妖道王九思溜出真人府，前往秘密居住地，欲对禁锢在这里的玉娘非礼，王篆适时赶来。抓住王九思救下玉娘。

在高拱等大臣的劝说下，十一岁的太子朱翊钧登上帝位，是为万历皇帝。

新皇上登基后，在两宫太后的主持下，将司礼监掌印太监孟冲撤换，而让冯保接任。中旨传到内阁，高拱雷霆大怒，当即召聚六科言官商议弹劾冯保。

冯保亦想趁机扳倒高拱，听说张居政抓到王九思后，双方都逼着张居正把人交出来。都想借王九思扳倒对方。一时间，复杂而尖锐的斗争在三个人之间展开。

由张居正主持的谳审王九思的大案开始，王九思按冯保事先布置的口供，一口咬定自己是受高拱命令为皇上炼制丹药。张居正即时停审，并跑到天寿山视察隆庆皇帝的陵寝工程。

在天寿山中，张居正见到阔别二十多年的朋友何心隐，两人秉烛夜谈如何拨乱反正，救亡图存。

王纂依冯保之意，赶往天寿山与张居正会面。

王纂向张居正传达冯保之意，希望张居正回京城并合力搬倒高拱。

而在京城，高拱已议定弹劾冯保的奏章，言官们敲响登闻鼓递进奏疏。高拱的心腹大臣魏廷山等害怕冯保与张居正结盟，一齐跪到张大学士府，要求会见称病不出的张居正。

弹劾冯保的奏章送进大内之后，百官等待消息。第二天，新皇上突然取消早朝，而让太监在会极门宣布，撤去高拱首辅职务，即刻出京不得停留。张居正继任首辅职务。

张居正、冯保上任后，李贵妃和陈皇后共同晋升为太后。

就在高拱仓惶出京之际，冯保仍想借王九思一案将高拱致于死地。朝中一些大臣闻讯，纷纷找到张居正替高拱求情。张居正有心保护高拱，却又不能得罪冯保，正在苦想对策时，王篆又来禀报，玉娘一心想皈依佛门，已送往观音庵。

张居正指使王篆给王九思下药，让其变成哑巴，开堂谳审之日，王九思无法指控高拱，一场危机化解，王九思被绑赴刑场斩首。

广西方面，殷正茂剿匪胜利，张居正建议让殷正茂亲来北京献俘。

朝廷局面刚刚好转，但新任户部尚书王国光告诉张居正国库告罄。万般无奈，张居正只好用胡椒苏木折俸解决两京官员的月薪。

在储济仓发放胡椒苏木时，乾清宫太监邱得用的外甥章大郎带头闹事，与户部观政金学曾发生冲突，储济仓大使王菘被章大郎失手打死。

巡城御史王篆按张居正的吩咐，设计逮捕了章大郎。

但胡椒苏木的风波仍在扩大，许多官员有怨气，特别是老国丈李伟和老附马爷许从成两人，更是寻衅闹事，李伟还嚷着要将花园改成菜地以要挟皇上。

邱得用对张居正更是怀恨在心，为了实施报复和营救章大郎，他一面讨好冯保，一面又与寥公公计议，秘密诱拐玉娘。

玉娘被拐入“侍翠楼”妓院，锁在后院。鸨母夏婆为巴结巡警铺档头将二旺，竟把他放在玉娘房间。玉娘拼死抵抗，适逢王篆率兵巡查，侦得此事，再次将玉娘解救。