叶大龙跟踪沈超接走林南轩，却没有留神接丢了人。而计雨棠此时也扮成找活儿的街头百姓，在给人修下水管道的时候，发现了斗鸡眼说过的那筒炸弹。

与此同时，叶大龙继续追查绣花鞋事件。

回到重庆的林南轩开始跟踪无法逃身的计雨棠 ，发现他在墓地里藏了什么东西。得到消息的沈超在那里搜到了那筒化学武器。而斗鸡眼和同伙还不知道他们所谓的那筒炸弹早被人偷走，还为没有机会回到鞋店取回而发愁呢。叶大龙找到了林莹，说出了他怀疑自己见到的那个人就是她的父亲。并且唐娃子是潜伏在他身边的特务。

叶大龙带人跟踪斗鸡眼，同伙死了。他们的计划受到了严重破坏。然而叶大龙的擅自行动还是得到了沈超的斥责，他把那份潜伏特务的名单拿给叶大龙看，并且要叶大龙参与控制特务的行动。叶大龙的韧性让沈超和林南轩喜欢，但是他的莽撞有时还是让沈超为难。他和林南轩的每一次见面常常要因为叶大龙的跟踪而想办法躲开。因为叶大龙的原因，林南轩没有如约见到女儿，而林莹却在这时被叶大龙带走，父女擦肩而过，叶大龙偷偷派去的跟踪林南轩的人也被林南轩甩掉了。

沈超带人包围小屋，发现里面一个被害而且面目全非的尸体。从桌子上留的一封信看，应该是计雨棠。他们从现场带回了唯一的证物一双绣花鞋。这双绣花鞋经过鉴定就是放在林南轩棺材里的那双，叶大龙为此更坚定了自己的信心，决定把这件事一查到底。因为他参沈超的怀疑，使得他们俩更难以配合。

计雨棠的忽然死亡，让林南轩和沈超商量决定继续查清那筒化学武器的事情。

林莹失去了修建成渝铁路的机会，到小学校里做了老师。

局里开始秘捕潜伏特务，争取找出有利线索。叶大龙成熟了，也带出了彭佩芝这样的好徒弟，可是彭佩芝却在一天对叶大龙说出"我喜欢你"。叶大龙却喜欢上了林莹。

林南轩化装面牙医做地下活动，并且了解到台湾可能正在策划一个槟榔行动，也就是与化学武器有关的一次活动。

一次意外，丁部长被敌军击中，临终前嘱咐沈超把叶大龙接回来，保护好林南轩同志。

林莹从唐娃子那儿了解到，林南轩不是国民党员，而是共产党员，并且应该还活着，这个消息让林莹颇感意外。

唐娃终于交待了自己知道的问题，确定了的确存在绣花鞋行动。

唐娃子自杀了。这又一次导致了叶大龙对沈超的怀疑和敌意。沈超依然无法向叶大龙说清楚事情的真相。这种痛苦蔓延在两个人的内心。丁部长死了。只有林南轩和沈超配合将他们的任务完成到底。叶大龙将自己了解的情况向上级部门做了汇报。林南轩冒着生命危险工作着，还时常偷偷到她的住处看她一眼，思念只能埋在他的内心里。

罗家巷再一次出事了。在建筑工地工人们发现了一个汽油筒，现场死了不少人。经防毒专家证实，就是化学武器。林莹为了救一个投河的学生差一点被河水淹死，多亏被家长谭辛救起。没有想到，计雨棠的眼睛此时竟然出现在他们身边。

沈超等人还没有找到真正的幕后杀手，绣花鞋杀人的传闻已经传遍小城。 林南轩的身份依然没有得到证实，这无疑平添了他心头的一层忧伤。但是这并不影响他的革命斗志。

而林莹无家可归时被谭辛接到了她家，两个人相依为伴。

马副官要回重庆，沈超却接到一个匿名电话将他调离。林南轩和沈超商量和如果马亦雄副官能够说出一些有价值的东西最好。没有想到的是，马副官却在临下船时被人杀害。经目击者的描述，彭佩芝觉得像林莹的同事谭辛。而叶大龙再一次把矛头指向了沈超。沈超此时也正在和林南轩分析着为什么每一次事情的出现都与自己有关？谁将要把沈超置于死地？

叶大龙发现了走廊里的林莹，就在这时，叶大龙收到一个重要的情况。邓新荣坦白他了解林南轩的情况，他说这是计雨棠提供给他的情况。

公安局紧急出动，开始了抓捕潜伏特务的行动。行动中终于查出内奸是局里一个叫刘小萍的。家康从成渝铁路的建设前线回家，却时常关注着林莹的生活。叶大龙依然坚持着挖出林南轩这条线索。局里的行动让谭辛有些慌乱。计雨棠此时就藏在她的家里，两个人开始商量如何应对共产党的清查。通过紧急审讯，刘小萍的身后主使李副股长浮出水面，案情朝着有利的方向发展着。邓新荣被叶大龙放了出来，叶大龙的目的是想把林南轩引出来，放出来的邓新荣和林南轩取得了联系。林南轩在和邓新荣见面时除掉了邓，这一切却被跟踪而来的计雨棠看在了眼里。

　叶大龙赶来时，看到的却是邓新荣身边的沈超，叶大龙对沈超的怀疑更加深重了。

叶大龙向黄副局长请示捉拿沈超。为了将解放前国民党遗留下的隐患排除，沈超离开了公安局长的岗位，来到了雨伞厂任厂长，叶大龙接替了他公安局长的职务。林莹积极申请要求加入中国共产党。

计雨棠约林南轩在山水茶见面，为了取得计雨棠手中化学武器地图，林南轩冒着生命危险赴约。叶大龙得到了有关情报，山水茶被他全面监视起来。计雨棠和林南轩展开了较量，为了得到化学武器，林南轩用了缓兵之计，和计雨棠达成了协定。叶大龙发现林南轩，在沈超的掩护下，林南轩躲开了叶大龙的追捕。暴怒之下，叶大龙出手打了沈超。

林莹在和叶大龙吃饭时，从大龙口中得知父亲林南轩还在重庆。沈超被提审到派出所，在派出所沈超遭到犯人的毒打，叶大龙及时赶到把沈超带回了禁闭室。