在日本的冲绳县有一座叫做鸠海的孤岛，这里的居民只有49人，唯一的公共设施是一所小学，由于没有生源，再过几天鸠海小学即将废止，平均年龄63.5岁的鸠海岛将来也很可能成为无人岛。为了不让自己的家乡变成荒岛，岛民们急需孩子来这里上学。 岛民仲间勇造来到东京，他想把七岁的外孙带回鸠海岛，但由于女儿坚决反对只好作罢。不久，勇造在东京街头与一个叫藤泽琉璃的女孩相遇，十一岁的琉璃父亲已故，被母亲寄养在福利院里。母亲对琉璃不闻不问，令琉璃养成反叛的个性。在征得琉璃母亲的同意后，勇造带着琉璃返回小岛。 岛上的居民听说有孩子来这里上学，都赶到岸边欢迎琉璃，可没多久大家就领教了琉璃的叛逆性格。因为鸠海小学的早苗老师让琉璃弄直卷发，琉璃大发脾气后跳上一只小艇企图离开海岛，结果不会驾船的琉璃险些丧命，幸亏一名男子将她救上了岸。这名男子自称叫川岛达也，是东京来的美发师。 川岛告诉琉璃自己本想自杀，因为看见她落水反倒令自己忘记了自杀的事。川岛为琉璃剪短了头发，焕然一新的琉璃又恢复了往日的欢笑……

琉璃作为六年级的学生第一天上课，早苗老师对她的测验成绩很不满意。琉璃回到家，听见其他岛民正在向勇造诉说她的不是，并建议勇造再认领一个别的孩子回岛。 早苗老师在海边教琉璃游泳，琉璃却用讽刺的口吻说早苗是乡下人，正当早苗向校长诉苦时，琉璃又放走了岛民圈养的鸭子，之后她跑到岛上的小商店偷了一块巧克力。听说琉璃偷窃东西的勇造回到家，不由分说将琉璃拉到商店，要她向店主奈津美道歉。看着琉璃不知悔改的样子，生气的勇造将琉璃反锁在商店里。 次日清晨，勇造的妻子惠来到商店接琉璃回家，琉璃痛苦地躺在地上喊着肚子痛，她的样子把惠吓坏了。惠担心琉璃得了盲肠炎请求医院出动了直升机来接琉璃。在飞机上琉璃告诉惠这又是自己的恶作剧，没想到惠不但没有生气，反而庆幸琉璃没有生病。下了飞机，看着惠一再向赶来的急救人员道歉，琉璃感到有些过意不去。 琉璃将自己总是搞恶作剧的原因告诉了惠，原来她以为勇造在寻找其他的小孩来岛上，认为自己是即将被遗弃的孩子。惠将琉璃带到一处工地，琉璃看到正在这里打工的勇造，原来勇造每日早出晚归都是为了赚钱赔偿被琉璃撞坏的小艇，激动的琉璃不禁扑到勇造的怀里痛哭起来。 决定洗心革面的琉璃随勇造夫妇一同回岛，意外地看到站在岸边等候她的母亲……

琉璃的母亲告诉勇造自己即将奉子成婚，为了自己的新生活打算，所以想把琉璃的户籍迁到勇造家里。了解到琉璃母亲此行的目的，勇造感到很气愤。 小岛上的居民为了欢迎琉璃母亲的到来举行了个小派对，但却被岛民照明搞得一团糟 。原来照明的女儿小泉六岁时就被太太带往东京，从此照明就经常酗酒闹事。琉璃劝照明前往东京看望女儿，琉璃的话令照明若有所思。 琉璃似乎隐约感觉到母亲的来意，不禁心中烦乱。不久母亲在离岛前终于将自己的来意告诉了琉璃，琉璃强忍着心痛祝福母亲。夜晚时，琉璃在海边看着刚刚孵出的小海龟坚强地爬向大海，令她又重新获得了生活的勇气。 琉璃看见照明正在收拾酒瓶，照明告诉琉璃自己已经戒酒了，并且决定听从琉璃的劝告前往东京看望女儿。听了照明的话，琉璃感到非常开心……

岛外的一些孩子来到鸠海参观，勇造和妻子惠给琉璃找了一件白色的连衣裙，琉璃很开心地穿着去参加活动，可是却被其中一个很调皮的男孩故意弄脏还嘲笑她穿得土气。正当琉璃气愤不已时，没想到早苗老师走过来给了那个男孩一记耳光。 几名刑警来到小岛调查不久前发生的凶手案，一些居民开始怀疑新来这里的川岛，而川岛紧张的神情也令周围的人感到有些可疑。 深夜时，被打的男孩想擅自离开小岛以此报复早苗老师。琉璃去追赶男孩想劝他回来不料两人都掉进枯井里，幸好他们抓住井口的树藤才没有跌入井底。身陷险地的两个孩子谈起各自的身世，本来矛盾重重的两个人反而因此拉近了距离。最终早苗和川岛闻讯赶来救出两人，早苗老师因琉璃的擅自行动而一气之下打了她，但琉璃却由此深深体会到老师的关爱之情，一旁的男孩也深受感动。其实受到感动的不只是两个孩子，早苗也因为此事而打消了调离小岛工作的打算……

岛上的青年小茂和美月是一对恋人，美月怀孕了，但小茂却不承认孩子是自己的，甚至说美月总和川岛眉来眼去，说不定那是川岛的孩子。小茂的话令美月伤心不已，奈津美劝说美月生下孩子，并说自己在认识现在的丈夫前也曾有类似的经历，现在很后悔当时没有把孩子生下来。奈津美的丈夫浩二听到他们的对话，对妻子产生误会，从此总是借故不回家。 照明来到东京好不容易找到前妻的家，可是前妻却不希望他见到女儿小泉，并且说了很多伤人的话。伤心的照明喝得烂醉之后在街头遭到几个年轻人的殴打。 美月恳求小茂允许自己生下孩子，小茂却生气地说要永远离开小岛，伤透心的美月来到海边企图自杀，幸好被琉璃和川岛看到救了美月。次日，琉璃在海边拾到美月丢掉的戒指，她将戒指交给小茂并劝说他留住美月。小茂最终意识到美月的重要，赶到海边挽留即将远行的美月，并恳求她生下他们的孩子，两人甜蜜地拥抱在一起。琉璃看着他们也露出幸福的微笑……

川岛接到电话听说照明被打伤的消息，勇造夫妇拿出自己的积蓄拜托川岛到东京看望照明。琉璃也想去看照明，于是偷偷藏在船上，川岛只好带上她一起去。担心琉璃的勇造也紧随其后来到东京，照明告诉勇造小泉其实是前妻外遇生下的孩子，与自己并无血缘关系，但自己依旧非常惦念她。 琉璃听说小泉不愿意见照明，于是和川岛一起找到小泉希望能够劝说她。但小泉对曾经酗酒成性的父亲没有一点儿好印象，还是不愿意随他们去看望照明。 浩二终于鼓起勇气向妻子奈津美问起她的往事，浩二诚挚的话语深深打动了妻子，奈津美表示很后悔曾经怀疑与丈夫的婚姻。彼此袒露心扉之后夫妻两人紧紧地拥抱在一起，心底充满了幸福。 琉璃看到照明曾写给小泉的信，她把这些信读给小泉听，小泉被父亲的爱深深打动了，她来到照明的病房。终于见到日思夜想的女儿，照明惊喜不已……