替天行道 Orison2X13里的恋物癖被一个传教士出于替天行道的目的放出了监狱，但他低估了这个变态的邪恶程度。Scully再次成为了这个变态的目标。

魔术大师 The Amazing Maleeni魔术大师马里尼在完成他的绝技——头颅旋转180度的表演后，被发现尸首分离死在自己的货车上，另一个与他有瓜葛的魔术师成为了嫌疑犯。Mulder和Scully却发现这一切可能只是场魔术骗局。

不义之徒 Signs & Wonders传教士Mackey的和善外表下是恶魔的心，只有同一教区的另一位另类神父看穿了他。Mackey使用种种卑劣手段打击栽赃这位神父。连Mulder和Scully都被他们的外表欺骗了。

生命的奇迹（上） Sein Und Zeit发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。

生命的奇迹（下） Closure被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。

Ｘ警察 X-CopsX档案与Cops的Crossover，忠实记录了Mulder和Scully协助警方追捕月圆之夜的“怪物”——恐惧的过程。