在Bennett的记忆中Caroline曾丢下重伤的她独自逃命，Bennett为此百般折磨Echo，还对Echo输入了Caroline丢下自己逃命的记忆。Adelle与Topher来到华盛顿玩偶之家要求归还Echo，Bennett却放走了Perrin与Echo，并控制Perrin追杀Echo。Topher最终发现真相阻止了Bennett的复仇计划，Perrin被华盛顿玩偶之家回收，并出席听证会表明Rossum公司的清白。Echo摆脱了玩偶之家的追踪，Madeline却又成为华盛顿玩偶之家的玩偶。

3个月后，Echo与Paul住在一起，人格已经更加完善。Echo帮助了一个因为自己惹上麻烦的西班牙女孩越狱。在洛杉矶，Adelle的地位却陷入危机，玩偶之家被她的上司Harding接管。推测出Rossum公司在计划研发一种能给任何人洗脑的设备的Topher，设计出了图纸。Adelle为了重新掌管洛杉矶玩偶之家，将图纸交给了Harding。因为Echo受多人记忆共存的影响头痛愈加剧烈，Paul带Echo回到洛杉矶玩偶之家接受治疗，Adelle却下令将Echo隔离观察。

Alpha再次归来，这次的目标是杀尽与Echo约会过的所有客户，所有人都认定Joel Mynor是下一个目标将他保护起来，然而Alpha的真正目标竟然是Paul。Alpha为了知道Echo会爱上Paul的理由扫描了Paul的大脑，却造成Paul脑死亡，于是将Paul的印记植入给了自己。Echo与Alpha展开殊死搏斗，Paul通过Alpha的身体向Echo传达杀死自己的请求，下不了手的Echo只能眼看着Alpha再次逃走。玩偶之家的仪器维持着Paul的生命，Echo要Paul为她活下去。

Victor与玩偶之家的合约期满回到了现实生活，然而Rossum公司又使他陷入另一个秘密组织。Boyd隐瞒着Adelle派Echo与Sierra救出了Victor。Adelle却将Echo、Sierra、Victor关进了阁楼。

Echo在Dominic的帮助下找到了Victor与Sierra，探得Rossum公司的秘密，并与Victor、Sierra逃出了阁楼。Topher在Ivy的启发下终于令Paul苏醒。Adelle决定反抗Rossum公司。

为了知道Rossum公司创始人的身份Echo必须取回Caroline的记忆，然而贮存着Caroline印记的存储器却不翼而飞，只剩下过去被Alpha破坏的备份存储器。为了修复Caroline印记，Paul与Victor潜入华盛顿玩偶之家绑架了Bennett。Adelle下达了封锁玩偶之家的命令，Echo要Victor带着Sierra离开。归来的Claire却成为Rossum公司的潜伏者，为了阻止Caroline的印记被修复杀死了Bennett。Topher接替Bennett的工作修复了存储器，得到Caroline记忆的Echo却发现Rossum公司创始人是Boyd……