证圣元年（公元695年）大周皇帝武则天设宴赏花，席间提及前夜有一梦，见一盘鲜果而读取香梨，一分为二，又不取而食之，魏王武承嗣解为“分离”，喻指秦妃、楚妃与庐陵王的夫妻分离，而狄仁杰之幼子狄景辉解为“梨开见籽”暗喻团聚。其后，武则天命众人以花为题作诗，武延明道出女皇所作之诗颂扬其威，获赏曹月为皇上新造的指环。因仲春降雪，众人正转入殿内再赏之，突然秦妃晕倒，孙太医报其已有四月身孕，仁杰感疑。十四年前，中宗李显因一时戏言而被废为庐陵王放逐房州，狄仁杰多年为令其回朝等待时机。翌日，于池中发现秦妃浮尸，狄仁杰凭经验判断其为谋杀，武则天命其彻查，魏王借机荐武延明将军负责以克制仁杰，以求立功；仁杰之女青鸾主动请缨。众人于百花亭发现线索；因武延德在案发当晚当值见一人像其兄故问之，其否认，恰逢魏王与颜妃经过，后质问延明，其道出实情……青鸾欲见秦妃丫鬟翠莲，延明阻拦，上官婉儿出面带走翠莲，询问后觉事有蹊跷，找仁杰商量。后请陛下让孙太医出宫为其母诊病，怀疑其为秦妃诊脉时言有不实；仁杰与青鸾再到百花亭调查，获悉重要线索……

因两妃争宠，秦妃之死楚妃嫌疑最大，众人前来其寝宫问话，她激动地否认，更赶走众人。夜晚，武延明到楚妃寝宫将其打晕，更把她扮成上吊畏罪自杀，幸狄仁杰与青鸾及时赶到，命人通知上官学士的同时，更追至魏王府缉拿真凶，而魏王护子，双方更大打出手，此时，上官婉儿携圣旨到来，命众人即刻上朝面圣。原来武大将军与秦妃私通，更怀有孽种，而秦妃拒绝滑胎，两人更起争执，延明杀人灭口。魏王求情，但武皇终大义灭亲，因此气结，状告狄仁杰在办案中无视武皇天威，仁杰被贬洛州长史，更罚俸半年；因延明之死，魏王与狄仁杰结下深仇。仁杰上任之初，魏王前来显威；面对鸡毛蒜皮的案件，仁杰凭借智慧轻松解决。青鸾来到赌坊，偶遇宋亭玉，更被其捉弄，后遇官兵查赌，二人更大打出手。上官婉儿代陛下体察名情，途中偶遇亭玉，亭玉对婉儿颇有好感。

狄太夫人和狄夫人带青鸾到庙里相亲，青鸾让其弟光远打探消息，事有凑巧，亭玉与母前来祈福，青鸾误会他便是相亲对象，青鸾再被戏弄，甚是狼狈，令太夫人大怒，然而她把气转在仁杰身上，罚他长跪。青鸾扮观音行街，又逢亭玉戏弄，出尽洋相，太夫人见后气结，命其女红。狄仁杰让光远报考武举，还命青鸾帮其练功，以解其困。武皇命婉儿下旨命庐陵王回京，魏王等人伺机而动，原来一直以来他都旨在皇位，更计划前去杀庐陵王，延德一直都不被魏王器重，在颜妃帮助下，终说服魏王给其机会。亭玉报考武举，素娥坚决反对，两人立誓：如果亭玉中举，素娥则立马结束生意，改做正行；如果亭玉不能中举，则继承赌坊妓院。另一方面，光远得太夫人相护，设局借伤得以逃脱武举试。亭玉一路过关斩将，得以赐告身，然而梁王揭发其家世，不符资格，幸得上官婉儿和狄仁杰出言相助得赐告身，素娥不得不遵守诺言。狄夫人曹月偶遇其父，然而两人关系极其恶劣，其后母更出言不逊。原来十年前曹月的相公因她被强盗玷污，休妻更将其赶回娘家，其父命其以死明节，其不肯，更被逐出家门。

幸得狄仁杰收留，其原配夫人临死前撮合二人，狄家上下相亲和睦。宋亭玉进入洛州衙门任职校尉，此时，押送回京的高句丽国贡金被偷龙转凤，狄仁杰下令设置关卡，众人展开调查。因失窃一案武皇大怒，收押押送贡金官兵入罪，曹月二弟曹汉亦在其中，为救妻弟，仁杰全力查案；曹父更登门拜访求情。贡金失窃当晚，官兵因为裴大人庆祝生辰，令盗贼有可乘之机，正当狄仁杰求情之际，宫中传来消息：庐陵王命丧火中，武皇一怒之下下令处决众官兵。京中再起命案，发现盗金贼中四人尸体，从而找到失窃案的新线索。但朝堂之上魏王为泄杀子之恨，处处与狄仁杰作对，更逼得陛下将失窃案交由其代为处理。狄仁杰从狄太夫人伤口发现重大线索，从而怀疑净土寺住持，亭玉与青鸾前往调查，成功抓回主犯，但不肯供出贡金所在。魏王不肯押后行刑，众人全力寻找贡金不果。

终于狄仁杰一行人找到了贡金，但已是午时了。魏王为报杀子之仇，尽要求提前行刑，在这危急时刻狄阻止了行刑，于是武则天判净土寺住持死罪，而曹汉一行人被流放，曹月也因这件事而与父亲和继母和好。亭玉与青鸾在大街上发现素娥在向赌坊要债，便抓她去了衙门，亭玉因在衙门当众打了自己的母亲而和素娥吵架，韦妃被皇帝召入宫中，并询问了当日庐陵王葬生火海的经过，韦妃请求到净土寺为庐陵王祈福，而亭玉因婉儿陪韦妃在净土寺中祈福，便以保护韦妃为由留在了那里，没想到韦妃竟在寺中想上吊随庐陵王而去，幸得亭玉相救，武则天听闻韦妃寻死，怒气冲冲的给了她一巴掌，要她以后没有得到她的允许不得求死。武则天因深感宫廷的宫女不会武功而不能防患于未然，便叫青鸾教宫女们武功，更甚至叫婉儿学，但婉儿因小时候学武功而受伤，所以对学武功十分恐惧，青鸾一不小心用剑划破了婉儿的手……

武则天封青鸾为都尉，正在街上巡视的青鸾和亭玉看见素娥偷偷的进了一家店铺，在店铺外他们听到关于赌博的日常用语，亭玉以为素娥又是本性难移，就和青鸾冲了进去，结果素娥是为了治被儿子打在屁股上的瘀血而到这里进行推拿的，这件事让母子二人争吵不断。狄带领百姓一起清扫大街，因素娥怨恨狄所以百般刁难，结果让百姓给痛骂了一顿。亭玉看见婉儿在街上体察民情，为现殷勤亭玉请婉儿吃牛腩面，但婉儿为让亭玉断绝这种想法，说自己喜欢的是延德，延德和青鸾恰巧听到，其实延德早已爱上了婉儿，只是一直不敢表白，婉儿向延德道歉因自己而借延德，让延德不要误会。因有热瘟，武则天听取魏王的话带着皇室宗族暂离东都，留下狄来防止热瘟，并封锁东都以防热瘟扩散，韦妃请求留在东都，武则天允许了。魏王为陷狄于不义，让延德和梁王内外联合，分别囤积大批的赤术、青龙、麻黄，使狄无药治愈热瘟。狄在帮助百姓时，发现了庐陵王，庐陵王在净土寺中与韦妃重逢，韦妃又惊又喜，但狄的突然来到使庐陵王不知所措，只好百般隐瞒身份，狄为使他承认自己的身份，把他请到自己的家里做客，不巧曹月为给儿子买糖藕而染上了热瘟。