背包在机场拿回装有500万美金的行李包时和搬运工发生冲突，触动了警报器，只能仓皇逃走。白瑞克找到了苏克雷的住处并将他捉住。苏克雷从电视上看见背包并推测500万美金还留在机场，于是和白瑞克谈判，希望能从白瑞克手中脱身。马洪发现便条对他已经毫无用处，于是要挟他自尽。便条试图上吊却被狱警救下。在他打电话联系马洪的过程中，马洪的助手发现了他企图逼死便条的真相。

迈克尔和林肯离开了酒店，而留在后面的莎拉却被马洪截住。马洪设计让莎拉从他手中逃脱，同时让部下跟踪莎拉，企图在她和迈克尔会面时将迈克尔抓住。

迈克尔将自己得到录音带的消息通过纸条透露给总统卡罗琳，但自己也被特工抓住。遭受了金的毒打后，他见到了卡罗琳，并向她提出条件，让她在演讲中宣布赦免林肯和自己。卡罗琳在听了录音内容后答应了迈克尔的要求，将迈克尔送走。但正当她要宣布特赦令时，金却对她提出要挟。原来金的背后也有一帮势力在操纵着一切。无奈中，卡罗琳只好宣布放弃竞选连任。和林肯会合后的迈克尔在电视上看到这个消息，明白计划已经失败，目前唯一的出路就是带着莎拉逃出美国。莎拉正在赶来和他们会合，然而她后面正紧跟着马洪的特工。

芝加哥附近的一个码头，麦克和林肯走了下来。他们预定了去中美洲的船，船马上就要开了。林肯很开心他们终于扳倒了总统。但麦克仍然忧心忡忡。林肯告诉麦克，当初弟弟说要把自己救出福克斯大河监狱，他根本一点希望都不抱。但是现在，麦克的计划几乎百分百实现了，他们只需要再把最后一点扫尾工作做好。林肯跳上船，麦克慢慢地跟在后面。

莎拉开车到了码头，准备跟麦克见面。麦克已经准备上船了。莎拉打电话告诉他五分钟之内自己必到。麦克却说，自己已经买好了一张船票，她可以和自己、哥哥一同流浪天涯。在她背后，跟踪她的朗警官打电话向马霍汇报情况。

林肯在船的甲板上找到麦克。麦克仰望着天空，非常担心还没有赶来的莎拉。

莎拉在后望镜中见到了一部跟踪而来的车，她转过街角，发现车子紧紧咬住她不放。她朝码头驶去，发现另一部车子也跟了上来。她知道警方在跟踪自己，把车子停在了一部老旧的建筑旁边。电话响了。麦克问她出了什么事。她一边看着跟踪她的车子，一边看了看前面指向码头的标志。只有一步之遥。但是她不能冒险让麦克重新入狱。她告诉麦克，自己已经上船了，让他立刻动身。两人船上会合。麦克看了看空无一人的四周，知道出事了。”我爱你。”莎拉挂了电话，打开车门，把手举到头上。朗警官出现在她面前，给她铐上了手铐。马霍在不远处看着这一切，一点都不开心。他走近莎拉：“他们在哪里？”莎拉装傻充愣，一言不发。

船渐渐离开了码头，麦克在船上踱来踱去，急切地找着莎拉。林肯指给他看码头汇集的几部警车。他们知道那意味着莎拉被捕了。冲动的麦克要船立刻掉头回去，但林肯制止了他，他们只有旁观，无能为力。

林肯跑下码头，呼唤着麦克的名字，但是麦克已经消失得无影无踪。

T-Bag在酒店房间里神经质地踱着步。他抓起一片纸，看了看，揉成一团扔了出去。纸团落在一把手枪旁边，上面写着：“奥莉维娅大道312号，第二层，红色门。”T-Bag走到小阳台上，观察着街道上的动静。

街道上的一个小电话亭旁边，戴着一顶兜帽的麦克把面孔遮住，等着T-Bag现身。麦克仍然很清楚地记得T-Bag在监狱和逃亡中干的好事，不过他现在需要T-Bag。

阳台上的T-Bag没有认出麦克来，不过他看见了两个佩戴手枪的男子在一张桌子上用餐。麦克也注意到了，他机敏地扫视四周，看见一群小孩子在玩足球，接着盯住了电话亭旁边的一个垃圾箱。一个计划在他脑海里逐渐形成了，他抬起头来，刚好看见T-Bag转身回房。

一部出租车驶向巴拿马城。后座上，马霍正在给前妻帕姆打电话，告诉妻子自己出国了。他告诉妻子，以前自己说过，总有一天自己会离开FBI，再也不回头。而现在时候到了。不过，在离开之前，还有一件事要做。马霍问妻子，两人是否还有可能破镜重圆。帕姆回答说：“我不能肯定没有。”马霍激动起来。现在，他对人生充满了希望。他暗暗发誓，这次一定要把握最后的机会。他笑了起来，又打了一个电话：“你准备好了么？”

接听电话的男子恰好就是T-Bag在阳台上注意到的两个男子之一。马霍说自己马上就到。就在他正准备挂电话的时候，突然电话里响起了枪声。两个男子刷地一下拔出了靴子里的手枪。但他们环顾四周的时候，发现只是鞭炮在垃圾箱里响起的声音。一只垃圾箱在他们面前冒着青烟。

麦克看到他们的反应，转身就走，递给一个手持鞭炮的小男孩十美元，钻进了超市。

麦克在船的上层甲板上踱步，焦虑不安地考虑着马霍的条件。一个巴拿马少年走过来，双手端着一箱杂货叫卖。他问麦克要不要糖果和啤酒，但麦克冷冷地回答说不要。少年四顾无人，悄悄问麦克“要兴奋剂么？”麦克把孩子打发走了，接听这时响起来的电话。

电话是马霍打来的，愿意提供给他钱和船只。麦克犹豫不决：“这样你就会放我哥哥走么？”他问，“就像你曾经放走特纳他们一样？”马霍告诉麦克，情况已经变了，现在他和兄弟俩有了共同的敌人。“你能带给我自由，正如你的自由同样握在我的手中。”麦克停顿了一下，告诉马霍他需要再有一天到达马霍扣留林肯的码头。

林肯嘲弄地问马霍，逃亡的滋味怎么样？马霍平静地说：“我会活下来。”林肯告诉马霍他会得到应有的报应。马霍没有把他的话当回事。

凯勒曼坐在证人席上，向法官和陪审团说：“我所说的话可能会把我送进监狱，但是，我仍然要说出来。因为我冤枉了一些决不应该冤枉的好人。”他陈述了自己是如何陷害林肯的。

第二季完