原来一向神秘莫测的流就是犯罪组织冥王星的继承人，得知这个事实的Q丝毫无法掩饰自己的震惊。不久流就从大家眼前消失了。 此时，跟自己吵架分开的弟弟被牵涉进了一起杀人案，金太于是被请到了警察局。和弟弟美作的见面让金太明白他是被冤枉的。实际上美作之所以要见哥哥，就是希望身为侦探候补的他能够帮忙找出自己无罪的证据。虽然两人之前曾经因为大吵一架分开，但金太当然没可能放弃对弟弟的关爱。而这又是自己一个人的私事，当让没可能拜托Q班其他人，金太于是决定独自查案。通过自己的方法从警方处得知此事的小惠很担心金太，强烈表示要帮忙。 这天金太和小惠一起前往秋叶原为美作寻找案发时的不在场证据，却一直没能找到有力的东西。更糟糕的是，第二天晚上就是妹妹的结婚典礼了，如果届时依然找不到美作的无罪证明，他将不能出席结婚典礼，一旦被判定有罪更有可能和妹妹的关系就此决裂。 时间万分紧迫，金太和小惠都因此头疼不已。 此时两人突然被一群黑衣人团团围住并强行带走，两人被带到了远山金三郎面前，他就是金太的父亲。 金三郎是一名警视监，他指出这次的案件并不单纯，并威胁希望金太能就此中止。但金太完全不顾父亲的反对决心继续查案。

这天侦探学园收到了一封未署名寄信人的信函，信中是九个服务生的几张照片。 最近在秋叶原频频爆发“狩猎服务生”的袭击事件，照片中的九个人就是受害者们，究竟这个寄信的人是希望传达给侦探学园什么信息呢？这起事件的契机又是什么？ 尽管还有不少未曾解开的谜题，但为了找出一连串案件的真相，团校长还是下令Q班的学生们出动了。 不过刚开始调查，流就告诉了其他四名同学一件万分重要的事情。而过于惊人的话不仅让Q陷入了迷惘，小惠、数马和金太三人一时之间也难以整理出思绪来。紧接着流就声言自己要独立进行调查就翩然而去。 于是剩下的四个人决定也展开各自的调查。这些因为“狩猎服务生”事件遭到袭击的人们，全部都是曾参加过秋叶原举办的服务生选美大赛的人，是相当受御宅族们喜爱的人气服务生。 几人更通过一番调查发现，参加这项选美大赛的服务生中间，只有获得优胜的小鶇没有遭受过任何袭击。理所当然地Q等人以为他就是嫌犯而找上了对方，面对几人的质疑，小鶇只是大叫“我不是犯人”就跑掉了。 无法从原以为唯一会有线索的人身上套取任何有用情报，Q班四人都难免有些沮丧，紧接着出现的就是四人依照各自性格拟定的调查方案，却也因此出现了对其他三人完全无法相容的窘况，一时之间Q班休息室里的气氛凝重了起来。 最终四人还是决定再去找一次小鶇，迎接他们的却是在自己房间里留下遗书，自杀的小鶇的尸体，以及正蹲在现场检视尸体的流。

流离开了侦探学园，和冥王星的决战在即，话题围绕到了团校长的助手连城晓身上，小惠则在看着一张古旧的照片。 那张照片是团校长和连城一起拍的，看到连城的一瞬间Q的表情瞬间僵硬。因为他就是当年把Q从绑架犯手中救回来，让Q因此立志成为侦探的“侦探大叔”，紧接着团校长和七海出现在Q面前。 当团校长得知连城就是Q念念不忘的“侦探大叔”时，脑海里似乎浮现出了什么，但他并没有告诉Q。 此时冥王星的由利叶出现在难以隐藏满脸疑惑的Q面前，并把团院长不肯说的惊人事实告诉了Q。由于和流关系破裂，如今的冥王星已经四分五裂，这番话让Q陷入了混乱。 七海带着心绪不宁的Q和小惠等人，一起来到克鲁佩罗斯被关押的房间。 警惕着七海的克鲁佩罗斯全神贯注到了连周身有什么动静都察觉不到了，结果七海等人当然什么也没问出来只得无功而返，目送几人远去的克鲁佩罗斯脸上浮现出了不舒服的笑容。 出于冥王星的阴谋，流依然下落不明，Q也逐渐和小惠等人越来越有距离，由利叶借机又一次向Q设下圈套。

Q在秋叶原的街道上碰到了背着一个旅行包的流。面对Q忍不住的关心，流却只是冷淡地回答一句想要一个人静一静就离开了。预感会有什么大事发生的 Q唤住了流，并希望能帮帮他也遭到了拒绝。Q只能妥协希望流不要再对大家撒谎，流留下一句明白了就转身离去，站在原地的Q心里突然掠过一丝不安。 回到休息室Q发现团校长、七海和Q班的学生都在等自己。从Q处听闻流背着旅行包远去的团和七海脸色都变得很难看。 在著名建筑家设计的棲龙馆饭店，正在举办设计师本人七周年忌辰，奇异的是宾客都并非自愿前来，他们都是收到一封奇怪的威胁邀请信被迫而来。更令人奇怪的是，这封为写信内容意义不明让人摸不着头脑，但邀请人却署名“天草流”，原来这名设计师就是流已故的父亲天草匠。 团推测流是为了深入掌握情况，并要求Q等人也去进行调查，更下令从此后把流驱逐出Q班。 当Q等人来到棲龙馆饭店时，流出现在了他们面前。Q透露团校长知道威胁信的存在下令Q等人出动的，得知此事的流一瞬间产生了巨大的动摇。察觉到流的不寻常，Q也感到为万分不安。 是夜Q等人就夜宿在棲龙馆饭店，在他们展开调查之前，第一起凶杀案发生了，更糟糕的是案发现场只有流一人，还被小惠目击到了。难道凶手就是流！？ 但其实这起凶杀案只是凶残的连续杀人案的开端，接下来还不断有受害者被杀，奇怪的是案发现场总是出现流的身影，眼看着流的嫌疑是越来越洗不清了。

【大结局】 流被当成连续杀人案嫌疑犯遭到了警方的追击，大规模的搜山行动让孤身一人在森林中的流充满了彷徨。 此时冥王星的首领同时也是流的祖父冥王哈迪斯出现在他面前，面对被当作杀人犯四处追击的流，哈迪斯用攻心的方法说着恶毒的语言，就像被洗脑一样，流向哈迪斯伸出了手。 另一方面，团校长始终不肯说出重要关节，Q等人坚信流绝不是杀人凶手决定继续调查。但被杀的四个人都是曾经杀害流父亲的凶手，所以流有充分的动机杀死这四个人，再加上所有证据都指明流就是杀人凶手，难道流真的就是那个凶手吗。 完全找不到案件的关键所在，Q等人彻底处于不知如何下手的状态。此时他们收到了流寄来的短讯。Q等人决心不管外界如何揣测，要直接从流口中得知真相，几人根据流短讯的内容来到棲龙馆饭店的大厅，但出现在他们面前的，却不再是以前那个虽然冷淡却正义感十足的流，而是一个内心变得万分邪恶的流，以及冥王星的首领哈迪斯。Q等人中了流和哈迪斯的圈套，大厅的门紧闭了起来。 被大火包围的Q等人只有三分钟时间，如果不在时间内逃出去四人就会死在这里。 究竟Q等人能否脱困；流真的背叛了Q和大家，继承了冥王星吗；意识不明的团校长又将如何；连续杀死四个人的残酷真凶究竟是谁。