邱逢甲为救台湾，请唐景崧宣布台湾独立，并担任‘台湾民主国’大总统，国号永清。

王世祥报官，抓拿武龙入监，而东云阁艺旦云英请辜显荣将武龙救出，辜显荣收留武龙在自己家商行帮忙，并告诉武龙要把握机会出头天。

唐景崧成立台湾民主国后，滥用职权，不分是非，众官纷纷求去。沪尾守军发现日本舰队，却因唐景崧不知用兵，胡乱调度，使日军有机可乘。唐欲任刘永福为副总统，被刘永福拒绝。

秋莲在妓院里拼命接客，希望自己能早日脱离苦海；而素琴却在唐家饱受董继昌的折磨。

日军由澳底抢滩成功，能久亲王带领日军占领三貂岭，邱逢甲要唐景崧调兵驰援基隆，王文杰带义军前往，却见台军与粤军不合。

战事中，文杰中弹受伤，只好带领义军撤退；文杰返家后，王夫人十分心疼，欲劝他退出义军，但文杰坚持要救台湾。

武龙在街上见董继昌当街勒索，便跟踪至妓院，因而意外将秋莲救出并带回辜家。

董继昌整理行李欲逃，王素琴忍无可忍，终于发狂将继昌刺死。邱逢甲到南崁调兵，并要文杰看好唐景崧……。

唐景崧带着夫人准备逃命，却被亲兵发现，唐景崧洒下大把银票，换取性命，并求助美国人摩斯，最后得以安全离开台湾。

百姓得知唐景崧逃走后，人心惶惶，亲兵抢进总统府，并为了抢夺银子，意外将素琴烧死，文杰走在街头时突发现武龙，一路尾随至辜家门口，更意外找到秋莲，文杰问秋莲为何不告而别，秋莲不语，还将文杰赶走，欺骗文杰说，自己已和武龙在一起。

辜显荣引日军进入台北城，日本也顺利占领台北。

邱逢甲怨恨唐景崧，误台湾人民前途，又闻林朝栋率领之团练义勇军已解散，自知无力回天，只好举家迁往厦门；但文杰与钟志儒等人仍奋力与日军作战。

武龙带领日军至王家，并告知王世祥一定会抓到文杰；王世祥夫妇告诉文杰，武龙正在追捕他，要文杰赶快离开台北。

日军成立保良局，并任辜显荣为保良局局长，要他清查百姓，发现可疑份子须立刻举报；而辜显荣与武龙为讨好日本人，便画了新竹、苗栗一带地图，以便日军顺利进攻义民军，导致义民军因此大挫。

武龙得知素琴已死的消息，无助地在云英面前放声大哭，云英心疼，答应武龙让他留宿。

义民军奋力抵抗日军，日军在台湾展开屠杀，刘永福要黑旗军坚守八卦山。文杰在山间遇到武龙，劝武龙放下私怨，共同为台湾打拚，别再当日本人的走狗，武龙告诉文杰素琴已死消息，文杰震惊不已……。

八卦山失陷，吴彭年与吴汤兴皆战死，刘永福痛失爱将，也预知此战不可能打赢。王夫人病重，后悔自己将素琴嫁给董继昌，并交代王老爷，要好好照顾文杰与汉庭。

能久亲王被义民军杀死，日军怕影响军心，全面封锁消息，并倾全力围攻嘉义，刘永福知此役必败，改装逃回唐山，并对日军求降，日军却要刘永福亲至吉野号请罪，刘永福未至，日军继续南下进攻打狗、凤山。

台南众士绅到英国牧师巴克礼家里，写下请愿书并签名画押，委请巴克礼担任信差，送信给日本人，让日本人进城。

武龙对秋莲表白，希望能娶秋莲为妻，秋莲以不知文杰生死为由，断然拒绝。东云阁老鸨劝云英看破红尘，远嫁日本。