指"利用某人高级职位谋求利益"）、总为自己牟利做法感到极其厌烦（注：习惯用语fed up指"感到厌烦"）决定请几天病假整天不喝啤酒就吃皮萨饼很无聊于叫智能屋子S.A.R.A.H.把所有想去地方一起显示大屏幕上以便好好研究一下

"病假"被Stark、Allison、Beverly、Fargo和Henry相继到访给打断了们都说Jack给们发送了紧急约见声明Jack矢口否认不久S.A.R.A.H.突然锁住前门把所有人困屋内宣称Eureka正面临威胁因为最近Henry曾有意说过自己要搬走而且每个人都争吵不休所有这栋"聪明房子"自作主张地认为小镇快要"完蛋"了

众人意识到S.A.R.A.H.不会轻易放们出去除非们相互之间能够心平气和地消除分歧、稳定情绪就此时刚刚结束一场"油漆枪大战"Lupo和Taggart发现警长房子有些不对劲决定要去一探究竟但S.A.R.A.H.处于一个被复杂防御设施所包围军事碉堡里们绝不可能正面突破只能从迷宫般复杂地下信道里偷偷潜入然後靠们自己感觉来定位房子方位

挫折感开始屋子里蔓延Henry和Stark试图短路S.A.R.A.H.电网一阵电火花闪过之後S.A.R.A.H.主系统出毛病了变得暴力起来－－基础系统中"温和个性"被B.R.A.D.（自动战斗防御系统）所取代这本为军方审问犯人设计Stark此前已经终止了B.R.A.D.项目研究因为人工智能冷酷无情地折磨犯人犯人要么投降要么死亡这太残忍了现这个房子B.R.A.D.系统给自己指派了一个新任务：强迫这些犯人们成为好朋友

B.R.A.D.系统将Jack和Allison锁同一房间里Beverly和Fargo相邻房间里Stark和Henry第三个房间里随後它又制冷又加热几乎让这些可怜虫窒息而死迫于B.R.A.D.压力这三对人勉为其难地达成了一些共识但它要求们更进一步于这些人只好演戏并且Fargo向这座房子宣布们无条件投降

糟糕就B.R.A.D.系统态度变得温和一些时候这些人又开始闹矛盾了B.R.A.D.十分气恼开始抽取屋内所有氧气这些人现唯一希望就地下那些遥不可及地下隧道……Lupo和Taggart还艰难地前进们手里只有游戏用"油漆枪"面对却防御良好、"火力强大"智能对手当然参加这样"战斗"对们来说已经个传奇了但这并不意味着们能够活着通过……

2010年Zoe正庆祝自己毕业Eureka居民们也享受着快乐生活Henry已经娶了心爱女科学家Kim为妻；Carter和Allison也幸福地走到了一起Allison已经怀上了Carter孩子突然Fargo冲进来打断了毕业仪式把Carter和Allison带回Global Dynamics一起解决一个可怕神秘事件：高度机密第五区一个女人尸体嵌墙里被奇怪强辐射烧得面目全非

作为Global Dynamics现任主管Henry宣布尸体DNA已经被辐射严重毁坏无法辨识身份而奇怪辐射就来自Stark那块神秘人造物Stark几年前已经被解雇了那个东西现被安全地保存第五区

Kim想通过DNA重建方式来辨别尸体身份而Allison和Carter则返回了女儿毕业庆典令人感到惊奇Carter那辆本该成为古董2007年老吉普车突然出现大街上险些酿成车祸因为尸体似乎也来自另一个时空Fargo认为唯一解释就：Eureka正经历时空异常现象罪魁祸首就Global Dynamics已经封存多年那台粒子加速器这台可以操纵时间机器从诞生之日起就带来了巨大灾难（参见第一集）

调查中Carter发现Eureka目前只有一个人既有操作机器许可又熟悉相关量子学理论知识那就Henry此时Kim发现了更加令人胆寒事实：那具尸体就自己Kim、Carter、Allison前去质问HenryHenry痛苦地承认了一切说2006年10月Kim帮助Stark从神秘物件中提取核心样本时死于核辐射极度悲伤Henry想方设法取代Stark成为了Global Dynamics主管并获得了操作粒子加速器许可于利用这个机器回到Kim死亡那一天挽救了生命也因此而制造了第二条时间线－－Eureka顺着这条时间线度过了四年但原始时间线仍然没有消亡两条时间线处于竞争状态时空异常现象只会越来越严重最终将撕裂整个时空间

Henry希望Carter冒险回到过去纠正一切但如果Carter成功抹掉了第二条时间线－－也就说将时间调整回2006年和Allison建起这个家将不复存而Kim死将再次令Henry陷入无法自拔痛苦时空异常现象变得越来越具破坏性了Carter、Henry、Kim和Allison必须短暂个人幸福和拯救世界之间作出最终抉择