A:冬树，邂逅一个女孩地球表面绝大部份都被海洋所覆盖，得知这件事的Keroro军曹，为了执行『第一步先侵略海洋作战』，因此立刻派出潜水舰朝大海出发，但是…

B:冬树，侬特露玛的使者 Keroro军曹等人搭乘潜水舰前去侵略海洋，而冬树为了暑假作业调查海洋，因此也一起潜入海底开始调查，但在海底冬树遇见了住在海底的智慧生命体…