宋慈屡破奇案，成为提点刑狱司。慈带同两位怀有身孕的妻子到湖南上任，途中破了一宗命案，竟令两位妻子葬身火海。慈伤痛，辞官归隐，途中遇上暴风雨。县捕快展杰在沙滩发现奄奄一息的慈，将他运到邹子龙负责看守的义庄。替死人化妆的纸扎铺太子女阮玉珠与龙返义庄，见慈拿着菜刀走向一怀孕女尸，以为慈对女尸有不轨企图，原来慈只为女尸接生，救下了女尸腹中活着的胎儿。慈为救被米袋压伤的小朋友而推跌珠，令珠为母亲买燕窝治病的钱被抢走。慈见珠母病重，遂留下来帮手打理纸扎铺生意。慈到妓院收数，见一妓女与嫖客吵架，众人以为是狐狸精作怪。凤与其母遂找龙扮狐狸精上身，以取得在妓院驱妖的生意。事后凤作弄龙，龙气极带慈去揭开客人发狂真相，龙与凤更双双中毒。慈与珠为女尸秀化妆，慈推断出秀不是自杀且怀有身孕，但其父母不信。

珠到衙门欲击鼓为女尸伸冤，为秀父温员外阻止，纠缠间惊动杰，温反指珠意图勒索。珠、慈与温对簿公堂，慈举出疑点，统统被驳回，慈突然头痛，累珠及他被打。慈临急提出要剖秀尸，果证实秀有身孕，并举证说不是自杀而是被谋杀。杰等捕快四出找寻秀所失的玉佩，竟发现龙曾将秀玉佩押给当铺，再加上樵夫对龙不利的证据，龙成为杀秀的嫌疑犯。龙提出不在场证据，说曾见凤，凤却说未见过。杰四出找寻龙曾碰见的美貌拿扇少女，杰终找到阮玉宝，证明樵夫讲大话，龙无罪释放。宝母何淑兰与珠在衙门前争执。

龙向慈讲出珠与宝关系，珠指其母被兰陷害。凤到温府打斋，见温夫人面青唇白说：「救我！」，温砌词说妻忆女成狂。杰请慈再查秀案，却得知温员外私取秀尸，慈等要温员外交还尸体。慈搬出「验尸法则」，成功取回秀尸。慈从秀背上找到伤痕，再得悉秀本不是姓温，决到温府一趟。慈在温员外书房中找到与秀伤痕吻合的武器，杀秀的真凶终于被捕。珠与人争执，慈指珠不应摆出凶恶样，更以自己惨事勉励珠。慈怕珠对自己殷勤，答应捕头展坚之邀，做其忤作。宝知义庄多异乡客尸，假仁假义说要搞斋宴起义冢，得乡绅赞扬。慈突晕倒，诊断出脑有瘀血，需要梅花神针救之，村民筹钱给慈上路找神针传人郡马爷夏侯国栋，栋亦束手无策。珠知粥店老板陈明乃神针传人，求明救慈，终打动他。

慈终醒来，明劝慈不要放弃生命。栋得知慈无碍，猜到谁懂得神针。栋揭穿明本是太医，因落药太重令骁骑大将军死亡而成逃犯。慈决为明洗冤，偷偷开棺验尸，少将军马伯豪与栋突出现，慈与龙被捉。慈被逼公开身分，众不信，豪答允给慈五日时间让他的验尸守则手稿送到衙门作印证。慈奇怪栋为何阻止翻案，众感事件另有别情。杰与坚在驿站遇上送手稿兵士，抢去手稿赶到衙门。明正要为慈落针医病时，栋率众到狱中捉明往处斩，幸手稿至，慈冒头痛写字以证身分。紫霞郡主至，坚称慈乃假冒，幸送稿兵士原来是十皇爷，慈身分得到证实，明终可翻案，但明突然认罪。

慈在验将军尸时发现有芒钉留在尸身，推断有人插赃嫁祸明，真凶终绳之以法。就在处斩时，霞带同紫龙袍往救之，狂风吹起龙袍，真凶最后难逃天谴。慈留在松山县担任提点刑狱司，珠为替慈取回其妻的玉佩而与宝冲突，凤更间接令宝面部受伤。宝告上衙门，凤被逼入狱三日候判。慈指自己心如止水，叫珠不必对自己太好。宝着龙引见慈，并归还玉佩，慈代凤向宝求情。公堂上，宝要求凤赔偿一百两。斋宴上凤提出以卖头发筹赔偿金，慈带头捐钱及富翁关万福支持，凤终可赔偿宝。关府发生侍婢跌落井命案，慈调查证实关夫人诬蔑侍婢偷珠钗，侍婢看不开寻死。

杰母吕氏欲撮合珠与杰，令杰不自然。妓女如梦替凤解围，令凤不被嫖客留难，杰看在眼里，觉梦有情有义。宝落选秀女选举，龙以为宝欲跳崖轻生，连忙阻止。宝叫龙拜慈为师，学习验尸技巧。龙在众人前拜慈为师，慈初拒，后要求如有命案龙就要在慈面前验尸。龙第一次验尸不但迟到，更破坏现场证据及错漏百出，慈拒绝收龙为徒，宝得知即嫌弃龙。宝遇福，福被其天使面孔吸引。吕向龙打探珠的过去，慈在旁大赞珠，龙质问慈为何要撮合杰与珠。凤欲开食店但苦无资本，得梦相助。宝为钱决嫁给福为平妻，更在龙面前撒谎说为父还债，龙苦劝无效更被打伤。