迈克尔-斯科菲尔德(Michael Scofield)终于逃出了索纳(Sona)监狱，他随即展开了一场复仇行动。在剧中，他给某人写了一封信，在信中他警告说他将会让公司(The Company)为他们的所作所为付出代价。“今天就是你们的祭日，”斯科菲尔德在信中写到。在洛杉矶，他眼见着格雷奇恩(Gretchen)和惠斯勒(Whistler)从一辆由马洪(Mahone)驾驶的豪华轿车中钻出来，并且进入了罗斯福饭店。在乔装打扮成一个侍者后，迈克尔走向了这群夺走了他一切的混蛋们。随后，惠斯勒跟一个男人做了笔5千万美元的买卖，而买卖的对象则是一枚对公司有着非比寻常价值的计算机存储卡，拿到卡以后惠斯勒便杀了可怜的卖方。在惠斯勒正准备逃走之际，一直尾随的迈克尔出面制服了他。在格雷奇恩进来查看到底发生了什么的时候迈克尔用枪瞄准了她，她告诉他说萨拉(Sara)仍然活着。在警察赶到的时候，三个人跑出了旅店。但是在迈克尔问出萨拉下落之前其他俩人却早已逃之夭夭了。格雷奇恩与她的一名上司在沙漠中会面了，他告诉她说这枚存储卡其实是个复制品。他从车上招来了杀手怀亚特(Wyatt)，但格雷奇恩随即跟他做了笔交易保全了她的小命。迈克尔打来电话的时候林肯(Lincoln)，索菲亚(Sofia)，和LJ三人依然在巴拿马。林肯告诉迈克尔说索纳监狱在一场骚乱之中给烧成了平地。T-Bag, 苏克雷(Sucre)，和贝里克(Bellick)三人下落不明。迈克尔拒绝跟他的亲人见面，因为他得找出关于萨拉的真相。迈克尔接到一条来自Goldfinch.net的信息，对方称他知道有关萨拉的事情。当他赶到会面地点的时候，他发现这个人其实是马洪，而事实上则是惠斯勒想跟迈克尔谈点事。惠斯勒让迈克尔潜入一个安保措施严密的地点并且帮他搞到那张存储卡的原件。马洪说格雷奇恩已经死了，惠斯勒对迈克尔说萨拉现在在芝加哥并且身处险境。这时怀亚特现身了，并且冲着正在说话的惠斯勒的脑门送了颗子弹。在迈克尔和马洪寻找掩体的时候，怀亚特从惠斯勒的口袋里搜出了那张存储卡。T-Bag在睡过了Lechero的前女友，也就是索纳监狱里的“修女”之后便去投奔迈克尔了。同时，身处巴拿马的三人众在一条小巷内被一位疑似来自公司的男人给截住了。林肯一马当先出手撂倒了他，随后警察出现了，林肯随即投降而另外两人跑走了。另一方面，怀亚特闯入了马洪的家并且挟持了他的妻子潘(Pam)，逼迫她说出他想要知道的事情。迈克尔准备打电话找萨拉的时候却被认出他的警察打断了。在警察局，他见到了国家安全局的特工唐-塞尔夫(Don Self)，他许诺在迈克尔拿到公司的存储卡之后会给他自由，因为这张卡里有着公司不可告人的内幕。马洪回到家的时候却被警察拦在门口，警察告诉他说如果他进去了，他一定会后悔的。不用说，潘的死相一定异常凄惨。苏克雷和贝里克在一家医院被警察逮到，当时苏克雷正见他女儿第一面。唐让迈克尔召集他所需的人手以便能完成这项行动，于是林肯，苏克雷，贝里克和马洪又跟他见面了。当众人正准备商讨有关行动的细节的时候，唐又告诉大家说布鲁斯-本内特(Bruce Bennett)保释了所有人。他将迈克尔引到了萨拉所在之处，两人立马干柴烈火地激情拥抱。在单独相处的时候，她给迈克尔看了她在公司遭受折磨时留下的疤痕，两人正准备你侬我侬之时怀亚特又不识时务地持枪冲入了他们的房间。在逃跑的过程中他们落下了林肯。随后迈克尔给唐打电话说他们同意做这单生意。看起来他们跟公司的恩恩怨怨又要纠葛不清了。

迈克尔(Michael)和林肯(Lincoln)又和马洪(Mahone)，贝里克(Bellick)，苏克雷(Sucre)等人重聚了。不幸的是，他们所需的那本惠斯勒的鸟类图书却在T-Bag的手里。迈克尔决定做手术去除身上的纹身，而且他拒绝使用任何的镇痛剂。第二天，安全局的特工唐给迈克尔和众人详细讲了他们需要做的事情，在完成任务之后所有人都会予以自由，不过如果有任何一个人想开溜的话，所有人除了空手而归之外还得面临死刑。所以每个人都带上了一个脚环监视器，这样唐和政府就能时刻监视所有人的动向了。随后迈克尔鼓励大家忘掉过去并且同心协力完成这项任务。而落单的T-Bag就没那么幸运了，他独自游荡在墨西哥的沙漠中。既没有水也没有食物的T-Bag想要去美国找迈克尔可谓是希望渺茫。而另一边，迈克尔和他的小组找到了公司的总部，然而那里防卫森严。就在众人愁眉苦脸的时候罗兰(Roland)加入了队伍，毕竟他能用一个自己发明的无线装置搞到任何人的身份证，信用卡密码和电脑信息。为了接近目标，苏克雷开车撞上了一个公司的成员，但罗兰依然搜索不到任何信号。最终还是唐逮到了一名曾为公司做事的人并且得知了储存卡解码器的所在。萨拉向迈克尔解释说这个存储卡的名字斯库拉(Scylla)是来源于荷马所写的《奥德赛》(The Odyssey)里的一种海妖，书中的主角奥德修斯(Odyssius)必须牺牲他的六个同伴才能达到目标。T-Bag这是也时来运转了，他搭上了去圣地亚哥的顺风车。在一个公司的女成员的包包内放入了追踪器之后，罗兰终于能够弄到公司内部图书馆的信息了。随后贝里克假装抢包，然而当马洪抓住他的时候，追踪器也不见了。杀手怀亚特发现迈克尔和林肯在被捕后并没有入狱，反而被布鲁斯-本内特(Bruce Bennett)保释了，于是迈克尔等人的威胁又加重了几分。迈克尔意识到他必须进到公司内部取回罗兰的装置。于是他们进入了公司内部，没有任何悬念地成功取出了罗兰的装置。怀亚特追上了布鲁斯并且用一枚针戳进了他的脖子。而迈克尔这边的罗兰在解码的时候出了纰漏结果导致存储卡自动加密，最终他们只弄到了一点点有用的信息。在这一集的末尾，格雷奇恩并没有死，不过也仅仅只是没死而已。公司将她绑在一个椅子上，很明显，她即将遭到非人的虐待。

从寻找一张卡变为需要凑齐六张卡，事态的发展超乎迈克尔等人的预料，而唐-塞尔夫探员也只给他们一天时间来寻找下一个持卡人。从上次罗兰找到的邮件和其他信息中，众人破译出一个重要的信息：4点时，下一个持卡人将会出现并且和第一个持卡人德克斯霍恩(Tuxhorn)接头。但是接头的地点和时间需要从另外一些信件破译，众人需要到安纳海姆的邮件服务器主机去寻找这些邮件。另外一方面，组织也在寻找迈克尔等人的踪影，杀手怀亚特(Wyatt)抓住了贝内特，并且用吐真剂逼他说出了莎拉现在在洛杉矶的信息。而由于事态发展的变化，国土安全局也临时取消了这项计划，塞尔夫被迫要把众人送回监狱。落单的苏克雷和贝里克首先落网，而危急时刻苏克雷成功的发出了警告讯息。迈克尔等人巧妙的得到了邮件，他们一边要逃避追捕，一边要去寻找新的线索。他们得到的两封邮件分别关于壮阳药和星座，而迈克尔想到了把两封信重叠在一起看，最终破译了这些密码：新港海滩的发电厂。最终在全部落网前的一刻，迈克尔成功抓拍到了持卡人的会面，并且以此为条件换取更多的时间。与此同时，T-Bag利用鸟类百科全书中的讯息，找到了威斯勒留下的一些物品。他寻迹而去，找到了威斯勒的一处神秘住所，并且逐渐发现一些蛛丝马迹.....

苏克雷(Sucre)带着一名斯库拉存储卡拥有者的一张车牌号照片找到了迈克尔(Michael)。罗兰(Roland)查出这个人名叫埃罗-塔巴克(Erol Tabak)，来自土耳其。迈克尔于是开始设计逮到他。当他们找到他以后，迈克尔发现存储卡其实在埃罗妻子的手里。萨拉(Sara)随后接到了唐-塞尔夫(Don Self)的一通电话。电话中她得知她的朋友布鲁斯-本内特(Bruce Bennett)于昨晚被谋杀。当迈克尔，苏克雷，马洪(Mahone)和林肯(Lincoln)等候埃罗的老婆时，他们在街对面发现了T-Bag并随即追赶他。迈克尔和林肯逮到他之后却悲哀的发现警察也盯上了他们。于是他们四散而去，T-Bag也趁机溜走了。怀亚特(Wyatt)到达纽约之后就开始寻找萨拉。他接到了公司高层的电话，并被告知他要活捉萨拉和格雷琴(Gretchen)。T-Bag来到了大门公司(Gate Corporation)并装扮成科尔-费福尔(Cole Pfeiffer)也就是惠斯勒(Whistler)的样子捞钱。唐给迈克尔打了个电话，警告他说怀亚特跟布鲁斯接触之后，公司很可能知道他现在在哪。电脑专家罗兰(Roland)此时也找到了埃罗老婆丽莎(Lisa)的资料，而且得知她将会参加一个名为“老鹰与天使”的活动。马洪解释说这是警察局官员们的一个活动，所以他们找到她的唯一办法就是在洛杉矶一半警察的簇拥下接近她。另一方面，T-Bag发现一切计划就如同惠斯勒的鸟类图书中所说的那样有条不紊的进行着。在无人监管的情况下，萨拉在一家当地酒吧叫了一杯苏打水。几分钟之后，背负着太多太多的她不知不觉的喝醉了。唐发现在怀亚特从电梯中逃出后杀死了一名自己的手下。迈克尔，林肯和马洪乔装为警队官员并混入了“老鹰和天使”的活动。在活动里默哀的环节中，迈克尔和林肯俩兄弟想到了他们的父亲而马洪则想到了他的儿子。正当罗兰要搞到丽莎的资料的时候，她却接到一个让她离开活动的电话。而林肯也被一名丽莎的手下认出。当林肯被那位警察盘问的时候，贝里克(Bellick)刺杀了警察。林肯立即给迈克尔打了个电话让他小心，迈克尔告诉他几分钟之后见面。怀亚特找到了格雷琴所在的公寓。正当他要施暴的时候他却得知本内特的信用卡刚刚在一个酒吧消费。怀亚特立刻赶到酒吧并且询问酒保是否见过萨拉，但是酒保欺骗了他。罗兰告诉迈克尔说他弄到了第二枚斯库拉存储卡的内容，于是所有人在一个仓库里集合了。唐见到迈克尔之后说他在公司的一个卧底死了，林肯感谢贝里克救下了他的妻子，而马洪则请求罗兰帮他找到杀死他儿子的真凶。怀亚特追踪到了正在跟迈克尔打电话的萨拉，于是跟着她来到了他们藏身的仓库，一场好戏即将上演。

Safe and Sound

Gretchen还活着但被Wyatt挟持了。

Safe and Sound

Gretchen隐藏在她姐姐Rita的家中。那里还住着她5岁的女儿，但她只相信Rita是她的妈妈。一伙人在赛马比赛中干出了蠢举。