团侦探学院Q班的学生们第一次接到了实战的命令。所谓Q班，就是集结了一群有资格成为团守彦继承人的少年所在的“Qualified class”的简称。其中Q拥有敏锐的观察力和犀利的洞察力以及非凡的第六感，不仅总能轻易发现理论和证据，还能干知道他人的感情和心情。Q班唯一的女生小惠则是个拥有惊人过目不忘瞬间记忆力的人。 班上神秘的少年流拥有天才的头脑而且运动万能，但却一直表现得难以接近。电脑天才同时也是大财团继承人的数马，还有武道达到10段运动超强班上最年长的金太。这五个人就组成了所谓的Q班。 侦探学院的讲师七海光太郎也是团的左右手，这天他在秋叶原的

漫画茶餐厅给五人下达指示。 在餐厅的深处有一间隐蔽的小屋，这里放置了电脑、大型器械等许多东西，这里就是设备完善的团侦探事务所的基地了。 当五个少年少女回到这里之后，数码打开了桌上的电脑显示，团守彦的影像出现在了大屏幕上，这是他向这群加入学园的少年发出的第一道指令。 一个星期前就读高中三年级的女生冈田律子，在密室中被杀害了。 束手无策的警方于是寻求团的帮助，希望他们事务所能帮忙进行侦破此案，于是团把任务下放给了Q班的学生。 第一次接到的实战指令，竟然就是要破解以校园为舞台的连续杀人案。 犯人居然还是根据一本“诅咒的笔记本”行事，这是完完全全表面上没有一丝破绽的密室杀人案，案件的背后更有藏在暗处的犯罪组织冥王星的操纵。

上次的案件最终犯人居然在自己眼前自杀，这给五个少年人造成了很大的冲击，他们还没有平复情绪，但新的任务已经下达。 此次的案件是中学生失踪迷案，最开始有两个补习班的学生失踪，几天后被找到却已丧失了所有记忆。 为了追查此事，Q班五个成员再次分开调查，Q跟着小惠来到失踪学生就读的补习班，在这里找到了和两名失踪者同班的学生，更希望从其中一个叫做牧野大介的男孩口中套到些情报，可惜他们却不得不徒劳而返，因为只注重学生成绩丝毫不关心其他的校长的催促，打断了Q和小惠的问询。 小惠和Q无可奈何地走后，大介不得不面对校长的殷切期望甚至莫大的学习压力，然而尽管如此，实际上他并不像表面上那样热衷于学习。 与此同时，和小惠以及Q展开不同行动的其他三人也在进行各自的调查，金太找到了丧失记忆的女孩，发现她正无忧无虑地和朋友一起在街边跳舞，金太想要询问事发经过却遭到了其朋友的阻止，之后离开见到Q和小惠，更受到两个男孩阻击，拥有武道上段能力的金太当然轻松制服了他们，并从其口中得知原来一切的幕后黑手是一个叫做“神”的家伙，通过手机短信在操纵。 不久连大介也遭到了毒手丧失一切记忆，Q班的学生又一次行动起来。 金太去找丧失记忆的女孩，流跑去找丧失记忆的男孩，他们不约而同地向对方摊牌，却原来都是假装失忆，目的是为了躲避家人和补习班施加的沉重的学习压力。 案子依然一筹莫展，校长却已在自己的办公室被人杀了，警方通过监视器认定凶手是某个跟校长不和的老师，但Q班的学生却发现了诸多疑点，更抽丝剥茧找到了幕后黑手。

团校长对Q班的五个学生下达了新的指令，此次的案件定名为“垃圾马达连续杀人案”。 垃圾马达是一个年轻人，专门袭击一些没有抵抗能力的流浪汉，且总是喜欢用强迫的手法，自认为是社会清道夫。残杀的对象全部都是其擅自认定的社会垃圾，还会把死者尸体丢到垃圾站。 此次的指令相当危险，大家都显得有些紧张，随后一如既往地展开了各自的调查。 但数马这次却一直无法集中精神去处理案件。 不仅接手的新游戏制作计划毫无进展，而且也跟其他四个人一样，对这次的指令一筹莫展。 但其实数马一直很羡慕Q，因为他和自己不同，很单纯很直率，遇到案件总是能一门心思地投入。 实际上让数马心神不属的，是一个叫做瑶子的女孩。 在Q班的基地附近有一家花店，瑶子就是那里的打工小妹，数马已经逐渐喜欢上了她。 另一方面，案件依然没什么进展，但Q班的人慢慢开始发现一些跟案件有关联的线索了。 然而正当他们开心不已的时候，新的死者却出现了。 来到凶案现场，Q等人发现死者死前巧妙地利用手机留下了犯人的线索。 死者遇袭前都在和人通电话，并从中获知垃圾马达的一部分罪行。 同时，Q等人得知了一些犯人的情报，并转告给了数马。数马于是下定决心为了拯救自己最重要的人，即使是抛弃一切也在所不惜。 而此时可怕的垃圾马达又一次把魔手伸向了新的受害者，当Q等人飞奔到案发现场时，数马竟然抢先冲了出去独自面对这个残忍的杀人狂魔。

Q班的五个学生接到了团校长的新指令，这次的案件名为“杀人收藏家”。这是对被传潜入全住宿制高中的杀人魔鬼的称呼。这个传闻是从网络上开始散布开来的，传说有个杀人犯把自己残忍杀害年轻女性的录像发布在了网络上提供下载，文件名叫做“杀人收藏家”。 但这个传闻究竟是否属实则没人知道，因为传闻中的残忍录像并没有多少人看到过，所以可信度相当低。 但最近真的发生了类似“杀人收藏家”的案件，大约一个月前一个女学生失踪了，还有一些其他的女学生，都在几天前在学校里遇袭了。 该所高中于是拜托团侦探事务所破解此案，Q班展开了对“杀人收藏家”传闻，以及此次案件的调查。 根据七海的指示，Q、小惠和流伪装成转校生，转到了谣传“杀人收藏家”的高中。 在这所高中里“杀人收藏家”的传闻传播得很广，而且气氛也让人感觉怪怪的。学生们谁都不相信，整天疑神疑鬼。 第一个失踪者在哪里？接下来谁又会是受害者？ Q班五个人分成了两批调查此事，除了Q、小惠和流伪装成学生以外，金太单独潜入高中，数马则在背后利用各种电脑技术对他进行后方支援。 与此同时，最糟糕的意外发生了，小惠竟然成了犯人的下一个绑架目标，那么四人能否救出被绑架的小惠呢。

本集继续追查网络上流传的杀人录像事件。 根剧团校长下达的指令，Q班的人为了追查真相倾巢而出。并潜入了传出杀人传闻的全住宿制高中开始进行调查。他们逐渐抽丝剥茧，慢慢从因为毛骨悚然的传闻个个胆战心惊的同学中间，获取需要的信息逐渐接近真相。 可是，正当一群人为此开心的时候，却有一个学生失踪了，不久就遭到了杀害。而且一如网上传闻的那样，转播了现场杀人录像，不仅如此，居然连小惠也出现在了画面里。 原来一直和同伴们分别进行调查的小惠遭到了绑架，被杀人犯监禁了起来。虽然因为发现那个监禁场所平安无事地救出了小惠，但小惠是这起杀人案的唯一现场目击者，必须防范她被凶手灭口。 而未能预防凶案的发生，更让Q感到异常的愤怒。 为了不要再出现新的牺牲者，Q班的五名成员一起分析杀人录像，利用手上的一些证据开始渐渐分析寻找凶手。 但事情进展并不大的同时，居然出现了第二个受害者，并且残酷的凶杀场面再一次被传播到了网上，。难以忍受凶手如此残暴，小惠发出了愤怒的吼叫声。

团校长亲自出现在了Q班的休息室里，这一次他亲口向Q班的五名学生委派任务，并让他们知道了犯罪组织“冥王星”的存在。这个组织总是构思出完美的杀人计划，然后居心险恶地把这些计划委托无辜的人来实行。 实际上此前Q班学生解决的案件中，就有不少是冥王星在背后搞鬼，这些被冥王星操纵的杀人犯虽说并不是完全无辜，但却多数因为冥王星的存在才会发生杀人悲剧。 得知此事的Q班五名成员，各自怀着胆怯、迷惘等等各种不同的心情，开始面对此次的任务。 此时有委托人拜访了Q班众人，这个委托人给出的一封信，居然是来自“冥王星”的杀人预告，这是冥王星组织发给委托人的，亦即是说委托人的生命正受到威胁，他希望能获得团侦探事务所的帮助保住性命。 经过一番商量，留下电脑能手数马和年纪最大的金太在休息室里，Q、小惠和流三人则前往委托人居住的豪宅。 究竟他们能否凭借自己的机智破坏冥王星此次的杀人行动呢？