白蛇怨恨法海破坏她与许仙的姻缘，愤而与青蛇连手水淹金山寺，岂料反遭法海所害，被困雷峰塔下，青蛇负伤而逃。钟馗本欲收伏青蛇为民除害，观世音菩萨认为青蛇并非蓄意危害人间，大发慈悲，希望青蛇虔诚修练、早成正果。

青蛇修练百年，仍难消心头之恨，决心找法海报仇，却被千年蜈蚣精玄尘道长利用，错认文弱书生孟文轩和将军之子许天德是转世法海和许仙，报仇心切的青蛇一错再错。

钟馗意外与文轩成为好友，发现青蛇对文轩苦苦纠缠，担心青蛇重蹈白蛇覆辙，苦口婆心地劝解，没想到青蛇情根深种、不肯回头，甚至因爱生恨，在玄尘的煽动之下，连手迫害文轩与灵玉。

既然青蛇毫无悔意，有负观世音菩萨的善心，钟馗果断决定出手收妖。钟馗与玄尘许天德会面，努力施救孟文轩。然而孟文轩却已被定罪入狱，钟馗施计终于使孟文轩获释。文轩回到家，决定与许天德斗到底。

钟馗三人为了伸张人间正义，不惜与青蛇、玄尘展开惊天动地的斗法，无奈力不从心，只好求助已经修炼成仙的白蛇，希望白蛇能以昔日姊妹情感化青蛇，让青蛇迷途知返。

蝙蝠侠被困线索困住，青蛇法力不够施救不成，却被蝙蝠侠一些话说动。钟馗与白蛇会面后，白蛇找到青蛇试图点化青蛇。岂料，白蛇不但徒劳无功，还差点命丧玄尘之手。原来当年白蛇、青蛇水漫金山，让无辜百姓受难之外，也害死玄尘很多徒子徒孙，这一切都是玄尘为引出白蛇、青蛇的报复阴谋。