1927年，北伐军挥军北上，盘踞在山东地区的军阀张宗昌命部队阻拦北伐军，双方展开麓战。 由宋文清担任教导员和由赵化民担任营长的北伐军铁血营，与田德贵担任团长的奉系军阀独立旅二团展开激烈战斗，双方死伤惨重。宋文清在战斗中负伤，赵化民无力抵抗田德贵的进攻，只好撤退。张宗昌部队独立旅二团一营全军覆灭，只有军医官王怀远和卫生兵虫草生还，王怀远受伤后凭自己的医术自救。三分队医生田麦穗因药箱没有，无法给宋文清做手术，情况很危机。 王怀远带着虫草和他的毛驴“犟三儿”想尽快离开战场，却不想，被副官刘炳才当做逃兵抓住。正当田德贵准备执行枪决时，王怀远不号脉不问病情的就看出了田德贵所患的头风病，借此拖延时间。赵化民带援军杀到，混乱中王怀远带着徒弟虫草和“犟三儿”逃出了田德贵的队伍。 王怀远运用了针灸和倒吊身子等中医疗法，令宋文清“起死回生”，这让同是医生的田麦穗即震惊又崇拜，宋文清和赵化民也都对他感激不已。

夜间刘炳才带人突袭了北伐军驻扎地，王怀远急中生智，收集所有人的手榴弹炸开墙，众人才得以脱身。 田麦穗不幸腿骨折，掩护王怀远撤退后自己却被刘炳才活捉，被一棍又打在腿上。 而王怀远逃出后，要去救田麦穗，又被北伐军当做敌人抓起来，准备处死，赵化民为救王怀远，不惜违抗军令带兵杀入法场，救走王怀远后，自己回去领罪。田德贵发现要处死的是人竟然是自己找了许久的女儿田麦穗。 赵化民因救王怀远被关，宋文清劝赵化民退党，被严厉拒绝。王怀远不忍赵化民因自己而送死，不顾虫草反对，坚持要回小镇军营里救赵化民。回去的路上，在小镇上遇到了早年加入虎旗军当了土匪又准备闯关东的同乡侯七和他的兄弟大片刀，二人都身怀绝技，王怀远拜托二人帮自己救出赵化民，但是侯七开口要价十五块大洋才肯救人。王怀远用针灸救活了钱镇长，拿到二十块大洋。

王怀远、侯七、大片刀一行人佯装给干部燥送菜，进去北伐军311团的驻地勘察地形，顺便给他们送去了一锅放了蒙汗药的鸡汤，半夜趁特派员几人被迷晕，侯七跟大片刀身手矫捷的救出了赵化民。 田德贵为了救治田麦穗被打伤的腿，带着田麦穗赶到了济南，但是可惜济南城的大夫都诊断田麦穗的腿已经无法治愈。日本医生佐藤俊二拥有济南嘴先进的医疗设备，诊断说只有截肢才能保全性命。田麦穗接受了诊断结果，但是坚决不允许日本人给她动手术，田德贵爱女心切，只好让佐藤给田麦穗打上麻药之后再动手术，嘱咐所有人就说是中国人给她动的手术。 在热闹的济南城中，王怀远看到戏院里正在上演拉魂腔名角满天红的名戏《霸王别姬》，忍不住进去观看，没想到满天红因身体不适无法登台，王怀远到后台查看过后，用针灸轻松治好了其他大夫都治不好的病，并让满天红能立即就恢复可以上台演出。满天红对王怀远既佩服又感激。 街上王怀远正巧被刘炳才碰见，刘请求王怀远给田麦穗医腿，王怀远亲自吸出了田麦穗腿上的脓血，然后用他独特的针灸医术和接骨术，保住了田麦穗的腿。在一旁观看的佐藤十分震惊。 驻守济南的还有一个团的团长，叫马小宝，他跟田德贵是死对头。满天红却跟他交情匪浅，因为满天红从中牵线，将马小宝的亲妹妹介绍给了张宗昌的小舅子当姨太太，所以马小宝经常去讨好满天红。马小宝想请王怀远来陪满天红吃饭，田德贵却出口贬低马小宝，被激怒了的马小宝闯入田府，与田德贵闹翻。马小宝斗不过田德贵，只好将气撒在王怀远身上，赶走了王怀远和虫草。

满天红知道王怀远被马小宝赶走后非常生气却对马小宝无可奈何，刘炳才趁着马小宝跟满天红争执放松警惕时，绑架了马小宝。田德贵见问不出王怀远的下落就将其用棒子打死。 王怀远见济南也是是非之地，田麦穗的腿伤也无大碍，索性带着虫草回了章丘，但是回去才发现，因为战火，房屋已经成了废墟，家人也都不知所踪。此时王怀远的家人就只剩下小姨子银杏和他的两个儿子王百会、王涌泉。三人在逃难途中被战火冲散，百会涌泉被抓了壮丁，银杏拼死要保住他们，自己却被当兵的侮辱。 王怀远见家都没了，只好带着虫草打道回济南另谋生路，去济南的必经之路上，有一个小村子因为瘟疫被封锁，守村子的是张宗昌的部队，他们不管是死是活只要是染了瘟疫的就一律烧死，王怀远看不过，不顾生命危诊断病人，开锅煮了几味草药，救下了大部分的病人。 而此时，百会、涌泉也感染了瘟疫，正在被拖去焚烧，银杏疯子一样的寻找他们，王怀远只是为了多救一个病人，却无意救下了两个孩子，待见到银杏抱住孩子们才发现原来竟是他的家人。 1933年，王怀远带着家人早就来到了济南，跟赵化民合开了一家叫金石药房的门面行医问药。佐藤俊二得知后派手下秋野带着三个奇怪的病患来到金石药房挑衅王怀远。

赵化民束手无策时田麦穗恰巧出外诊经过，赵化民让田麦穗帮忙治病，但是秋野却阻止。王百会跟王涌泉此时放学回来，看不惯日本人嘴脸的涌泉忍不住跟秋野扭打起来，王怀远正好赶来。 王怀远开始治疗患者，秋野想看清王怀远如何用针，王怀远指示毛驴，毛驴一脚踢开秋野。王怀远对症下药，很快三位患者病情都有所缓解。此时，佐藤俊二出现，道歉之后带走了秋野。田麦穗大胆向王怀远表示她喜欢他，但被王怀远拒绝。 田德贵让人扮学生砸了佐藤的医院，但是其实秋野正是奉了佐藤俊二的命令才带着三个劳工到金石药房故意挑战王怀远的，佐藤俊二旨在进一步了解王怀远的针灸医术，同时探听一件事，这件事就是有关一本名叫《火器医鉴》的古书，佐藤俊二怀疑这本书就在王怀远手里。 田德贵也颠沛流离之后又回到了济南担任城防旅旅长，并且活抓了虎旗军的头目梁鼎山。侯七在这几年重新回到虎旗军，而且在梁鼎山被抓之后，一直留在济南伺机救出梁鼎山，然后他们盯上了田麦穗，准备绑架她以此来要挟田德贵放了梁鼎山，不想遇到了王怀远。 大片刀和侯七在田麦穗回家的路上又一次劫持了她，但又遇到了刘炳才，田麦穗掩护了侯七和大片刀，说他们只是护送她回来的伙计，但是刘炳才敏锐的发觉他们是绑匪，一路追击，谷子肩膀中弹。谷子跟侯七躲去了王怀远家，涌泉为救他们划伤自己手流血，在众人的掩护下总算是逃脱了刘炳才的搜查。

从田德贵家回来的王怀远看到侯七等人还在，治疗的时候，大片刀表示他在虎旗军也见过王怀远用过的金针，这让王怀远非常惊讶，小心盘问之后，王怀远发现梁鼎山竟然就是当年杀死自己父亲抢走家传古书《火器医鉴》的土匪的儿子。王怀远气愤的告知大片刀、侯七事情的真相，但是得知田德贵要处死梁鼎山，而《火器医鉴》的下落只要梁鼎山知道，王怀远决定先救下梁鼎山再找他算账。于是大片刀、侯七商量着劫法场。但是劫法场失败，侯七被抓，王怀远在法场上治田德贵的病才保住性命。宋文清带着韩复榘的手谕赶到法场，田德贵无奈只好先关押王怀远跟梁鼎山。

田德贵审讯梁鼎山，是想审问出不久前梁鼎山劫持的中央拨给山东的军费藏在哪里。但是梁鼎山死都不说。银杏和两个孩子为救王怀远起争吵，涌泉因娘的死对爹充满了忿恨。

狱中，王怀远跟梁鼎山说了当年梁鼎山的爹在王家抢书杀人的事。梁鼎山承认古书在他手上，但是只有在自己安全离开监狱才能告诉王怀远，王怀远无奈只好先救梁鼎山，王怀远先是用“指针”帮梁鼎山止血，然后又从牢房石头底下抓了蝎子让梁鼎山服用。

侯七用早就藏在鞋底的铁片，加上自己一身的功夫，成功越狱。

狱中的王怀远倒是并不着急，跟梁鼎山谈完过去的恩怨之后，还断言田德贵会来找他，因为他早就算准了田德贵的头疼病什么时候会犯病。王怀远故意刁难刘炳才，给梁鼎山要来好酒好菜，还要来药品给梁鼎山治伤，缜密的头脑让梁鼎山佩服。

王怀远一开始还是不去给田德贵看病，于是田麦穗亲自到牢房见王怀远，王怀远才答应。用针灸治好了田德贵，王怀远自然被释放。田麦穗送王怀远离开的时候，银杏一直在等，银杏对田麦穗怀有一丝敌意。田德贵放话出 ，绝不许王怀远娶田麦穗。