异常点出现在大英博物馆内的展品太阳之笼内，3000年前的古生物巨鳄穿过异常点来到了伦敦街头，肆意攻击民众。异常点研究中心的卡特教授带领手下开始追踪怪兽，并制伏了它，将它送回了该去的地方。在埃及古物学博士萨拉的启发下，卡特渐渐意识到，他以前的想法只停留在二维空间内，以为异常点只是点到点，并没有考虑到时间和历史的因素。于是卡特请萨拉留下来，并要求她致力于这方面的研究。

14年前，3个男孩儿偷偷溜进一座被废弃的房子里玩耍，奇异的事件发生了，两个男孩儿离奇失踪，只有一个名叫赖安·梅森的孩子留了下来，然而人们却一直认为赖安是伤害其他两个孩子的凶手。其中一个失踪男孩儿的哥哥警官丹尼·奎恩一直关注着这座废弃的房子，想搞清楚事实的真相。而此时，卡特的异常点预测也指向了这座房子。珍妮带领艾比和康纳来到了这座所谓的凶宅，发现了善于伪装的远古怪物，就在大家全力与怪物搏斗时，异常点开启了，怪物恰在此时走进了它等待了14年才开启的大门，回到了它原本生活的地方。

异常点开启在医院里，这回光顾的是二叠纪的双齿兽，它们活泼可爱，就是爱惹些小麻烦。再加上赶上孕妇梅勒妮生产，简直搞得卡特等人焦头烂额。当一切处理妥善，卡特等人回到异常点研究中心时，却发现那里已被海伦和她的复制品手下们所控制。海伦逼迫卡特说出一个不明物品的用处，却遭到了拒绝，于是恼羞成怒的海伦命令手下引爆炸弹。幸运地被救出火海的卡特，却重新冲回火海寻找一个重要的盒子，不想却惨遭海伦的毒手。弥留之际，卡特将不明物品交给康纳，并嘱咐康纳代替自己继续异常点的研究。

卡特牺牲后，莱斯特任命珍妮来接替他的工作。探测器测到异常点在一座废弃的大楼里，珍妮带人立刻赶到，不想却被克里斯蒂娜·约翰逊拦截，克里斯蒂娜否认有异常点，莱斯特怀疑克里斯蒂娜的所作所为与军方有关。总是缠着珍妮不放，想得到大新闻的记者米克偷走了珍妮的手持探测器并设计调开了珍妮等人。米克抢先来到异常点放生地，谁料巨大的巨兽龙跑了出来，大闹机场，幸亏丹尼赶来帮忙才把巨兽龙引回异常点。通过这次斗争，新的领导者珍妮变得更加成熟。

异常点出现在金融大亨家的公寓里，来取文件的助理劳埃德出于好奇穿过了异常点，可是他却不小心感染了某种真菌，这种真菌的侵略性极强，凡是接触到它的人最终都会完全被细菌所吞噬变成可怕的真菌怪物。丹尼独闯异常点研究中心，并毅然带领着大家一起与这种真菌做斗争，最终取得了胜利。莱斯特任命丹尼为异常点研究中心的负责人，接替卡特的工作。

康纳终于发现了神秘盒子的用处，原来这个神秘盒子是预测异常点位置的关键所在。克里斯蒂娜控制了异常点研究中心，企图夺走那个神秘盒子。丹尼等人带着盒子来到了一个安全地点暂时藏身，谁知他们却正好碰上异常点开启，丹尼等人与恐怖怪鸟展开了殊死斗争，最后终于将怪鸟送回了它们自己的家。与此同时，贝克尔同莱斯特一起与克里斯蒂娜不停周旋、斗智斗勇，最终赶走了克里斯蒂娜。