平安夜在极寒之地俄罗斯，一种病毒被研制成功了……

一个叫做玛雅的女人杀了从神秘组织来的男人，从其手中夺走了病毒，她的目的是在日本引起病毒恐慌。计划的关键词是“血色星期一”。

警察厅成立了秘密调查小组THIRD-i，为了破解间谍留下的暗号，找到在弥代学院高中部就读的高木藤丸，委托他入侵俄罗斯军用电脑。

在大型超市发生的一系列案件，都是恐怖组织引起的伪装恐怖活动。藤丸和THIRD-i的成员发现此次的事件不过是悲剧的序幕。

藤丸到医院去探望妹妹小遥，却发现小遥根本不在病房，只有负责小遥的女医生京子的遗体在现场。

正当藤丸担心不已的时候接到一通电话，那是绑走小遥的男人打来的电话，他威胁藤丸如果想救妹妹，就必须用黑客技术帮忙入侵THIRD-i的系统。

藤丸和音弥看了俄罗斯引起病毒恐怖行动“圣诞虐杀”的录像，怀疑画面中出现的女人就是生物老师折原玛雅。为了确认真伪两人潜入了玛雅家。

玛雅得知藤丸发现了自己的本来面目，对他举起了枪。间不容发之际，THIRD-i的成员赶到，成功就出藤丸等人，并逮捕了玛雅，开始询问恐怖组织的情况。

但无论怎样用刑玛雅都不肯说出实话，向藤丸提出条件，要求他和自己一起前往组织的宣传站。

藤丸、加纳和宝生被玛雅带到了一间没有人的仓库。藤丸向叛徒宝生举起了枪，扣动扳机多次却始终没有子弹射出。

宝生飞快向加纳举枪射击，加纳中枪无法动弹了，藤丸立刻追击玛雅和宝生。藤丸被夺走了USB，THIRD-i本部接到谎报，被通知蜘蛛是加纳。正当THIRD-i一片混乱之际遭到了乱枪扫射，本部地下室的监视器拍下有入侵者的痕迹。

藤丸被玛雅带着去了一家餐厅，并终于得见恐怖集团的首脑J。J更告诉藤丸一个令他难以置信的消息，原来藤丸的爸爸龙之介也早已加入恐怖集团，J试图图说服藤丸也加入他们。

J的说词让藤丸非常难过，突然餐厅内有顾客中毒倒下，围住餐厅的就警察都慌了手脚，反而藤丸冷静异常指出客人都是恐怖集团的人假装的。

藤丸搜查了父亲龙之介慌忙逃走前使用的电脑，于是来到可能有解毒剂的生物研究所。得知消息的同班同学音弥和小葵也坚持要一起前往，三人来到生物研究所，却遇到了同样来取解毒剂的恐怖分子出门。

正当出门想要调虎离山的时候，藤丸已成功用黑客技术侵入建筑大楼的系统，并从监视器里寻找到了持有解毒剂的敷村教授。