平安夜，在极寒之地的俄罗斯，一笔病毒交易成交了。

神秘女子玛雅从走私团伙的一男子处，得到了杀人病毒。而这病毒的用途，则是为了在日本制造一场病毒恐怖事件。该计划代号“BOOLDY MONDAY（血色星期一）”。血洗俄罗斯小镇后，玛雅回到日本，枪杀了一路追踪自己的俄罗斯谍报人员，便消失了踪迹。

高木藤丸是就读于弥代学院高中部的一名普通学生。表面上看来他与一般人无异，但其实暗地里，他却是曾经让日本警方也非常头疼的超级天才黑客，代号“猎鹰”。

日本方面负责病毒事件的警察厅秘密部队“Third-I”为了破解谍报人员所留下的暗号，无奈之下向藤丸求助。藤丸万分不情愿，但最终还是妥协答应帮忙。经过一场苦战，藤丸还是顺利地从数据库下下载到了一个文件，并顺利逃出。

而在学校里，藤丸瞒着所有人，通过高超的黑客技巧，揭露了一个男老师的恶行。这个老师因此而被解雇了。代替他的，是一位名叫折原玛雅的美丽女老师。虽然藤丸装的若无其事，但他的好友九条音弥却对此有所察觉。

在购物广场发生的一连窜事件，结果被证实不过是恐怖分子放出的一个烟雾弹。在千钧一发之际，多亏藤丸及时告诉大家病毒是假，才阻止了一场惨剧的发生。但他们通过这一事件也清楚地认识到，这不过是恐怖分子一系列犯罪的一次预演。真正的悲剧才揭开幕布而已。

藤丸好不容易从困境中脱身，便立刻赶往医院看望妹妹遥。可他赶到医院，却发现，一直给妹妹看病的女医生京子已经被人杀害了。原本躺在她身边的遥更是不知去向。就在藤丸感到惊慌失措的时候。电话响了。是把遥绑走的男子打来的。他威胁藤丸，如果想要救自己的妹妹，就入侵THIRD-i的数据库。按照电话指示终于找到妹妹的藤丸，惊恐地发现遥的身上被人安装了遥控炸弹。别无选择的藤丸最终还是答应了恐怖分子的要求，开始了对THIRD-i数据库的黑客行为。

另一方面，恐怖分子还给THIRD-i本部发去了联络，告诉他们“已经给某位女性送去了真正的病毒”。终于，恐怖分子的的魔手伸向了普通市民。而警方和藤丸所要面对的，还有恐怖分子集团设下的重重陷阱。而藤丸就读学校的生物老师，折原玛雅也逐渐露出了本性。

藤丸和音弥怀疑，在俄罗斯发生的病毒恐怖主义事件：“圣诞节的虐杀”的录像中所出现的神秘女子，就是他们学校新来的生物老师折原玛雅。为了确认这个推测的真伪，两人结伴潜入了玛雅老师的公寓。音弥负责把玛雅老师骗出去，而藤丸则设计再次潜入她的公寓，找到了暗房里的电脑并将数据拷贝下来。但玛雅也意识到事情有变而赶回家来。终于露出真面目的玛雅掏出手枪对准了藤丸。就在千钧一发之际，THIRD-i的狙击手射中了玛雅，救下了藤丸。

THIRD-i逮捕了玛雅，并对她实施了严苛的拷问。但玛雅却完全不屈服，完全没有招供的意思。但是她提出，如果带藤丸跟着同行，她可以带着他们去他们的老巢。

藤丸和加纳，宝生一起上了车，与玛雅前往他们的根据地。结果在路上，玛雅又说出了让大家非常惊讶的话：同车的人里有他们的同伴。究竟谁才是那个叛徒！？藤丸究竟该相信谁？车里的空气凝重而不安起来。而玛雅坚持把藤丸带去基地的目的又是什么？ 与此同时，一个神秘的男人正在向藤丸等人靠近。

藤丸给大家发短信，利用藏头文告诉大家，宝生才是那个叛徒。而他们一行人，也被玛雅给带到了一个没有人烟的仓库附近。宝生做出将玛雅拷住的假象，其实并没有锁上。藤丸虽然用枪对准了宝生，但却怎么也下不了手开枪。宝生开枪射中了加纳，而另一把枪则落入了重获自由的玛雅手上。而藤丸不但手上没有了枪，反而为人所制，还被抢走了USB。并被迫向THIRD-i本部放出了“加纳是奸细”的假消息。之后她还开枪击倒了藤丸。

THIRD-i本部接到藤丸发出的消息，立刻信以为真，放松了对宝生注意。而宝生就趁机返回本部，入侵了地下室并留下了病毒。她试图利用地下室的空调设备，将病毒通过换气传播进整个THIRD-i本部。

而THIRD-i本部的监视人员终于发现情况不对。雾岛的未婚妻沙织为了确认情况而跑去了地下室。虽然及时地阻止了病毒通过空调在本部扩散的危险，但沙织却被感染上了病毒。雾岛为此而受到了极大的冲击。

而藤丸，则在玛雅的诱导下，见到了病毒恐怖分子的主脑人物，“J”。