珍爱榕之情感动了青，青不再执着，将药方交出，并穿针引线，叫藏收珍为徒。青与珍从此以师兄妹相称。榕病愈后，娇没有让她打理家务，榕无所事事，找喜教授自己厨艺。疫症爆发，村民争相购药。珍要求荆王和林知县拨款来赠医施药，同时公布疫情。林知县不欲事件给张扬，以免为朝廷怪罪，故不惜牺牲村民的性命来自保，引致疫情一发不可收拾。宪在濒湖实习，他向荆王自荐到惠民药局医治村民。疫情告急，珍在城门外设置临时检疫站；村民争相检疫，引发集体殴斗。宪见珍对抗疫的热诚，愿协助珍与村民共渡难关；珍成为抗疫英雄。

珍将染病的村民集中在山上医治，青、闻等共同协助。抗疫期间，青与珍共同研究药方，二人志同道合，青对珍的爱火重燃。榕弄来美食慰劳各人，娇才发现她秘密学习厨艺。宪向高官筹款，将款项用作购买名贵药材给病人调理身体，珍感激。珍从藏身上得到启发，研制出蒸醋消毒法。无良奸商售卖假药，珍将他们逐一驱赶。病人得到珍及青等的治理后渐渐康复。珍操劳过度，染上疫症。榕得知珍染病，担心不已。藏发现田鼠有治疗瘟疫的疗效，遂提出以田鼠医治病人；宪反对没有理据的方法，惟青却赞成一试。

珍研制鼠药汤，并以身试药，希望其他人会顺服它的疗效。珍的病情恶化，他在病榻中向青表白心迹，青虽感动却不敢接受。鼠药汤终发挥疗效，珍病情好转。抗疫成功，林知县邀功，遭村民谴责。宪为助林知县挽回民心，提出向朝廷拨款捐助受害人家属。珍眼见疲症期间官方药局抓错药，加上奸商售卖假药，决定重修历代本草纲目，让世人辨别真伪。珍向荆王要求支助重修本草纲目，荆王见花费庞大而拒绝。珍希望借助太医院的力量来达成心愿，宪愿协助他将大纲上奏朝廷。荆王的堂兄楚王携孙儿恒拜访荆王府，榕与珍往拜会。珍治好了恒的怪病，获楚王赏赐。

楚王见珍的医术高明，聘用他在王府任奉祠正（即祭祀礼节的官员）。珍向青话别，青不舍。青考虑到女子行医不被信任，故女扮男装到京城行医，希望有朝能打出名堂。青治好楚王长子大王子的怪病，又帮助他解开心结与楚王修好，楚王感激，不再计较她的女子身分。珍欲推荐青到良医局工作，楚因良医局只聘用男性而婉拒。青的事业受挫折，幸得珍鼓励，青决定经营药膳来延续医人的心愿。皇宫招揽人才，楚王推荐珍考取吏目来填补太医的空缺。珍在太医院重遇宪，宪暗想有机会与他一比高下。

珍在考试中表现出色，最后获太医院使许绅和掌管太医院的嵩选为吏目。青觅得铺位经营药膳，珍送信通知家人喜讯并邀请他们入股药膳。姐提出到京城协助青，其翁姑反对，她一怒下抱虾离家。榕同情姐的遭遇，让她暂居家中。珍虽然公务繁忙，但仍抽空协助青打点新铺。嵩在街头被野狗咬伤，宪路过为他诊治，惜情况没有好转。太医院有官员死于狂犬症，加上一般治疗此症的药方无效，所以绅对嵩的脚患不敢轻率处理。绅恐嵩怪罪自己未能治好脚患，遂与众太医商讨对策。珍提出以狗的脑髓制药来治嵩，众猜疑疗效。

珍治好嵩，获赏赐；他提出上书皇帝嘉靖来批准太医院重修本草纲目，不料嵩却反对。宪妒忌珍，认为他被楚王推荐才获得吏目一职。珍无遐打理家务，青俨如女主人般为他打点。藏与青会合，他看穿青对珍余情未了，青直认不讳。锦衣卫庞百川携子宪拜会嵩，嵩赏识宪，欲招揽他到制药房替靖炼制丹药，宪婉言拒绝。珍向绅推介田七为宫廷用药，绅指田七没医学记载，拒绝。川受伤，他分别让宪及珍治理，结果珍以田七治好他，宪睹状，终信服珍的医术远胜自己。珍与青均按捺不住对对方的感情。珍与榕及家人会合后，只好将青的感情藏于心底。