正在准备复仇计划的贤俊，不幸被日本内阁调查室擒获接受调查，作为重获自由的条件，他答应去暗杀伊藤正之，在行动成功后他消失了。总统秘密的招待北韩高层访韩，处于计划外的NSS，后知后觉明白了其中的原因。正打算回到韩国的贤俊，接到一个向其索要洪丞龙遗物的神秘电话……

按照日本内阁调查室的要求，贤俊暗杀成功并逃了出来，通过BIG绑架优纪的行动，贤俊得知洪丞龙项链的重要性并收了起来。另一方面总统，在NSS完全不知情的情况下，秘密的邀请北韩护卫部门的核心人物访韩并进行会谈，贤俊和善华在洪丞龙留下的资料中得知了IRIS，并发现白山也是其中一员。两人打算赶赴中国上海于朴哲荣见面。

通过洪丞龙的项链，贤俊和善华对白山和IRIS有了初步的了解，后赶赴中国与哲荣见面，并成为哲荣恐怖集团的一员，向韩国挺进。即使发现恐怖行为的NSS和思宇，开始了一系列的追击活动。思宇发现了贤俊留在自己家里的痕迹，他渐渐的感到这次的恐怖集团可能与贤俊有关。

通过散步虚假情报，恐怖集团将思宇和全部战斗力转移，随后侵入到了NSS内部。不久后到达NSS的胜熙，与恐怖集团展开了奋战，并与蒙面的贤俊相遇。

以为胜熙已经死亡的贤俊，再一次见到胜熙，十分惊愕。贤俊打开了从NSS盗取的白山的机密资料，从中得知了自己的父母是被白山所害的事实。另一方面，在得知恐怖分子的大本营后，哲荣拿着一个不明的手提箱造访“在首尔市正中央，将会发生一件你意想不到的事……”

为了了解自己的过去，贤俊再次拜访神父，不料晚了一步。一直和贤俊通话的“声音”，向贤俊讲述了其父母的过去，并劝服贤俊竭力阻止即将在首尔发生的核恐怖活动。总统不顾核恐怖活动的威胁，执意照常举行会谈。思宇用尽方法阻碍NSS搜索恐怖分子。