紫薇证实了小燕子的胎记。小燕子在重创之下推开永琪紫薇，称是仇家。她飞马奔回，竟挥着鞭子攻击皇上，箫剑出面阻拦。箫剑直言父亲系被诬为青龙帮而斩首，皇上与福伦均不记得此事。皇上要查明真相，刑部、大理寺却均无当年“乱党”事件记录。小燕子整日不言不语却不停地干活，终于倒下。皇上来看望小燕子，表示无论案情如何也绝不会牵连于她，并又喂她喝药。

皇上的诚意打动了小燕子，她终于恢复正常。福伦、傅恒调查案件获得突破，原来当年的浙江巡抚玛钰为报私仇，以虚名擅自处决了萧之航。皇上在南阳提审玛钰，将其就地正法。大仇得报，箫剑前嫌尽释。永琪提出要小燕子与他一同回宫，但小燕子却仍在考虑，她怕面对欣荣、愉妃和太后。晴儿坚持去往大理，而柳青决定回京。众人在行前为金琐、柳青举行了婚礼，皇上等均出席。

小燕子对是否回宫十分矛盾。柳红留恋面馆之际，高明突然进门，称柳红前次的语出惊人令其难忘，并询问了柳红的姓名。永琪反复回想信中内容，小燕子也希望他承担责任，二人在痛苦的两难抉择中定下两年之约，暂时分离。班杰明愿意赴大理，永琪托付其照顾小燕子。小燕子与皇上泛舟游湖，作以告别。夜晚的“十全十美”面宴上，小燕子给面条起了各式名字，众人感叹难聚首。

永琪写出七百三十封信，让小燕子每天打开一封。两路人马相别，小燕子却不肯出现，躲着泪送众人离去。突然，她骑马奔至山头，远望离去的车马。而行进中的柳红突闻身后呼叫，原是高明飞马而来，二人并进。皇上等人回宫，太后表示将尽快定下紫薇名分并完婚。永琪欲留孩子给愉妃欣荣，但想到小燕子便无法实现。他来至漱芳斋睹物思人，并将燕子钟、“出气球”带回永和宫。

小燕子等终于来至大理，并见过了萧家叔婶。当地众人载歌载舞，小燕子却始终抱着永琪留下的信篮子。尔康、永琪突遇曾追杀自己的太监，当即将其拿下。此人供称追杀正是奉皇后之命，皇上震怒下欲斩皇后和容嬷嬷。紫薇在关键时刻拿出金牌求免二人死罪，并用一首“不打诗”中止了对容嬷嬷的杖刑。皇上令皇后不得跨出景仁宫一步。小燕子决定看完所有的信，乐得她合不拢嘴。

晴儿和箫剑在洱海以白族风俗举行了婚礼，小燕子班杰明现场献唱。桂嬷嬷给欣荣出主意，让永琪睡前喝下药酒。永琪在意识迷乱中，将欣荣当作小燕子，欣荣接受。小燕子开始练字，给永琪写信。皇上封紫薇为“明珠格格”，并指婚予尔康；太后送来新衣，并送回了福家玉佩。小燕子在放羊时想念永琪，班杰明教她拉小提琴曲“四季”。紫薇跪拜告别皇上、太后等，行将出嫁。