空军一号上的一名海军上尉在和总统共进晚餐之后突然中毒身亡。海军罪案调查处（NCIS）的盖布斯奉命来调查死因，和特勤处总统的保镖凯特·托德合作。FBI、CIA等机构在空军一号上各执一词，混乱不堪，盖布斯带着他的得力助手托尼、马拉德医生趁乱抢得先机，开始全面调查。在调查过程中发现，根本不会凶手有机会在总统的食物里下毒，所以死去的上尉很可能早就中了毒。正当事情一筹莫展，大家互相猜疑的时候，又有一名海军上尉在自己的车里死去，他还有一个身份是凯特·托德的男友……

因为违反规定和自己的同事约会，凯特·托德从特勤处辞职，盖布斯将其招募到了海军罪案调查处。

一名海军陆战队士兵的尸体突然从天而降，穿透了一辆越野车的车顶。盖布斯带着部下来到现场，发现这个死去的士兵的降落伞拉绳被人烧断了，凶手很可能是他一起跳伞的战友，他们没收了伞兵的降落伞包，能够在跳伞前接触到这些伞包的一共有三个人，托尼奉命和伞兵一起跳伞……

一辆无人驾驶的快艇冲上了迈阿密海滩，一群正在野营的人被冲散，一名海军军官的尸体被发现。盖布斯带着凯特和托尼来到现场，发现现场已经被破坏，而在不远处还有另一具尸体，身上携带着整整一包假钞。经过调查发现和国际贩毒集团有关，可是随着调查的深入，发现这只是障眼法，真正的目标是供电塔……

一伙潜水的年轻人在珊瑚礁附近发现了一具穿戴整齐的海军尸体，他的腰上缀着沉重的铁快。尸体很快得到确认，是个十九岁的新兵，在一艘从波多黎各开来的军舰上服役。盖布斯带着凯特和托尼来到军舰调查，得知船员间盛行玩网上杀人游戏，艾比得到代码进入这个游戏，得到了这个新兵的网络日记，而托尼在波多黎各的调查发现了更大的秘密，械斗已经从虚拟走进现实，这个新兵混淆了现实和虚拟的界限……

一个猎人在马里兰的国家公园打猎，发现了一个废弃的弹壳，里面有一具已经成了木乃伊的海军中尉。经过调查，这个名叫休斯的中尉是个卷走120万海军军费的不名誉的嫌疑犯，但是她的妻子不相信，他们的女儿也因为父亲的丑闻得不到大学基金。当时指认休斯的两个同伴一个回到了墨西哥，一个中了奖卷成了富婆，可是当时的审讯充满了疑点，休斯在失踪的那个时间正在给医院里的妻子打电话……

一个海军士兵休假期间在酒吧发狂，海军怀疑他吸毒可是没有任何证据，接着在他服役的罗斯福航空母舰上又陆续发生海军发狂事件，盖布斯受以前的下属斯坦邀请前来调查，托尼面对盖布斯对斯坦的欣赏很是嫉妒。凯特和托尼在航空母舰上总是迷路，舰上的监视录像和海员的行为也没有任何异常，直到在士兵床位悬梯上发现了咖啡因粉末，士兵们都随身携带咖啡因胶囊，为什么洒的到处都是？而船员发狂的迹象是安非他明中毒……